PDB-5o7x: CRYSTAL STRUCTURE OF S. CEREVISIAE CORE FACTOR AT 3.2A RESOLUTION

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o7x

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF S. CEREVISIAE CORE FACTOR AT 3.2A RESOLUTION

要素

RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6
RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

キーワード

TRANSCRIPTION / RNA POLYMERASE I INITIATION / CORE FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / TBP-class protein binding / nucleolus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Engel, C. / Gubbey, T. / Neyer, S. / Sainsbury, S. / Oberthuer, C. / Baejen, C. / Bernecky, C. / Cramer, P.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of RNA Polymerase I Transcription Initiation.
著者: Christoph Engel / Tobias Gubbey / Simon Neyer / Sarah Sainsbury / Christiane Oberthuer / Carlo Baejen / Carrie Bernecky / Patrick Cramer /

要旨: Transcription initiation at the ribosomal RNA promoter requires RNA polymerase (Pol) I and the initiation factors Rrn3 and core factor (CF). Here, we combine X-ray crystallography and cryo-electron ...

履歴

登録	2017年6月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2017年8月2日	ID: 5N5X
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月9日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o7x.cif.gz	3.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o7x.ent.gz	2.7 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o7x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/5o7x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3590C 3591C 3592C 3593C 3594C 5n5yC 5n5zC 5n60C 5n61C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xkx-d 2i4o-d 2181 3j2q-d 4j6m-d 3cp2-1 11029 6hbc-d 2i4m-d 4j6l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

B: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

C: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

D: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

E: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

F: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

G: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

H: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

I: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

J: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

K: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

L: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

M: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

N: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

O: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

P: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

Q: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

R: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

ヘテロ分子

1.33 MDa, 18 ポリマー
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1

A: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

B: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

C: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
222 kDa, 3 ポリマー
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2

D: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

E: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

F: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 3 ポリマー
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3

G: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

H: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

I: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 3 ポリマー
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4

J: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

K: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

L: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 3 ポリマー
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5

M: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

N: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

O: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 3 ポリマー
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6

P: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

Q: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

R: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.070, 109.140, 385.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.02, 90.01, 59.98
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

#1: タンパク質	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 分子量: 102163.227 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: RRN6, YBL014C, YBL0311, YBL0312 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32786
#2: タンパク質	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 分子量: 60435.195 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: RRN7, YJL025W, J1273 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40992
#3: タンパク質	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 分子量: 59334.262 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: RRN11, YML043C, YM9827.09C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04712
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄ 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RRN6, YBL014C, YBL0311, YBL0312 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RRN6, YBL014C, YBL0311, YBL0312 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列の詳細	Following the original deposition 5N5X, a frameshift was detected in blades I and II of the Rrn6 ...Following the original deposition 5N5X, a frameshift was detected in blades I and II of the Rrn6 beta-propeller domain using a new algorithm by T. Croll. The mistake in chains A, D, G, J, M and P (residues 169-281) has now been corrected and the structure was refined again as described in Engel et al., 2017.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.14 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% PEG 4000 , 500mM Ammonium sulfate, 100mM MES pH=6.0, 1mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→54.57 Å / Num. obs: 251223 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8.283 % / Net I/σ(I): 14.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.2→54.57 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 34.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2828	7453	2.97 %
R_work	0.2544	-	-
obs	0.2553	251066	98.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→54.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	63438	0	0	0	63438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	64782
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.074	87510
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.214	39024
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	9780
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	10914

