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万見
- SASDAJ8: Light state solution structure of Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAJ8
試料Light state solution structure of Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα
  • Aureochrome1a-A´α-LOV-Jα (protein), Aureochrome1a-A, Phaeodactylum tricornutum
生物種Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structure of a Native-like Aureochrome 1a LOV Domain Dimer from Phaeodactylum tricornutum.
著者: Ankan Banerjee / Elena Herman / Tilman Kottke / Lars-Oliver Essen /
要旨: Light-oxygen-voltage (LOV) domains absorb blue light for mediating various biological responses in all three domains of life. Aureochromes from stramenopile algae represent a subfamily of ...Light-oxygen-voltage (LOV) domains absorb blue light for mediating various biological responses in all three domains of life. Aureochromes from stramenopile algae represent a subfamily of photoreceptors that differs by its inversed topology with a C-terminal LOV sensor and an N-terminal effector (basic region leucine zipper, bZIP) domain. We crystallized the LOV domain including its flanking helices, A'α and Jα, of aureochrome 1a from Phaeodactylum tricornutum in the dark state and solved the structure at 2.8 Å resolution. Both flanking helices contribute to the interface of the native-like dimer. Small-angle X-ray scattering shows light-induced conformational changes limited to the dimeric envelope as well as increased flexibility in the lit state for the flanking helices. These rearrangements are considered to be crucial for the formation of the light-activated dimer. Finally, the LOV domain of the class 2 aureochrome PtAUREO2 was shown to lack a chromophore because of steric hindrance caused by M301.
登録者
  • Lars-Oliver Essen (Philipps-Universität Marburg, Marburg, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #323
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIF / ダミー原子の半径: 3.25 A
コメント: The model is an averaged and volume corrected representation (DAMFILT)
カイ2乗値: 0.656 / P-value: 0.000005
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Light state solution structure of Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα
試料濃度: 0.75-15.00
バッファ名称: Tris / 濃度: 10.00 mM / pH: 8 / 組成: 300 mM NaCl
要素 #191名称: Aureochrome1a-A / タイプ: protein / 記述: Aureochrome1a-A´α-LOV-Jα / 分子量: 17.973 / 分子数: 2 / 由来: Phaeodactylum tricornutum
配列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MDFSFIKALQ TAQQNFVVTD PSLPDNPIVY ASQGFLNLTG YSLDQILGRN CRFLQGPETD PKAVERIRKA IEQGNDMSVC LLNYRVDGTT FWNQFFIAAL RDAGGNVTNF VGVQCKVSDQ YAATVTKQQE EEEEAAANDD ED

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.93 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.43 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Light state: Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα / 測定日: 2015年3月16日 / 保管温度: 4 °C / 照射時間: 20 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0337 4.9752
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 539 /
MinMax
Q0.199673 2.75103
P(R) point1 539
R0 13
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: Solution scattering data of Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα in the light state (blue light illuminated for 5-10 min). The measurement was performed at two concentration 42 and 833 ...コメント: Solution scattering data of Aureochrome1a- A´α-LOV-Jα in the light state (blue light illuminated for 5-10 min). The measurement was performed at two concentration 42 and 833 micomolar concentration. The buffer-only scattering was subtracted and the data sets were merged to generate representative curve. The analysis was performed using the ATSAS package. The displayed model is an averaged and volume corrected dummy atom representation (DAMFILT). For further sequence information refer to the Joint Genome Institute (JGI) entry JGI-49116.
実験値Porod
分子量63 kDa-
体積-87.66 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I063.8 62.75
慣性半径, Rg 3.51 nm3.34 nm

MinMax
D-13
Guinier point36 65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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