[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5ziz: Crystal structure of Xanthomonas campestris FlgL (space group H3) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ziz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Xanthomonas campestris FlgL (space group H3) | ||||||
Components | Flagellar hook protein FlgL | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / flagellum / junction | ||||||
Function / homology | Function and homology information bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xanthomonas campestris (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Hong, H.J. / Kim, T.H. / Song, W.S. / Yoon, S.I. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2018 Title: Crystal structure of FlgL and its implications for flagellar assembly Authors: Hong, H.J. / Kim, T.H. / Song, W.S. / Ko, H.J. / Lee, G.S. / Kang, S.G. / Kim, P.H. / Yoon, S.I. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ziz.cif.gz | 231.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5ziz.ent.gz | 186.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ziz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ziz_validation.pdf.gz | 436.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5ziz_full_validation.pdf.gz | 438.7 KB | Display | |
Data in XML | 5ziz_validation.xml.gz | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5ziz_validation.cif.gz | 31.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5ziz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5ziz | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 33641.719 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 48-364 / Mutation: A340V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthomonas campestris (bacteria) / Gene: RT95_19740 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0D0KCW5, UniProt: A0A3E1L4S6*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.18 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 17% PEG 3350, 0.3M magnesium nitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 1.00004 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00004 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→30 Å / Num. obs: 33440 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 21.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1673 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 12.709 / SU ML: 0.162 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.218 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.305 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.2→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|