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3105	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	D	3105	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
1	3	G	3105	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
1	4	J	3105	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
1	5	M	3105	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
1	6	P	3105	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
2	1	A	696	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	696	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
2	3	G	696	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
2	4	J	696	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
2	5	M	696	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
2	6	P	696	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
3	1	A	1055	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	D	1055	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
3	3	G	1055	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
3	4	J	1055	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
3	5	M	1055	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
3	6	P	1055	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
4	1	B	1919	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	E	1919	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
4	3	H	1919	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
4	4	K	1919	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
4	5	N	1919	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
4	6	Q	1919	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
5	1	B	1229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	E	1229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
5	3	H	1229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
5	4	K	1229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
5	5	N	1229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
5	6	Q	1229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
6	1	C	978	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	F	978	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
6	3	I	978	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
6	4	L	978	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
6	5	O	978	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
6	6	R	978	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
7	1	C	1557	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	F	1557	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
7	3	I	1557	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
7	4	L	1557	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
7	5	O	1557	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
7	6	R	1557	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1999-3.2362	0.3823	228	0.3837	8046	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2362-3.2743	0.3887	238	0.3781	8133	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2743-3.3142	0.3926	258	0.3885	8330	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3142-3.3562	0.4569	246	0.396	8035	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3562-3.4003	0.3747	249	0.3777	8267	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4003-3.4469	0.4064	199	0.3655	8125	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4469-3.4961	0.3366	251	0.3444	8140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4961-3.5483	0.3491	253	0.345	8299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5483-3.6038	0.3761	242	0.3551	8131	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6038-3.6628	0.3613	257	0.3351	8120	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6628-3.726	0.3678	258	0.3285	8252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.726-3.7937	0.372	253	0.3238	8199	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7937-3.8667	0.3826	262	0.3237	8140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8667-3.9456	0.3526	251	0.3271	8148	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9456-4.0313	0.3828	246	0.32	7657	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0313-4.1251	0.3435	237	0.3069	7919	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1251-4.2282	0.3054	251	0.2758	8189	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2282-4.3425	0.3033	256	0.2646	8236	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3425-4.4702	0.2815	247	0.2426	8118	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4702-4.6144	0.2752	254	0.2399	8218	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6144-4.7792	0.2692	259	0.2259	8252	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7792-4.9705	0.2707	259	0.2176	8325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9705-5.1965	0.2371	250	0.2154	8148	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1965-5.4703	0.2673	259	0.2446	8199	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4703-5.8126	0.3027	255	0.2541	8071	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8126-6.2608	0.3002	239	0.2434	7652	X-RAY DIFFRACTION	93
6.2608-6.8898	0.2874	260	0.2625	8202	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8898-7.8842	0.2418	251	0.2137	8217	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8842-9.9235	0.1983	257	0.1724	8242	X-RAY DIFFRACTION	100
9.9235-54.5779	0.2323	228	0.2274	7603	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4364	-0.5348	0.259	2.1701	-0.952	2.4763	0.1783	0.1804	0.0283	-0.036	-0.3424	-0.0262	-0.2897	0.3943	-0.0361	1.1626	0.0443	-0.151	0.7724	-0.0571	1.0609	22.3717	68.8427	-124.7966
2	0.4491	-0.5432	-0.3025	2.1299	1.0179	2.4908	0.1776	0.1843	-0.0293	-0.0397	-0.3544	0.0109	0.2798	-0.3792	-0.0403	1.211	0.0393	0.1479	0.7522	0.0523	1.0599	-35.4106	6.1869	68.028
3	2.3444	-0.4039	-0.9889	0.4045	0.2069	2.4123	-0.2747	0.2546	-0.0331	0.0736	0.1199	-0.0297	0.4596	0.0859	-0.0375	0.8604	0.1625	0.0228	1.1045	0.1429	1.0456	6.1031	-3.1335	3.7542
4	1.2343	1.0621	-0.6868	1.413	-0.7578	2.3665	-0.1501	-0.1248	-0.0072	-0.3625	0.0048	-0.0318	0.1891	0.4063	-0.0382	0.9102	-0.2092	-0.1125	1.064	0.0874	1.0499	34.9859	28.1736	-60.5245
5	2.2744	-0.3905	0.9888	0.3866	-0.2396	2.5152	-0.2768	0.2941	0.0351	0.0865	0.112	0.0262	-0.4732	-0.0634	-0.0376	0.84	0.1503	-0.0287	1.1167	-0.1442	1.0561	-19.1239	78.2104	-189.0708
6	1.2398	1.0562	0.7096	1.439	0.766	2.4337	-0.1422	-0.1489	0.0124	-0.3527	-0.0226	0.0544	-0.1682	-0.451	-0.0431	0.8919	-0.2214	0.1181	1.0764	-0.0937	1.05	-47.9958	46.9379	-253.3429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A or chain B or chain C
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain D or chain E or chain F
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain G or chain H or chain I
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain J or chain K or chain L
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain M or chain N or chain O
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain P or chain Q or chain R

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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