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- PDB-6zz5: Structure of soluble SmhB of the tripartite alpha-pore forming to... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zz5 | ||||||
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Title | Structure of soluble SmhB of the tripartite alpha-pore forming toxin, Smh, from Serratia marcescens. | ||||||
![]() | SmhB | ||||||
![]() | TOXIN / Pore forming toxin / Bacterial toxin / Serratia marcescens | ||||||
Function / homology | Hemolysin BL-binding component / Bacillus haemolytic enterotoxin (HBL) / membrane / HBL/NHE enterotoxin family protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Churchill-Angus, A.M. / Baker, P.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Characterisation of a tripartite alpha-pore forming toxin from Serratia marcescens Authors: Churchill-Angus, A.M. / Schofield, T.H.B. / Marlow, T.R. / Sedelnikova, S.E. / Wilson, J.S. / Rafferty, J.B. / Baker, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 483.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 456.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 459.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 40.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zzhC ![]() 7a0gC ![]() 7a26C ![]() 7a27C ![]() 6grkS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain: (Details: Chains AAA BBB) |
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Components
#1: Protein | Mass: 39376.562 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SmhB / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 280.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.17 M ammonium sulphate, 25.5 % PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 3, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9159 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→65.185 Å / Num. obs: 66582 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 1.214 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3207 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.842 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6GRK Resolution: 1.84→65.185 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.214 / WRfactor Rwork: 0.18 / SU B: 7.039 / SU ML: 0.1 / Average fsc free: 0.9075 / Average fsc work: 0.9137 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.127 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.839 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→65.185 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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