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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0681 | |||||||||
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タイトル | Ligand-triggered allosteric ADP release primes a plant NLR complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of defense response to bacterium / Tat protein binding / response to temperature stimulus / regulation of immune response / ADP binding / defense response / : / kinase activity / defense response to Gram-negative bacterium / cell surface receptor signaling pathway ...positive regulation of defense response to bacterium / Tat protein binding / response to temperature stimulus / regulation of immune response / ADP binding / defense response / : / kinase activity / defense response to Gram-negative bacterium / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to bacterium / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis (シロイヌナズナ属) / Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang JZ / Wang J / Meijuan H / Wang HW / Zhou JM / Chai JJ | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Ligand-triggered allosteric ADP release primes a plant NLR complex. 著者: Jizong Wang / Jia Wang / Meijuan Hu / Shan Wu / Jinfeng Qi / Guoxun Wang / Zhifu Han / Yijun Qi / Ning Gao / Hong-Wei Wang / Jian-Min Zhou / Jijie Chai / 要旨: Pathogen recognition by nucleotide-binding (NB), leucine-rich repeat (LRR) receptors (NLRs) plays roles in plant immunity. The pv. effector AvrAC uridylylates the PBL2 kinase, and the latter (PBL2) ...Pathogen recognition by nucleotide-binding (NB), leucine-rich repeat (LRR) receptors (NLRs) plays roles in plant immunity. The pv. effector AvrAC uridylylates the PBL2 kinase, and the latter (PBL2) acts as a ligand to activate the NLR ZAR1 precomplexed with the RKS1 pseudokinase. Here we report the cryo-electron microscopy structures of ZAR1-RKS1 and ZAR1-RKS1-PBL2 in an inactive and intermediate state, respectively. The ZAR1 domain, compared with animal NLR domains, is differently positioned to sequester ZAR1 in an inactive state. Recognition of PBL2 is exclusively through RKS1, which interacts with ZAR1 PBL2 binding stabilizes the RKS1 activation segment, which sterically blocks ZAR1 adenosine diphosphate (ADP) binding. This engenders a more flexible NB domain without conformational changes in the other ZAR1 domains. Our study provides a structural template for understanding plant NLRs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0681.map.gz | 2.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0681-v30.xml emd-0681.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0681.png | 42.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0681 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0681 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0681.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ZAR1-RKS1 with ADP complex
全体 | 名称: ZAR1-RKS1 with ADP complex |
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要素 |
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-超分子 #1: ZAR1-RKS1 with ADP complex
超分子 | 名称: ZAR1-RKS1 with ADP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis (シロイヌナズナ属) |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
-分子 #1: Disease resistance RPP13-like protein 4
