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- PDB-2gza: Crystal structure of the VirB11 ATPase from the Brucella Suis typ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gza
タイトルCrystal structure of the VirB11 ATPase from the Brucella Suis type IV secretion system in complex with sulphate
要素Type IV secretion system protein VirB11
キーワードHYDROLASE / Secretion / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


secretion by the type IV secretion system / type IV secretion system complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type IV secretion system protein VirB11 / Beta-Lactamase - #90 / : / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Type IV secretion system protein VirB11 / Beta-Lactamase - #90 / : / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV secretion system protein VirB11
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella suis (ブタ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hare, S. / Bayliss, R. / Baron, C. / Waksman, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A Large Domain Swap in the VirB11 ATPase of Brucella suis Leaves the Hexameric Assembly Intact
著者: Hare, S. / Bayliss, R. / Baron, C. / Waksman, G.
履歴
登録2006年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type IV secretion system protein VirB11
B: Type IV secretion system protein VirB11
C: Type IV secretion system protein VirB11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,6276
ポリマ－122,3393
非ポリマー2883
水3,477193
1
A: Type IV secretion system protein VirB11
B: Type IV secretion system protein VirB11
C: Type IV secretion system protein VirB11
ヘテロ分子

A: Type IV secretion system protein VirB11
B: Type IV secretion system protein VirB11
C: Type IV secretion system protein VirB11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,25412
ポリマ－244,6776
非ポリマー5766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_577x,-y+2,-z+21
Buried area23680 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area75140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.211, 125.815, 164.089
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41A
51B
61C
12A
22B

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLULEULEUAA160 - 353160 - 353
211GLUGLULYSLYSBB160 - 350160 - 350
311GLUGLUGLNGLNCC160 - 356160 - 356
421GLUGLULYSLYSAA40 - 12140 - 121
521GLUGLULYSLYSBB40 - 12140 - 121
621GLUGLULYSLYSCC40 - 12140 - 121
112PROPROLYSLYSAA122 - 159122 - 159
212PROPROLYSLYSBB122 - 159122 - 159

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit by the operation: x, -y, -z. (4_555)

-
要素

#1: タンパク質 Type IV secretion system protein VirB11 / E.C.3.6.1.34


分子量: 40779.559 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella suis (ブタ流産菌) / 株: 1330 / 遺伝子: VirB11 / プラスミド: pT7StrepII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon + RIPL / 参照: UniProt: Q8FXK7, EC: 3.6.1.34
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 16% PEG 4000, 0.1M Tris HCl, 0.2M lithium sulphate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.709 Å / Num. all: 37793 / Num. obs: 37055 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. measured all: 38555 / Num. unique all: 5314 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 97.5

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.588 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.234
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å
Phasing dmFOM : 0.57 / FOM acentric: 0.57 / FOM centric: 0.58 / 反射: 48883 / Reflection acentric: 45483 / Reflection centric: 3400
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.9-59.4480.90.910.8634242861563
3.7-5.90.860.870.77101579259898
2.9-3.70.690.690.61260311787816
2.6-2.90.380.380.311251811849669
2.2-2.60.270.270.2592038804399
2.1-2.20.210.220.1897892355

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
EPMR2.5位相決定
ADSCデータ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
REFMAC5.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OPX

1opx


解像度: 2.6→29.709 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 25.713 / SU ML: 0.273 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.217 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 3746 10.1 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.242 37793 --
obs0.242 37050 97.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.445 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å20 Å2
2--1.72 Å20 Å2
3----3.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7569 0 15 193 7777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.96410572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0565976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.44223.036336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.448151220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0121563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025899
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.23613
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.25263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4371.55010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.65127916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.84733033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4974.52656
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A968TIGHT POSITIONAL0.160.05
12B968TIGHT POSITIONAL0.110.05
13C968TIGHT POSITIONAL0.180.05
11A911MEDIUM POSITIONAL0.470.5
12B911MEDIUM POSITIONAL0.410.5
13C911MEDIUM POSITIONAL0.540.5
11A968TIGHT THERMAL0.140.5
12B968TIGHT THERMAL0.130.5
13C968TIGHT THERMAL0.170.5
11A911MEDIUM THERMAL0.312
12B911MEDIUM THERMAL0.322
13C911MEDIUM THERMAL0.372
21A116TIGHT POSITIONAL0.390.05
21A105MEDIUM POSITIONAL0.620.5
21A116TIGHT THERMAL3.690.5
21A105MEDIUM THERMAL4.092
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 260 -
Rwork0.311 2405 -
obs-2665 97.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61870.0480.10722.3280.94141.44850.05430.03880.0951-0.2936-0.14430.226-0.11-0.33890.09-0.02150.03470.0017-0.01620.0052-0.085593.8137130.8254131.3646
20.78530.3644-0.27581.7906-0.03981.3380.0355-0.04650.03720.146-0.02710.07610.1722-0.1354-0.0084-0.0885-0.04870.0176-0.0989-0.0204-0.132296.140899.0041142.6179
31.40661.0195-0.341.5882-0.41942.6786-0.0186-0.0362-0.08680.084-0.0686-0.14560.2839-0.16230.0872-0.0861-0.0319-0.0238-0.1020.0253-0.11296.614192.6977176.3813
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA20 - 22820 - 228
21AA239 - 353239 - 353
32BB20 - 22820 - 228
42BB238 - 350238 - 350
53CC12 - 22812 - 228
63CC238 - 356238 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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