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万見
- PDB-2f68: Crystal structure of collagen adhesin (CNA) from S. aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f68
タイトルCrystal structure of collagen adhesin (CNA) from S. aureus
要素Collagen adhesin
キーワードCELL ADHESION / Beta barrel / domain swap
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen binding / peptidoglycan-based cell wall / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Collagen binding domain / Collagen binding domain / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Cna protein B-type domain / Immunoglobulin-like - #1280 / Immunoglobulin-like - #740 / Fibrogen-binding domain 1 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Adhesion domain superfamily ...Collagen binding domain / Collagen binding domain / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Cna protein B-type domain / Immunoglobulin-like - #1280 / Immunoglobulin-like - #740 / Fibrogen-binding domain 1 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Adhesion domain superfamily / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zong, Y. / Narayana, S.V.L.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: A 'Collagen Hug' model for Staphylococcus aureus CNA binding to collagen.
著者: Zong, Y. / Xu, Y. / Liang, X. / Keene, D.R. / Hook, A. / Gurusiddappa, S. / Hook, M. / Narayana, S.V.
履歴
登録2005年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Collagen adhesin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3891
ポリマ－34,3891
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.982, 106.427, 44.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Collagen adhesin


分子量: 34388.715 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: cna / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q53654
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 3.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M NaCl, 0.05 M Hepes, PH. 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→53 Å / Num. all: 29614 / Num. obs: 28383 / % possible obs: 95.83 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rsym value: 0.03 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique all: 2781 / Rsym value: 0.09 / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→52 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1957 8 %Random
Rwork0.195 ---
obs0.292 24460 96 %-
all-25502 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2316 0 0 166 2482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.734
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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