PDB-6md5: Crystal structure of zebrafish Vps26A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6md5

タイトル

Crystal structure of zebrafish Vps26A

要素

Vacuolar protein sorting-associated protein 26A

キーワード

ENDOCYTOSIS / retromer / vps26 / endoscope

機能・相同性

機能・相同性情報

WNT ligand biogenesis and trafficking / retromer complex / retrograde transport, endosome to Golgi / intracellular protein transport / vesicle / early endosome / endosome membrane / endosome / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Collins, B.M. / Leneva, N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: TBA
著者: Collins, B.M. / Leneva, N.

履歴

登録	2018年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6md5.cif.gz	185.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6md5.ent.gz	149.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6md5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6md5_validation.pdf.gz	423.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6md5_full_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示
XML形式データ	6md5_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	6md5_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6md5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6md5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fauS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4k1p-3 1g4m-1 6akf-4 395 5mk2-2 4k1p-1 1g4r-d 5mk3-4 4k1p-8 6ake-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A

37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.850, 75.480, 100.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Vacuolar protein sorting-associated protein 26A / Vesicle protein sorting 26A 分子量: 37379.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: vps26a, zgc:56673 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TNP8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 25 %(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→26.4 Å / Num. obs: 34105 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 14.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1808 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FAU

2fau

解像度: 1.7→26.4 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2191	1725	5.07 %
R_work	0.1822	-	-
obs	0.1841	34042	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2256	0	0	272	2528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2322
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.122	3132
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.404	1421
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	355
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	394

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.75	0.2716	144	0.2648	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.8065	0.2957	159	0.2358	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.871	0.2461	145	0.2206	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.871-1.9459	0.2407	154	0.2063	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9459-2.0345	0.1904	141	0.1815	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0345-2.1417	0.2088	130	0.1784	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1417-2.2758	0.2265	128	0.1785	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2758-2.4514	0.2112	156	0.1706	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4514-2.6979	0.2562	134	0.1846	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6979-3.0877	0.2365	143	0.1829	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0877-3.8882	0.222	136	0.1656	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8882-26.433	0.1779	155	0.1712	2881	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2382	-0.0321	0.6884	5.1089	1.5996	0.9165	-0.1167	0.142	0.0987	0.1602	0.2587	-0.6287	0.1398	0.3003	-0.0918	0.1884	0.0143	0.0027	0.2172	0.0158	0.1592	13.4394	98.2244	23.355
2	0.8877	-0.6018	-0.0757	3.4454	1.1104	1.7662	0.015	0.0265	0.1432	-0.0572	-0.0627	-0.0554	-0.2537	-0.0523	0.0209	0.0867	0.0012	-0.0088	0.1122	0.0193	0.1134	5.4523	107.442	16.1122
3	2.3709	-1.7508	-0.6904	3.7304	0.5666	1.8929	0.0761	0.2588	-0.0375	-0.1466	-0.1256	-0.1061	0.2248	0.1103	0.0234	0.1158	0.0011	-0.02	0.1424	0.0008	0.1018	24.2138	74.3835	5.5542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 149 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 150 through 299 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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