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- EMDB-0682: Ligand-triggered allosteric ADP release primes a plant NLR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0682
タイトルLigand-triggered allosteric ADP release primes a plant NLR complex
マップデータ
試料
  • 複合体: ZAR1-RKS1 with ADP complex
    • タンパク質・ペプチド: Disease resistance RPP13-like protein 4
  • タンパク質・ペプチド: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
  • タンパク質・ペプチド: Protein kinase superfamily protein
  • リガンド: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
キーワードZAR1 / RKS1 / PBL2-UMP / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of defense response to bacterium / Tat protein binding / response to temperature stimulus / regulation of immune response / defense response / ADP binding / kinase activity / defense response to Gram-negative bacterium / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity ...positive regulation of defense response to bacterium / Tat protein binding / response to temperature stimulus / regulation of immune response / defense response / ADP binding / kinase activity / defense response to Gram-negative bacterium / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to bacterium / protein serine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Receptor-like kinase WAK-like / : / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain ...Receptor-like kinase WAK-like / : / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable serine/threonine-protein kinase PBL2 / Disease resistance RPP13-like protein 4 / Serine/threonine-protein kinase ZRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis (植物) / Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Wang JZ / Wang J
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31421001 中国
National Natural Science Foundation of China31420103906 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Ligand-triggered allosteric ADP release primes a plant NLR complex.
著者: Jizong Wang / Jia Wang / Meijuan Hu / Shan Wu / Jinfeng Qi / Guoxun Wang / Zhifu Han / Yijun Qi / Ning Gao / Hong-Wei Wang / Jian-Min Zhou / Jijie Chai /
要旨: Pathogen recognition by nucleotide-binding (NB), leucine-rich repeat (LRR) receptors (NLRs) plays roles in plant immunity. The pv. effector AvrAC uridylylates the PBL2 kinase, and the latter (PBL2) ...Pathogen recognition by nucleotide-binding (NB), leucine-rich repeat (LRR) receptors (NLRs) plays roles in plant immunity. The pv. effector AvrAC uridylylates the PBL2 kinase, and the latter (PBL2) acts as a ligand to activate the NLR ZAR1 precomplexed with the RKS1 pseudokinase. Here we report the cryo-electron microscopy structures of ZAR1-RKS1 and ZAR1-RKS1-PBL2 in an inactive and intermediate state, respectively. The ZAR1 domain, compared with animal NLR domains, is differently positioned to sequester ZAR1 in an inactive state. Recognition of PBL2 is exclusively through RKS1, which interacts with ZAR1 PBL2 binding stabilizes the RKS1 activation segment, which sterically blocks ZAR1 adenosine diphosphate (ADP) binding. This engenders a more flexible NB domain without conformational changes in the other ZAR1 domains. Our study provides a structural template for understanding plant NLRs.
履歴
登録2019年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月3日-
マップ公開2019年4月3日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6j5v
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0682.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0682.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 160 pix.
= 174.56 Å		1.09 Å/pix.
x 160 pix.
= 174.56 Å		1.09 Å/pix.
x 160 pix.
= 174.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.06504223 - 0.12628004
平均 (標準偏差)0.00075047044 (±0.0055426643)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 174.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z174.560174.560174.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-383-383-383
NX/NY/NZ768768768
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0650.1260.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ZAR1-RKS1 with ADP complex

全体名称: ZAR1-RKS1 with ADP complex
要素
  • 複合体: ZAR1-RKS1 with ADP complex
    • タンパク質・ペプチド: Disease resistance RPP13-like protein 4
  • タンパク質・ペプチド: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
  • タンパク質・ペプチド: Protein kinase superfamily protein
  • リガンド: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE

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超分子 #1: ZAR1-RKS1 with ADP complex

超分子名称: ZAR1-RKS1 with ADP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis (植物)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: Disease resistance RPP13-like protein 4