分子 | 名称: Disease resistance RPP13-like protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 97.163977 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) |
配列 | 文字列: MVDAVVTVFL EKTLNILEEK GRTVSDYRKQ LEDLQSELKY MQSFLKDAER QKRTNETLRT LVADLRELVY EAEDILVDCQ LADGDDGNE QRSSNAWLSR LHPARVPLQY KKSKRLQEIN ERITKIKSQV EPYFEFITPS NVGRDNGTDR WSSPVYDHTQ V VGLEGDKR ...文字列: MVDAVVTVFL EKTLNILEEK GRTVSDYRKQ LEDLQSELKY MQSFLKDAER QKRTNETLRT LVADLRELVY EAEDILVDCQ LADGDDGNE QRSSNAWLSR LHPARVPLQY KKSKRLQEIN ERITKIKSQV EPYFEFITPS NVGRDNGTDR WSSPVYDHTQ V VGLEGDKR KIKEWLFRSN DSQLLIMAFV GMGGLGKTTI AQEVFNDKEI EHRFERRIWV SVSQTFTEEQ IMRSILRNLG DA SVGDDIG TLLRKIQQYL LGKRYLIVMD DVWDKNLSWW DKIYQGLPRG QGGSVIVTTR SESVAKRVQA RDDKTHRPEL LSP DNSWLL FCNVAFAAND GTCERPELED VGKEIVTKCK GLPLTIKAVG GLLLCKDHVY HEWRRIAEHF QDELRGNTSE TDNV MSSLQ LSYDELPSHL KSCILTLSLY PEDCVIPKQQ LVHGWIGEGF VMWRNGRSAT ESGEDCFSGL TNRCLIEVVD KTYSG TIIT CKIHDMVRDL VIDIAKKDSF SNPEGLNCRH LGISGNFDEK QIKVNHKLRG VVSTTKTGEV NKLNSDLAKK FTDCKY LRV LDISKSIFDA PLSEILDEIA SLQHLACLSL SNTHPLIQFP RSMEDLHNLQ ILDASYCQNL KQLQPCIVLF KKLLVLD MT NCGSLECFPK GIGSLVKLEV LLGFKPARSN NGCKLSEVKN LTNLRKLGLS LTRGDQIEEE ELDSLINLSK LMSISINC Y DSYGDDLITK IDALTPPHQL HELSLQFYPG KSSPSWLSPH KLPMLRYMSI CSGNLVKMQE PFWGNENTHW RIEGLMLSS LSDLDMDWEV LQQSMPYLRT VTANWCPELE SFAIEDVGFR GGVWMKTPLH RT |
-分子 #2: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
分子 | 名称: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 46.35643 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) |
配列 | 文字列: MGNCLDSSAK VDNSNHSPHA NSASSGSKVS SKTSRSTGPS GLSTTSYSTD SSFGPLPTLR TEGEILSSPN LKAFTFNELK NATKNFRQD NLLGEGGFGC VFKGWIDQTS LTASRPGSGI VVAVKQLKPE GFQGHKEWLT EVNYLGQLSH PNLVLLVGYC A EGENRLLV ...文字列: MGNCLDSSAK VDNSNHSPHA NSASSGSKVS SKTSRSTGPS GLSTTSYSTD SSFGPLPTLR TEGEILSSPN LKAFTFNELK NATKNFRQD NLLGEGGFGC VFKGWIDQTS LTASRPGSGI VVAVKQLKPE GFQGHKEWLT EVNYLGQLSH PNLVLLVGYC A EGENRLLV YEFMPKGSLE NHLFRRGAQP LTWAIRMKVA VGAAKGLTFL HEAKSQVIYR DFKAANILLD ADFNAKLSDF GL AKAGPTG DNTHVSTKVI GTHGYAAPEY VATGRLTAKS DVYSFGVVLL ELISGRRAMD NSNGGNEYSL VDWATPYLGD KRK LFRIMD TKLGGQYPQK GAFTAANLAL QCLNPDAKLR PKMSEVLVTL EQLESVAKPG TKHTQMESPR FHHSSVMQKS PVRY SHDRP LLHMTPGASP LPSYTQSPRV R |
-分子 #3: Protein kinase superfamily protein
分子 | 名称: Protein kinase superfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 40.142375 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) |
配列 | 文字列: MKKQYLKSGS GTRKEKDKAK RWFLDNGSIF LRELVADCNG KSIPIRSFSP EQILKATNNF DSSCFVSQDV YYKWYRGEIE DRSYMIKRF SEDEITGKRH RVKEVYNDIV LSARMSNHSN FLQLLGCCLE FPFPVLVFEF AEHGAMNQRG GVIVNGEESL L PWSVRLKI ...文字列: MKKQYLKSGS GTRKEKDKAK RWFLDNGSIF LRELVADCNG KSIPIRSFSP EQILKATNNF DSSCFVSQDV YYKWYRGEIE DRSYMIKRF SEDEITGKRH RVKEVYNDIV LSARMSNHSN FLQLLGCCLE FPFPVLVFEF AEHGAMNQRG GVIVNGEESL L PWSVRLKI GKEIANAVTY LHTAFPKIII HRDVKPMHVF LDKNWTAKLS DLSFSISLPE GKSRIEAEWV LGTFGYIDPL YH KTCFVTE YTDVYSFGIC LLVIITGKPA IMTISDGDLQ GILSLVRELC ENGKLDEVID PRLMKDITSG QRLQVEACVV LAL RCCKER DEDRPKMIQV AKELKQIEAS LKNSS |
-分子 #4: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: U5P |
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分子量 | 理論値: 324.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-U: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.9 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 3342829 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 使用した粒子像数: 404311 |