[日本語] English
万見
- PDB-2ibg: Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ibg
タイトルCrystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog
要素
  • CG9211-PA
  • Protein hedgehog
キーワードPROTEIN BINDING / ihog / hedgehog / fibronectin type III
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of protein location in extracellular region / Myogenesis / progression of morphogenetic furrow involved in compound eye morphogenesis / terminal cell fate specification, open tracheal system / cytoneme assembly / germ cell attraction / wing disc proximal/distal pattern formation / labial disc development / regulation of cell proliferation involved in compound eye morphogenesis / Bolwig's organ morphogenesis ...maintenance of protein location in extracellular region / Myogenesis / progression of morphogenetic furrow involved in compound eye morphogenesis / terminal cell fate specification, open tracheal system / cytoneme assembly / germ cell attraction / wing disc proximal/distal pattern formation / labial disc development / regulation of cell proliferation involved in compound eye morphogenesis / Bolwig's organ morphogenesis / cuticle pattern formation / Release of Hh-Np from the secreting cell / Ligand-receptor interactions / leg disc morphogenesis / Formation and transport of the N-HH ligand / cytoneme / regulation of epithelial cell migration, open tracheal system / morphogenesis of larval imaginal disc epithelium / Assembly of the 'signalling complexes' / wing disc pattern formation / compound eye photoreceptor cell differentiation / Hedgehog ligand biogenesis / gonadal mesoderm development / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / imaginal disc growth / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / heart formation / epithelial cell migration, open tracheal system / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / compound eye morphogenesis / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / morphogen activity / hindgut morphogenesis / segment polarity determination / compound eye development / ventral midline development / foregut morphogenesis / hedgehog family protein binding / cholesterol-protein transferase activity / mucosal immune response / imaginal disc-derived wing morphogenesis / compartment pattern specification / homotypic cell-cell adhesion / segment specification / glial cell migration / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / developmental pigmentation / patched binding / self proteolysis / germ cell migration / embryonic pattern specification / intein-mediated protein splicing / positive regulation of protein localization to cell surface / cell fate specification / smoothened signaling pathway / positive regulation of neuroblast proliferation / protein autoprocessing / endocytic vesicle / epidermis development / coreceptor activity / negative regulation of proteolysis / regulation of mitotic cell cycle / axon guidance / cell-cell adhesion / cell-cell signaling / peptidase activity / heparin binding / regulation of gene expression / heart development / cytoplasmic vesicle / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / endosome / axon / calcium ion binding / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Protein hedgehog / Interference hedgehog
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者McLellan, J.S. / Leahy, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structure of a heparin-dependent complex of Hedgehog and Ihog.
著者: McLellan, J.S. / Yao, S. / Zheng, X. / Geisbrecht, B.V. / Ghirlando, R. / Beachy, P.A. / Leahy, D.J.
履歴
登録2006年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CG9211-PA
B: CG9211-PA
C: CG9211-PA
D: CG9211-PA
E: Protein hedgehog
F: Protein hedgehog
G: Protein hedgehog
H: Protein hedgehog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,38720
ポリマ－166,2478
非ポリマー1,14012
水5,206289
1
A: CG9211-PA
F: Protein hedgehog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8475
ポリマ－41,5622
非ポリマー2853
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CG9211-PA
E: Protein hedgehog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0377
ポリマ－41,5622
非ポリマー4755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CG9211-PA
H: Protein hedgehog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8475
ポリマ－41,5622
非ポリマー2853
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CG9211-PA
G: Protein hedgehog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6573
ポリマ－41,5622
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.354, 70.003, 155.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
CG9211-PA / GH03927p


分子量: 24290.354 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular FNIII Domains / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: iHog, CG9211 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9VM64
#2: タンパク質
Protein hedgehog


分子量: 17271.426 Da / 分子数: 4 / 断片: protein hedgehog N-product / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: hh / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q02936
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 2.0M Na/K phosphate pH 6.4, 0.2M lithium sulfate, 0.05M CAPS pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 82885 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル最高解像度: 2.2 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.817 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 2IBB PDB Entry 1VHH

2ibb

1vhh


解像度: 2.2→37.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 14.824 / SU ML: 0.181 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 3864 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 76254 92.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.719 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.82 Å20 Å20.31 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11295 0 60 289 11644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02211640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.96415802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84451387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83323.148540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.785151948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1041589
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.25162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.27853
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2582
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6791.57209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.104211373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66935141
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.564.54429
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 264 -
Rwork0.271 4722 -
obs-4986 81.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.04040.536-0.62061.8211-0.39782.050.0199-0.054-0.08460.0986-0.0019-0.078-0.09540.0475-0.018-0.18290.0373-0.0425-0.134-0.0328-0.013168.215935.1823152.7672
21.940.0560.01551.5032-0.35442.05050.05790.11640.091-0.11310.0122-0.08770.05540.1137-0.0701-0.101-0.05080.033-0.1115-0.0404-0.088568.828850.052281.8151
32.50740.0618-0.47731.4601-0.02142.3298-0.01180.1411-0.2015-0.04630.07880.126-0.0919-0.0361-0.067-0.1063-0.0373-0.0284-0.16810.0406-0.061343.815538.624981.6169
42.05550.30970.1741.76470.80032.1349-0.0093-0.13460.11710.06710.02470.10770.0148-0.047-0.0153-0.16840.05330.0134-0.09840.0543-0.049943.603449.1758152.8744
52.6156-1.07451.18273.1027-0.63983.815-0.1916-0.16160.18790.3938-0.0424-0.493-0.45960.3410.2339-0.035-0.1195-0.0348-0.0805-0.0816-0.073876.321561.5683117.2588
62.4940.66432.323310.435910.298614.30260.18450.7895-0.3535-0.6471.4964-1.7013-0.13211.9097-1.6809-0.14660.01370.06110.2165-0.42660.126372.278420.6329119.7415
74.06871.0977-0.61396.1638-0.53583.20690.13920.51020.2037-0.59460.1870.8515-0.7017-0.7782-0.32630.06130.2419-0.00860.03350.1743-0.114939.819164.9075120.5838
83.12571.0168-3.63856.2976-5.291110.76990.1494-0.2777-0.04230.46560.04820.5233-0.2789-0.182-0.1976-0.1803-0.08160.0022-0.11360.194-0.113335.845124.5987115.4896
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA464 - 6771 - 214
22BB464 - 6761 - 213
33CC464 - 6761 - 213
44DD464 - 6761 - 213
55EE100 - 2482 - 150
66FF99 - 2461 - 148
77GG99 - 2471 - 149
88HH100 - 2482 - 150

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る