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- PDB-4qmd: Crystal structure of human envoplakin plakin repeat domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qmd
タイトルCrystal structure of human envoplakin plakin repeat domain
要素Envoplakin
キーワードCELL ADHESION / Envoplakin / Periplakin / Plakin protein / Plakin repeat domain / Cornified envelope / Epidermal permeability barrier / Keratinocyte / Terminal differentiation / Intermediate filament / Vimentin / Cytoskeleton / Cell junction / Desmosome / Paraneoplastic pemphigus
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of antibacterial peptide production / intermediate filament cytoskeleton organization / desmosome / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / intermediate filament cytoskeleton / keratinization / epidermis development / keratinocyte differentiation ...regulation of antibacterial peptide production / intermediate filament cytoskeleton organization / desmosome / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / intermediate filament cytoskeleton / keratinization / epidermis development / keratinocyte differentiation / wound healing / cadherin binding / structural molecule activity / extracellular exosome / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
beta-hairpin-alpha-hairpin repeat / Plakin repeat / : / Spectrin-like repeat / Plectin repeat / Plectin repeat / Plakin repeat superfamily / Desmoplakin, SH3 domain / SH3 domain / Plectin repeat ...beta-hairpin-alpha-hairpin repeat / Plakin repeat / : / Spectrin-like repeat / Plectin repeat / Plectin repeat / Plakin repeat superfamily / Desmoplakin, SH3 domain / SH3 domain / Plectin repeat / Plakin / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Mohammed, F. / Al-Jassar, C. / White, S.A. / Fogl, C. / Jeeves, M. / Knowles, T.J. / Odinstova, E. / Rodriguez-Zamora, P. / Overduin, M. / Chidgey, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Mechanism of intermediate filament recognition by plakin repeat domains revealed by envoplakin targeting of vimentin.
著者: Fogl, C. / Mohammed, F. / Al-Jassar, C. / Jeeves, M. / Knowles, T.J. / Rodriguez-Zamora, P. / White, S.A. / Odintsova, E. / Overduin, M. / Chidgey, M.
履歴
登録2014年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envoplakin
B: Envoplakin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4812
ポリマ－42,4812
非ポリマー00
水7,945441
1
A: Envoplakin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2401
ポリマ－21,2401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Envoplakin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2401
ポリマ－21,2401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.480, 68.950, 112.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Envoplakin / 210 kDa cornified envelope precursor protein / 210 kDa paraneoplastic pemphigus antigen / p210


分子量: 21240.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EVPL / プラスミド: pPro-EX-HTC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q92817
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M BIS Tris-CL, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.974 Å / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.898 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.70.3852.09194339413167.2
1.7-1.810.3164.314692611000191.7
1.81-1.960.2167.376153511992197.3
1.96-2.140.14213.056212510583199.8
2.14-2.390.124.677546099151100
2.39-2.750.07535.977894086521100
2.75-3.360.05655.018852574751100
3.36-4.680.03195.666822657401100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.601→19.974 Å / FOM work R set: 0.8758 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2046 4207 10.02 %
Rwork0.1684 --
obs0.172 41995 94.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.95 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 69.86 Å2 / Biso mean: 15.88 Å2 / Biso min: 0.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2471 Å20 Å20 Å2
2--1.3942 Å20 Å2
3---2.9714 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.601→19.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2963 0 0 441 3404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0184100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3411188
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6012-1.61940.2796940.259371480856
1.6194-1.63840.3157950.2641911100670
1.6384-1.65840.31391050.24061037114279
1.6584-1.67930.28661250.22181091121683
1.6793-1.70140.28321330.20721135126888
1.7014-1.72470.24421290.20481192132191
1.7247-1.74940.22631200.20041253137396
1.7494-1.77540.23591410.18731269141095
1.7754-1.80320.26831450.19241247139297
1.8032-1.83270.21231520.18111283143598
1.8327-1.86430.23981310.17311280141197
1.8643-1.89820.21041170.166813301447100
1.8982-1.93470.21081540.16541330148499
1.9347-1.97410.2251660.157712641430100
1.9741-2.0170.16941360.153213211457100
2.017-2.06390.21591640.166713011465100
2.0639-2.11540.21631670.164712921459100
2.1154-2.17260.19761340.155313201454100
2.1726-2.23640.20891550.155813541509100
2.2364-2.30850.1851430.157413111454100
2.3085-2.39090.18271430.150213251468100
2.3909-2.48640.18331500.15513271477100
2.4864-2.59940.21331440.168813181462100
2.5994-2.73610.23651520.170913441496100
2.7361-2.9070.20831480.174413351483100
2.907-3.13070.21421500.173813521502100
3.1307-3.44430.20481510.159613401491100
3.4443-3.93940.16161510.147713641515100
3.9394-4.95070.16821520.148113891541100
4.9507-19.9760.18411600.183914591619100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8934-0.52630.01071.55630.58531.44-0.0787-0.04850.03790.0931-0.01990.1015-0.0094-0.0862-0.07940.0003-0.01020.010.0007-0.00050.01269.178364.703946.0185
21.4233-0.167-0.71040.77180.31930.90490.0236-0.09150.0540.07470.0104-0.0191-0.02450.04880.00090.02730.0052-0.010.03260.00080.00154.402729.775136.7389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Chain AA1822 - 2014
2X-RAY DIFFRACTION2Chain BB1822 - 2014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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