PDB-5ziz: Crystal structure of Xanthomonas campestris FlgL (space group H3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ziz

タイトル

Crystal structure of Xanthomonas campestris FlgL (space group H3)

要素

Flagellar hook protein FlgL

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / flagellum / junction

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Hong, H.J. / Kim, T.H. / Song, W.S. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of FlgL and its implications for flagellar assembly
著者: Hong, H.J. / Kim, T.H. / Song, W.S. / Ko, H.J. / Lee, G.S. / Kang, S.G. / Kim, P.H. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2018年3月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ziz.cif.gz	231.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ziz.ent.gz	186.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ziz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ziz_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ziz_full_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示
XML形式データ	5ziz_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	5ziz_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5ziz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5ziz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ziyC 5zj0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l4t-d 5hl8-d 2f68-d 4k1p-5 4y7m-2 3v10-2 2wqu-1 6yq8-d 4qb7-d 4qmd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellar hook protein FlgL

B: Flagellar hook protein FlgL

67.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flagellar hook protein FlgL

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Flagellar hook protein FlgL

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.372, 179.372, 54.755
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	48 - 128
2	1	1	5	B	48 - 128
1	1	2	5	A	129 - 138
2	1	2	5	B	129 - 138
1	2	2	5	A	146 - 188
2	2	2	5	B	146 - 188
1	1	3	5	A	189 - 235
2	1	3	5	B	189 - 235
1	2	3	5	A	248 - 282
2	2	3	5	B	248 - 282
1	1	4	5	A	283 - 347
2	1	4	5	B	283 - 347

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Flagellar hook protein FlgL 分子量: 33641.719 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 48-364 / 変異: A340V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア) 遺伝子: RT95_19740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D0KCW5, UniProt: A0A3E1L4S6*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Flagellar hook protein FlgL

分子量: 33641.719 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 48-364 / 変異: A340V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xanthomonas campestris (バクテリア)
遺伝子: RT95_19740 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D0KCW5, UniProt: A0A3E1L4S6*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 17% PEG 3350, 0.3M magnesium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 33440 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1673

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 12.709 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.218 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25795	1600	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20846	-	-	-
obs	0.21082	31707	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.305 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0.14 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4374	0	0	130	4504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	4415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.268	1.947	5986
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.705	5	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.331	25.579	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.931	15	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.423	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.567	1.5	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.088	2	4729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.026	3	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.35	4.5	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	292	medium positional	0.07	0.5
2	2	212	medium positional	0.09	0.5
3	3	308	medium positional	0.12	0.5
4	4	260	medium positional	0.08	0.5
1	1	240	loose positional	0.22	5
2	2	196	loose positional	0.18	5
3	3	234	loose positional	0.19	5
4	4	206	loose positional	0.14	5
1	1	292	medium thermal	0.44	2
2	2	212	medium thermal	0.66	2
3	3	308	medium thermal	0.49	2
4	4	260	medium thermal	0.4	2
1	1	240	loose thermal	0.67	10
2	2	196	loose thermal	0.73	10
3	3	234	loose thermal	0.81	10
4	4	206	loose thermal	0.61	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	120	-
R_work	0.275	2363	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
2	0.9041	-1.2453	-1.1838	4.3329	1.6082	3.209	0.0527	-0.0215	-0.0951	0.0743	-0.0309	-0.1009	0.3346	-0.0322	-0.0218	0.2868	-0.0061	-0.0287	0.2804	-0.0399	0.0791	-27.336	-15.462	27.755
3	3.9158	0.8738	-0.4444	3.0815	-0.0612	0.9694	-0.0915	-0.1068	-0.0458	-0.0859	0.0255	-0.3783	-0.1354	0.1726	0.066	0.3104	0.0071	0.0103	0.2731	0.0052	0.064	-17.491	21.09	30.985
4	0.5111	0.1097	-0.0261	2.9433	1.1506	1.0291	-0.0282	0.0255	-0.074	-0.2431	-0.0289	0.0123	-0.0247	-0.2104	0.0571	0.3103	-0.0235	0.0065	0.2373	-0.0254	0.021	-31.943	-2.207	23.969
5	0.87	-0.1117	-0.0809	7.0501	2.8238	2.3135	-0.065	0.0305	-0.0238	0.0089	-0.0981	0.3804	0.0604	-0.3103	0.1631	0.2425	0.0179	0.0223	0.3329	-0.0043	0.0488	-40.118	11.392	9.348
6	0.3103	0.1399	-0.123	3.5893	3.3172	3.8119	-0.0182	0.0907	0.1088	-0.4442	0.0334	-0.1342	-0.4904	-0.046	-0.0152	0.417	0.0304	-0.0025	0.3124	-0.0141	0.1321	-31.358	22.353	8.39
7	2.6048	0.3869	-0.3791	11.522	0.1119	1.3441	0.0495	0.0062	-0.054	0.0997	-0.3411	-2.0514	0.4644	0.298	0.2915	0.4821	0.0964	0.0466	0.3337	0.1119	0.4506	-14.456	-11.271	5.093
8	0.6194	-0.4086	-0.2657	2.361	1.2459	2.1685	-0.0743	-0.0013	0.0773	0.0748	-0.0305	0.0418	0.0547	-0.1412	0.1048	0.276	0.0252	0.0093	0.2606	-0.0115	0.035	-32.892	9.423	13.367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	2	A	129 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	3	A	189 - 282
3	X-RAY DIFFRACTION	4	A	283 - 363
4	X-RAY DIFFRACTION	5	B	56 - 128
5	X-RAY DIFFRACTION	6	B	129 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	7	B	189 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	8	B	283 - 362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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