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- PDB-6ake: Crystal structure of mouse claudin-3 in complex with C-terminal f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ake
タイトルCrystal structure of mouse claudin-3 in complex with C-terminal fragment of Clostridium perfringens enterotoxin
要素
  • Claudin-3
  • Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN/TOXIN / Cell adhesion / Tight junction / MEMBRANE PROTEIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell junction maintenance / establishment of endothelial blood-brain barrier / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / response to Gram-positive bacterium / regulation of membrane permeability / negative regulation of wound healing / regulation of transepithelial transport / epithelial cell morphogenesis / bicellular tight junction assembly / apicolateral plasma membrane ...cell junction maintenance / establishment of endothelial blood-brain barrier / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / response to Gram-positive bacterium / regulation of membrane permeability / negative regulation of wound healing / regulation of transepithelial transport / epithelial cell morphogenesis / bicellular tight junction assembly / apicolateral plasma membrane / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of cell morphogenesis / tight junction / positive regulation of wound healing / bicellular tight junction / lateral plasma membrane / negative regulation of cell migration / cell-cell junction / actin cytoskeleton organization / toxin activity / response to ethanol / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Claudin-3 / Jelly Rolls - #1050 / Claudin / Claudin, conserved site / Claudin family signature. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #150 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily ...Claudin-3 / Jelly Rolls - #1050 / Claudin / Claudin, conserved site / Claudin family signature. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #150 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat-labile enterotoxin B chain / Claudin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Nakamura, S. / Irie, K. / Fujiyoshi, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Morphologic determinant of tight junctions revealed by claudin-3 structures.
著者: Nakamura, S. / Irie, K. / Tanaka, H. / Nishikawa, K. / Suzuki, H. / Saitoh, Y. / Tamura, A. / Tsukita, S. / Fujiyoshi, Y.
履歴
登録2018年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Claudin-3
B: Heat-labile enterotoxin B chain
C: Claudin-3
D: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4734
ポリマ－66,4734
非ポリマー00
水00
1
A: Claudin-3
B: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2362
ポリマ－33,2362
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14700 Å2
手法PISA
2
C: Claudin-3
D: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2362
ポリマ－33,2362
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.600, 66.630, 111.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Claudin-3 / Clostridium perfringens enterotoxin receptor 2 / CPE-receptor 2


分子量: 19906.504 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-183 / 変異: C103A, C106A, C181A, C182A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cldn3, Cpetr2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Z0G9
#2: タンパク質 Heat-labile enterotoxin B chain


分子量: 13329.830 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 203-319 / 変異: S313A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: cpe / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01558
Has protein modificationY
配列の詳細Authors state that the N-terminal residues GHMASGS in A and C chains are derived from the TEV ...Authors state that the N-terminal residues GHMASGS in A and C chains are derived from the TEV protease cleavage site and linker and that Gly201 and Ser202 in B and D chains are derived from the thrombin cleavage site.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.41 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Tris-HCl, sodium chloride, magnesium nitrate, PEG 2000 MME, LMNG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→45.9 Å / Num. obs: 15888 / % possible obs: 93.92 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 147.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 14.86
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 952 / CC1/2: 0.561 / Rpim(I) all: 0.58 / Rrim(I) all: 1.33 / % possible all: 60.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3x29

3x29


解像度: 3.6→45.9 Å / SU ML: 0.6158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.2082 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 756 5.05 %Random selection
Rwork0.2641 14212 --
obs0.2651 14968 93.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 142.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4306 0 0 0 4306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01174391
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56416002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0784731
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.37151482
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.880.35271090.35512144X-RAY DIFFRACTION71.5
3.88-4.270.33981580.28362977X-RAY DIFFRACTION99.37
4.27-4.880.27871590.2192999X-RAY DIFFRACTION100
4.88-6.150.29551500.23963041X-RAY DIFFRACTION99.84
6.15-45.90.26131800.27593051X-RAY DIFFRACTION98.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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