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Yorodumi- PDB-7a27: Structure of soluble SmhA crystal form 2 of the tripartite alpha-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a27 | ||||||
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Title | Structure of soluble SmhA crystal form 2 of the tripartite alpha-pore forming toxin, Smh, from Serratia marcescens. | ||||||
Components | SmhA | ||||||
Keywords | TOXIN / Pore forming toxin / Bacterial toxin / Serratia marcescens | ||||||
Function / homology | Type I secretion outer membrane protein, TolC family Function and homology information | ||||||
Biological species | Serratia marcescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.57 Å | ||||||
Authors | Churchill-Angus, A.M. / Baker, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2021 Title: Characterisation of a tripartite alpha-pore forming toxin from Serratia marcescens Authors: Churchill-Angus, A.M. / Schofield, T.H.B. / Marlow, T.R. / Sedelnikova, S.E. / Wilson, J.S. / Rafferty, J.B. / Baker, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7a27.cif.gz | 919.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7a27.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7a27.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7a27_validation.pdf.gz | 455.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7a27_full_validation.pdf.gz | 463.3 KB | Display | |
Data in XML | 7a27_validation.xml.gz | 44.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7a27_validation.cif.gz | 61.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/7a27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/7a27 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6zz5C 6zzhC 7a0gC 7a26SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 39976.277 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Serratia marcescens (bacteria) / Gene: BHU62_20100 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1Q4NVM5 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 280 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2M potassium nitrate, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9159 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 7, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9159 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.57→110.55 Å / Num. obs: 53914 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.57→2.61 Å / Rmerge(I) obs: 2.129 / Num. unique obs: 2644 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.595 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7A26 Resolution: 2.57→110.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 44.031 / SU ML: 0.363 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.648 / ESU R Free: 0.292 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 72.64 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.57→110.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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