PDB-2jjn: Structure of closed cytochrome P450 EryK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jjn

タイトル

Structure of closed cytochrome P450 EryK

要素

CYTOCHROME P450 113A1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IRON / HEME / MONOOXYGENASE / METAL-BINDING / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / TIE-ROD MECHANISM OF ACTION / CYTOCHROME P450 / SUBSTRATE SPECIFICITY

機能・相同性

機能・相同性情報

erythromycin 12-hydroxylase / macrolide biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / monooxygenase activity / NADP binding / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROPOLYSPORA ERYTHRAEA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Savino, C. / Sciara, G. / Miele, A.E. / Kendrew, S.G. / Vallone, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Investigating the Structural Plasticity of a Cytochrome P450: Three-Dimensional Structures of P450 Eryk and Binding to its Physiological Substrate.
著者: Savino, C. / Montemiglio, L.C. / Sciara, G. / Miele, A.E. / Kendrew, S.G. / Jemth, P. / Gianni, S. / Vallone, B.

履歴

登録	2008年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jjn.cif.gz	110.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jjn.ent.gz	83.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jjn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jjn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jjoC 2wioC 2vru PDB 未公開エントリS 2jjp 2xfh S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r6e-2 5gnm-1 3u16-1 4g45-d 2zqx-1 6i8m-d 3a4z-5 3ol5-d 1io9-1 6gk6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CYTOCHROME P450 113A1

ヘテロ分子

46.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.460, 68.004, 57.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CYTOCHROME P450 113A1 / CYTOCROME P450 CYP113A1 / ERYTHROMYCIN B/D C-12 HYDROXYLASE 分子量: 45347.031 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROPOLYSPORA ERYTHRAEA (バクテリア) 株: NRRL 23338 / 解説: CDNA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR 参照: UniProt: P48635, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 1 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 330 TO LEU

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.9 %
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 2.0M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 53926 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 16.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 19.1 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VRU

2vru
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.59→56.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.803 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. COORDINATES START FROM A.A. 17 BECAUSE THERE WAS NOT ELECTRON DENSITY FOR PREVIOUS RESIDUES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.195	2725	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
obs	0.162	50735	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	1.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→56.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3050	0	68	551	3669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3365
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.636	2.014	4597
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.893	5	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.328	23.353	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.311	15	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.138	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.307	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.186	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.222	1.5	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.943	2	3273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.547	3	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.755	4.5	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.59→1.63 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.227	202
R_work	0.179	3455

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.479 Å / Origin y: -0.271 Å / Origin z: 9.34 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.12 Å²	0.0083 Å²	-0.01 Å²	-	-0.121 Å²	0.0105 Å²	-	-	-0.0723 Å²
L	0.4976 °²	0.0212 °²	-0.0854 °²	-	0.0954 °²	0.0354 °²	-	-	0.3685 °²
S	-0.0057 Å °	-0.0115 Å °	0.0532 Å °	-0.0004 Å °	-0.0082 Å °	-0.0389 Å °	-0.0252 Å °	0.0511 Å °	0.0139 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	56 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	93 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	108 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	115 - 128
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	135 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	1	A	143 - 152
8	X-RAY DIFFRACTION	1	A	160 - 171
9	X-RAY DIFFRACTION	1	A	180 - 191
10	X-RAY DIFFRACTION	1	A	192 - 206
11	X-RAY DIFFRACTION	1	A	212 - 218
12	X-RAY DIFFRACTION	1	A	228 - 259
13	X-RAY DIFFRACTION	1	A	261 - 269
14	X-RAY DIFFRACTION	1	A	274 - 284
15	X-RAY DIFFRACTION	1	A	316 - 320
16	X-RAY DIFFRACTION	1	A	356 - 373

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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