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- PDB-5ziy: Crystal structure of Bacillus cereus FlgL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ziy
タイトルCrystal structure of Bacillus cereus FlgL
要素Flagellar hook-associated protein 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / flagellum / junction
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook-associated protein 3 / f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / f41 fragment of flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook-associated protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hong, H.J. / Kim, T.H. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of FlgL and its implications for flagellar assembly
著者: Hong, H.J. / Kim, T.H. / Song, W.S. / Ko, H.J. / Lee, G.S. / Kang, S.G. / Kim, P.H. / Yoon, S.I.
履歴
登録2018年3月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar hook-associated protein 3
B: Flagellar hook-associated protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7139
ポリマ－47,2552
非ポリマー4587
水1,58588
1
A: Flagellar hook-associated protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0207
ポリマ－23,6271
非ポリマー3926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Flagellar hook-associated protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6932
ポリマ－23,6271
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.619, 57.986, 67.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEVALVALAA66 - 9528 - 57
21ILEILEVALVALBB66 - 9528 - 57
12ILEILELEULEUAA114 - 18576 - 147
22ILEILELEULEUBB114 - 18576 - 147
13LEULEULEULEUAA203 - 235165 - 197
23LEULEULEULEUBB203 - 235165 - 197

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要素

#1: タンパク質 Flagellar hook-associated protein 3 / Flagellar hook-associated protein FlgL


分子量: 23627.332 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: flgL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A164TZ51
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG 8000, 0.1M Hepes, pH 7.4, and 0.2M zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 23891 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 1231

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.202 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24976 1214 5.1 %RANDOM
Rwork0.21244 ---
obs0.21441 22641 95.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.681 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.26 Å20 Å21.04 Å2
2--1.75 Å20 Å2
3---2.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2755 0 7 88 2850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222781
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.9593763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.39234375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.995364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.27627.008127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.29915483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.573158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02489
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5731.51816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08122886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1143965
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6114.5877
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
797medium positional0.150.5
909loose positional0.355
797medium thermal0.572
909loose thermal0.7310
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 108 -
Rwork0.227 1674 -
obs--97.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
117.41411.80624.58781.5130.87522.44760.20380.0691-0.89930.177-0.0453-0.18670.0861-0.1389-0.15850.31580.0047-0.05370.02470.00750.175921.966-5.629-2.376
26.32461.02581.25081.82530.10120.9773-0.04740.03250.20440.0146-0.0259-0.3109-0.07260.03470.07340.32670.0031-0.05110.02840.02370.104232.9656.7770.148
315.6767.20424.46375.26072.61862.07740.5561-0.5535-0.72790.6052-0.2801-0.29520.216-0.133-0.2760.33770.0057-0.07740.10590.09930.1725.825-5.5435.975
423.5561-1.90955.21991.2353-0.51664.12250.22541.7162-0.1128-0.1177-0.13050.04390.12220.1494-0.09480.3493-0.0015-0.0530.24530.01560.04329.4885.473-21.997
55.34260.2050.38191.5385-0.08743.6578-0.06250.23070.39340.03930.10590.18290.0585-0.4802-0.04350.3149-0.0107-0.04330.13330.03660.07871.89510.901-13.388
633.6517-8.4354-6.03433.90281.17544.24150.39631.2578-0.0067-0.2607-0.20920.3423-0.0654-0.0746-0.18710.3803-0.008-0.06980.43940.08680.08827.94712.438-26.028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A45 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2A104 - 196
3X-RAY DIFFRACTION3A197 - 243
4X-RAY DIFFRACTION4B56 - 97
5X-RAY DIFFRACTION5B110 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6B197 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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