分子名称: Disease resistance RPP13-like protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 97.163977 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MVDAVVTVFL EKTLNILEEK GRTVSDYRKQ LEDLQSELKY MQSFLKDAER QKRTNETLRT LVADLRELVY EAEDILVDCQ LADGDDGNE QRSSNAWLSR LHPARVPLQY KKSKRLQEIN ERITKIKSQV EPYFEFITPS NVGRDNGTDR WSSPVYDHTQ V VGLEGDKR ...文字列:
MVDAVVTVFL EKTLNILEEK GRTVSDYRKQ LEDLQSELKY MQSFLKDAER QKRTNETLRT LVADLRELVY EAEDILVDCQ LADGDDGNE QRSSNAWLSR LHPARVPLQY KKSKRLQEIN ERITKIKSQV EPYFEFITPS NVGRDNGTDR WSSPVYDHTQ V VGLEGDKR KIKEWLFRSN DSQLLIMAFV GMGGLGKTTI AQEVFNDKEI EHRFERRIWV SVSQTFTEEQ IMRSILRNLG DA SVGDDIG TLLRKIQQYL LGKRYLIVMD DVWDKNLSWW DKIYQGLPRG QGGSVIVTTR SESVAKRVQA RDDKTHRPEL LSP DNSWLL FCNVAFAAND GTCERPELED VGKEIVTKCK GLPLTIKAVG GLLLCKDHVY HEWRRIAEHF QDELRGNTSE TDNV MSSLQ LSYDELPSHL KSCILTLSLY PEDCVIPKQQ LVHGWIGEGF VMWRNGRSAT ESGEDCFSGL TNRCLIEVVD KTYSG TIIT CKIHDMVRDL VIDIAKKDSF SNPEGLNCRH LGISGNFDEK QIKVNHKLRG VVSTTKTGEV NKLNSDLAKK FTDCKY LRV LDISKSIFDA PLSEILDEIA SLQHLACLSL SNTHPLIQFP RSMEDLHNLQ ILDASYCQNL KQLQPCIVLF KKLLVLD MT NCGSLECFPK GIGSLVKLEV LLGFKPARSN NGCKLSEVKN LTNLRKLGLS LTRGDQIEEE ELDSLINLSK LMSISINC Y DSYGDDLITK IDALTPPHQL HELSLQFYPG KSSPSWLSPH KLPMLRYMSI CSGNLVKMQE PFWGNENTHW RIEGLMLSS LSDLDMDWEV LQQSMPYLRT VTANWCPELE SFAIEDVGFR GGVWMKTPLH RT

UniProtKB: Disease resistance RPP13-like protein 4

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分子 #2: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2

分子名称: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 46.35643 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MGNCLDSSAK VDNSNHSPHA NSASSGSKVS SKTSRSTGPS GLSTTSYSTD SSFGPLPTLR TEGEILSSPN LKAFTFNELK NATKNFRQD NLLGEGGFGC VFKGWIDQTS LTASRPGSGI VVAVKQLKPE GFQGHKEWLT EVNYLGQLSH PNLVLLVGYC A EGENRLLV ...文字列:
MGNCLDSSAK VDNSNHSPHA NSASSGSKVS SKTSRSTGPS GLSTTSYSTD SSFGPLPTLR TEGEILSSPN LKAFTFNELK NATKNFRQD NLLGEGGFGC VFKGWIDQTS LTASRPGSGI VVAVKQLKPE GFQGHKEWLT EVNYLGQLSH PNLVLLVGYC A EGENRLLV YEFMPKGSLE NHLFRRGAQP LTWAIRMKVA VGAAKGLTFL HEAKSQVIYR DFKAANILLD ADFNAKLSDF GL AKAGPTG DNTHVSTKVI GTHGYAAPEY VATGRLTAKS DVYSFGVVLL ELISGRRAMD NSNGGNEYSL VDWATPYLGD KRK LFRIMD TKLGGQYPQK GAFTAANLAL QCLNPDAKLR PKMSEVLVTL EQLESVAKPG TKHTQMESPR FHHSSVMQKS PVRY SHDRP LLHMTPGASP LPSYTQSPRV R

UniProtKB: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2

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分子 #3: Protein kinase superfamily protein

分子名称: Protein kinase superfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 40.142375 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MKKQYLKSGS GTRKEKDKAK RWFLDNGSIF LRELVADCNG KSIPIRSFSP EQILKATNNF DSSCFVSQDV YYKWYRGEIE DRSYMIKRF SEDEITGKRH RVKEVYNDIV LSARMSNHSN FLQLLGCCLE FPFPVLVFEF AEHGAMNQRG GVIVNGEESL L PWSVRLKI ...文字列:
MKKQYLKSGS GTRKEKDKAK RWFLDNGSIF LRELVADCNG KSIPIRSFSP EQILKATNNF DSSCFVSQDV YYKWYRGEIE DRSYMIKRF SEDEITGKRH RVKEVYNDIV LSARMSNHSN FLQLLGCCLE FPFPVLVFEF AEHGAMNQRG GVIVNGEESL L PWSVRLKI GKEIANAVTY LHTAFPKIII HRDVKPMHVF LDKNWTAKLS DLSFSISLPE GKSRIEAEWV LGTFGYIDPL YH KTCFVTE YTDVYSFGIC LLVIITGKPA IMTISDGDLQ GILSLVRELC ENGKLDEVID PRLMKDITSG QRLQVEACVV LAL RCCKER DEDRPKMIQV AKELKQIEAS LKNSS

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase ZRK1

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分子 #4: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE

分子名称: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: U5P
分子量理論値: 324.181 Da
Chemical component information

ChemComp-U:
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3342829
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.25 Å / 使用した粒子像数: 138502
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3tl8


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6j5v:
Ligand-triggered allosteric ADP release primes a plant NLR complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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