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Yorodumi- PDB-3tl8: The AvrPtoB-BAK1 complex reveals two structurally similar kinasei... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tl8 | ||||||
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Title | The AvrPtoB-BAK1 complex reveals two structurally similar kinaseinteracting domains in a single type III effector | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/LIGASE / Plant immunity / Pseudomonas syringae / Solanum lycopersicum / PAMP-triggered immunity / Bacterial pathogenesis / TRANSFERASE-LIGASE complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information effector-mediated suppression of host pattern-triggered immunity / symbiont-mediated perturbation of host defense-related programmed cell death / receptor serine/threonine kinase binding / Transferases; Acyltransferases; Aminoacyltransferases / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / defense response / receptor protein-tyrosine kinase / transferase activity / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase ...effector-mediated suppression of host pattern-triggered immunity / symbiont-mediated perturbation of host defense-related programmed cell death / receptor serine/threonine kinase binding / Transferases; Acyltransferases; Aminoacyltransferases / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / defense response / receptor protein-tyrosine kinase / transferase activity / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) Pseudomonas syringae pv. tomato (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Chai, J. / Cheng, W. / Gao, H. | ||||||
Citation | Journal: Cell Host Microbe / Year: 2011 Title: Structural Analysis of Pseudomonas syringae AvrPtoB Bound to Host BAK1 Reveals Two Similar Kinase-Interacting Domains in a Type III Effector. Authors: Cheng, W. / Munkvold, K.R. / Gao, H. / Mathieu, J. / Schwizer, S. / Wang, S. / Yan, Y.B. / Wang, J. / Martin, G.B. / Chai, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tl8.cif.gz | 632.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tl8.ent.gz | 524.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tl8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/3tl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/3tl8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2qkwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40353.559 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 248-590 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: BAK1, ELG, SERK3, At4g33430, F17M5.190 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q94F62, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Protein | Mass: 12790.556 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 250-359 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas syringae pv. tomato (bacteria) Gene: hopAB2, avrPtoB, PSPTO_3087 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q8RSY1, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | LEAVED OF PRESCISSIO | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.6M NH4Ac, PEG 3350 (v/v), pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jul 5, 2009 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→99 Å / Num. all: 65585 / Num. obs: 63725 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→55 Å / % possible all: 87.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2QKW Resolution: 2.5→24.141 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.56 / Phase error: 25.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.661 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→24.141 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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