SASDBD2: Dark state solution structure of untagged Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα

基本情報

• 登録情報: データベース: SASBDB / ID: SASDBD2

試料

Dark state solution structure of untagged Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα

• Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα (Dark State) (protein), PtAUREO1a-LOV, Phaeodactylum tricornutum

• 機能・相同性: :
• 生物種: Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻)
• 引用: ジャーナル: Structure / 年: 2016; タイトル: Structure of a Native-like Aureochrome 1a LOV Domain Dimer from Phaeodactylum tricornutum.; 著者: Ankan Banerjee / Elena Herman / Tilman Kottke / Lars-Oliver Essen / ; 要旨: Light-oxygen-voltage (LOV) domains absorb blue light for mediating various biological responses in all three domains of life. Aureochromes from stramenopile algae represent a subfamily of photoreceptors that differs by its inversed topology with a C-terminal LOV sensor and an N-terminal effector (basic region leucine zipper, bZIP) domain. We crystallized the LOV domain including its flanking helices, A'α and Jα, of aureochrome 1a from Phaeodactylum tricornutum in the dark state and solved the structure at 2.8 Å resolution. Both flanking helices contribute to the interface of the native-like dimer. Small-angle X-ray scattering shows light-induced conformational changes limited to the dimeric envelope as well as increased flexibility in the lit state for the flanking helices. These rearrangements are considered to be crucial for the formation of the light-activated dimer. Finally, the LOV domain of the class 2 aureochrome PtAUREO2 was shown to lack a chromophore because of steric hindrance caused by M301.

登録者

• Lars-Oliver Essen (Philipps-Universität Marburg)

モデル

• モデル #395: ; タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 1.90 A; コメント: The model is an averaged and volume corrected representation (DAMFILT); カイ2乗値: 0.728; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料

• 試料: 名称: Dark state solution structure of untagged Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα; 試料濃度: 2.00-8.00
• バッファ: 名称: Tris / 濃度: 10.00 mM / 組成: 300 mM NaCl

要素 #260

名称: PtAUREO1a-LOV / タイプ: protein / 記述: Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα (Dark State) / 分子量: 16.09 / 分子数: 2 / 由来: Phaeodactylum tricornutum / 参照: UniProt: JGI-49116
配列:

GSHMDFSFIK ALQTAQQNFV VTDPSLPDNP IVYASQGFLN LTGYSLDQIL GRNCRFLQGP ETDPKAVERI RKAIEQGNDM SVCLLNYRVD GTTFWNQFFI AALRDAGGNV TNFVGVQCKV SDQYAATVTK QQEEEEEAAA NDDED

実験情報

• ビーム: 設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.93 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.43 mm
• 検出器: 名称: Pilatus 1M

スキャン

タイトル: Untagged Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα / 測定日: 2015年9月9日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 20 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /

	Min	Max
Q	0.0364	4.9116

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 657 /

	Min	Max
Q	0.148717	3.21794
P(R) point	1	657
R	0	9.18

結果

カーブのタイプ: single_conc

	実験値	Standard	Porod
分子量	38.8 kDa	39 kDa	38.5 kDa
体積	-	-	57.8 nm3

	P(R)	Guinier
前方散乱 I0	38.75	39.06
慣性半径, Rg	2.64 nm	2.68 nm

	Min	Max
D	-	9.18
Guinier point	1	88