PDB-5m9e: Interactions between the Mal3 EB1-like domain and Dis1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m9e

タイトル

Interactions between the Mal3 EB1-like domain and Dis1

要素

Microtubule integrity protein mal3
Phosphoprotein p93

キーワード

CELL CYCLE / EB1 domain / microtubule-binding / coiled-coil

機能・相同性

機能・相同性情報

chromosome movement towards spindle pole / meiotic centromere clustering / static microtubule bundle / dynein-driven meiotic oscillatory nuclear movement / post-anaphase array microtubule end / meiotic spindle pole body / mitotic spindle polar microtubule / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / microtubule plus end polymerase / cortical microtubule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Zakian, S. / Singleton, M.R.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: J. Cell. Sci. / 年: 2016
タイトル: An unconventional interaction between Dis1/TOG and Mal3/EB1 in fission yeast promotes the fidelity of chromosome segregation.
著者: Matsuo, Y. / Maurer, S.P. / Yukawa, M. / Zakian, S. / Singleton, M.R. / Surrey, T. / Toda, T.

履歴

登録	2016年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m9e.cif.gz	152 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m9e.ent.gz	125.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m9e_validation.pdf.gz	482.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m9e_full_validation.pdf.gz	490.1 KB	表示
XML形式データ	5m9e_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	5m9e_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/5m9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/5m9e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m97SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1e2v-3 2m2k-d 5ziy-1 6msq-d 3r84-11 1ewh-3 2mq8-d 2j9t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Microtubule integrity protein mal3

B: Microtubule integrity protein mal3

C: Microtubule integrity protein mal3

D: Microtubule integrity protein mal3

E: Phosphoprotein p93

F: Phosphoprotein p93

G: Phosphoprotein p93

H: Phosphoprotein p93

45.3 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Microtubule integrity protein mal3

B: Microtubule integrity protein mal3

E: Phosphoprotein p93

H: Phosphoprotein p93

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Microtubule integrity protein mal3

D: Microtubule integrity protein mal3

F: Phosphoprotein p93

G: Phosphoprotein p93

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.305, 93.305, 196.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Microtubule integrity protein mal3 分子量: 9030.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) 遺伝子: mal3, SPAC18G6.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10113
#2: タンパク質・ペプチド	Phosphoprotein p93 分子量: 2298.667 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09933

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7, 20% PEG 6K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.83→80.8 Å / Num. obs: 12733 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 18.3 % / R_merge(I) obs: 0.1766 / Net I/σ(I): 9.13
反射シェル	解像度: 2.83→2.931 Å / 冗長度: 19 % / R_merge(I) obs: 2.937 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC_1/2: 0.58 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M97

5m97

解像度: 2.83→80.8 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.07

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3245	603	4.88 %	RANDOM
R_work	0.266	-	-	-
obs	0.2691	12366	97.12 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.83→80.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2805	0	0	0	2805

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.524	3807
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.077	1777
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	432
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	490

