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万見
- PDB-2xqn: Complex of the 2nd and 3rd LIM domains of TES with the EVH1 DOMAI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xqn
タイトルComplex of the 2nd and 3rd LIM domains of TES with the EVH1 DOMAIN of MENA and the N-Terminal domain of actin-like protein Arp7A
要素
  • ACTIN-LIKE PROTEIN 7A
  • ENABLED HOMOLOG
  • TESTIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / METAL-BINDING PROTEIN / CYTOSKELETON / FOCAL ADHESION / ACROSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic cytoskeleton organization / actin polymerization-dependent cell motility / acrosome assembly / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / fertilization / motile cilium / WW domain binding / spermatid development ...postsynaptic cytoskeleton organization / actin polymerization-dependent cell motility / acrosome assembly / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / fertilization / motile cilium / WW domain binding / spermatid development / Generation of second messenger molecules / single fertilization / axon guidance / acrosomal vesicle / male germ cell nucleus / filopodium / GABA-ergic synapse / structural constituent of cytoskeleton / SH3 domain binding / cell junction / lamellipodium / actin binding / cytoskeleton / postsynapse / cadherin binding / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / Golgi apparatus / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Actin-like protein 7A, N-terminal / Actin-like protein 7A N-terminus / PET domain / PET testin / Testin, LIM domain 1 / Testin, LIM domain 2 / Testin, LIM domain 3 / : / PET Domain / PET domain profile. ...Actin-like protein 7A, N-terminal / Actin-like protein 7A N-terminus / PET domain / PET testin / Testin, LIM domain 1 / Testin, LIM domain 2 / Testin, LIM domain 3 / : / PET Domain / PET domain profile. / VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / Cysteine Rich Protein / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Cysteine Rich Protein / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Actin / Actin family / Actin / Ribbon / ATPase, nucleotide binding domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein enabled homolog / Testin / Actin-like protein 7A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Knowles, P.P. / Briggs, D.C. / Murray-Rust, J. / McDonald, N.Q.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular recognition of the Tes LIM2-3 domains by the actin-related protein Arp7A.
著者: Boeda, B. / Knowles, P.P. / Briggs, D.C. / Murray-Rust, J. / Soriano, E. / Garvalov, B.K. / McDonald, N.Q. / Way, M.
履歴
登録2010年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTIN-LIKE PROTEIN 7A
M: ENABLED HOMOLOG
T: TESTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0578
ポリマ－34,7303
非ポリマー3275
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-24.7 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.829, 86.791, 115.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ACTIN-LIKE PROTEIN 7A / ARP7A / ACTIN-LIKE-7-ALPHA


分子量: 7015.960 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-65 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PMW172 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): FB810 / 参照: UniProt: Q9Y615
#2: タンパク質 ENABLED HOMOLOG / MENA


分子量: 13343.019 Da / 分子数: 1 / 断片: EVH1 DOMAIN, RESIDUES 1-115 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PMW172 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): FB810 / 参照: UniProt: Q8N8S7
#3: タンパク質 TESTIN / TESS


分子量: 14370.611 Da / 分子数: 1 / 断片: LIM DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 296-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PMW172 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): FB810 / 参照: UniProt: Q9UGI8
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.54 % / 解説: NONE
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PROTEIN: 37.5 MG/ML OF PROTEIN COMPLEX IN 20MM TRIS-HCL PH 8.0, 100MM NACL RESERVOIR: 17.5 PEG 8K, 0.1MTRIS PH 8.5, 0.15M KSCN SITTING DROPS 2:1 PROTEIN:RESERVOIR, 22 DEG C CRYOPROTECTANT: N-PARATONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月17日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25.74 Å / Num. obs: 12008 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 56.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 79.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IYB

2iyb


解像度: 2.62→25.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 11.816 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.477 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26811 565 4.7 %RANDOM
Rwork0.21525 ---
obs0.21776 11400 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.715 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å20 Å20 Å2
2--4.2 Å20 Å2
3----2.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→25.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2035 0 5 49 2089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.9142841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.975262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.62124.12497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.02415339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5251510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8051.51310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55722104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.243796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7154.5736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.618→2.686 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 35 -
Rwork0.338 786 -
obs--95.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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