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8301-3.1149	0.4383	148	0.3838	2836	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1149-3.5656	0.416	140	0.3516	2894	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5656-4.4923	0.3169	151	0.2758	2831	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4923-80.8374	0.2915	164	0.2195	3202	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.318	-0.2749	0.1324	0.5159	-0.0124	0.215	0.1028	-0.2598	0.3924	0.3119	-0.0867	0.2719	-0.3083	-0.2723	0.0066	0.7113	-0.2368	-0.2127	0.6839	0.1552	0.4808	39.0814	-10.2516	-22.2239
2	0.0116	0.0043	-0.0185	0.3313	0.1681	0.118	-0.0737	-0.0881	0.1411	0.1842	-0.2344	0.0106	-0.0424	-0.1761	-0.0744	1.032	-0.5415	-0.2168	1.0483	-0.0024	0.4106	56.0007	-4.0698	-6.614
3	0.3776	0.2803	0.1581	0.4295	0.1452	0.6838	-0.048	0.0552	0.0064	0.0991	-0.1183	-0.3198	0.0633	-0.0803	-0.9022	0.6658	-0.3056	-0.9201	0.5677	0.5596	0.7821	42.4992	-16.577	-24.8951
4	0.3281	0.0499	-0.201	0.0806	-0.0233	0.2803	0.0512	0.0883	-0.3301	0.0037	-0.2244	-0.2581	0.0733	0.1075	-0.4171	0.5052	-0.1315	-0.3078	0.5984	0.2809	0.7822	63.9389	-8.3975	-19.2457
5	0.2242	0.06	-0.0288	0.0338	-0.0659	0.5726	-0.1169	-0.6239	0.1383	0.5171	0.3173	-0.1213	-0.2373	-0.2952	0.2677	0.8958	0.0169	-0.3313	0.6781	-0.2722	0.7952	40.2785	9.7695	-29.6843
6	0.0809	-0.1255	0.0931	0.56	-0.0027	0.1871	-0.0208	-0.1324	-0.0841	0.0871	0.159	0.3311	0.1371	-0.7542	0.0403	0.5196	-0.0664	-0.5378	0.9544	0.2597	1.1821	19.1764	-1.2809	-45.0715
7	0.3116	0.1004	-0.3731	0.3649	-0.1884	0.4664	-0.1449	-0.181	0.2216	-0.0286	0.0719	-0.0048	-0.1351	-0.1732	0.0567	0.7657	-0.0573	-0.5163	0.4113	-0.0335	0.6459	42.5189	10.2773	-36.8997
8	0.2018	-0.2133	-0.1235	0.4878	0.2853	0.1696	0.2758	0.2653	-0.0217	-0.1866	0.3902	-0.2501	0.1926	-0.1541	0.0758	0.9356	-0.2007	-0.3625	0.7106	0.1153	0.7603	31.3222	-2.6733	-53.0599
9	0.0071	-0.0166	0.0503	0.0297	-0.0977	0.3189	-0.1554	0.0793	0.3274	0.0986	-0.3911	-0.023	-0.1539	0.1372	-0.0264	0.5128	-0.1144	-0.2196	0.4347	0.037	0.781	52.3043	1.5467	-25.0767
10	0.0202	0.0439	-0.0173	0.0883	-0.0374	0.0142	0.1476	-0.0701	0.0439	0.0094	0.232	0.4068	-0.1011	-0.1948	-0.0005	0.6667	-0.0084	0.0162	0.9564	0.2045	0.7304	39.8465	-5.1937	-30.6502
11	0.1498	0.1286	-0.1569	0.134	-0.1229	0.1945	-0.035	-0.071	-0.0989	0.0584	-0.1287	0.1267	0.2238	-0.0473	-0.1204	1.1001	-0.2446	-0.3834	0.4978	0.2175	0.9799	34.3682	-8.1732	-37.7478
12	0.1032	-0.0078	0.0129	0.0409	0.0198	0.4245	-0.132	-0.3694	0.2259	0.2847	0.0367	-0.043	-0.1487	0.1253	0.002	0.8353	0.1544	-0.0741	0.468	0.0086	0.7543	43.8997	0.1146	-27.7932
13	0.0468	-0.0117	-0.0027	0.06	0.0307	0.0276	-0.0578	-0.1795	0.0864	0.0845	-0.1624	-0.0196	-0.1221	0.1911	-0.0055	1.1562	0.0728	-0.4403	0.7919	-0.0551	1.2205	32.0051	14.8078	-43.7083
14	0.1018	0.0154	0.0139	0.0028	0.0003	0.0177	0.0129	-0.0738	-0.2774	-0.0147	-0.1557	0.2077	-0.0383	0.175	-0.0016	1.0724	-0.5366	-0.2104	1.3132	0.3618	0.9612	42.4046	-19.5866	-14.5439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 173 through 226 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 227 through 241 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 172 through 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 227 through 242 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 174 through 220 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 221 through 241 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 173 through 226 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 227 through 242 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 833 through 842 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 843 through 851 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 833 through 842 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 843 through 852 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'G' and (resid 834 through 846 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 838 through 849 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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