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- PDB-6a8u: PhoQ sensor domain (wild type): analysis of internal cavity -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a8u
タイトルPhoQ sensor domain (wild type): analysis of internal cavity
要素Sensor protein PhoQ
キーワードSIGNALING PROTEIN / sensor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to magnesium starvation / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / kinase activity / signal transduction / ATP binding ...cellular response to magnesium starvation / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / kinase activity / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PhoQ sensor domain / PhoQ Sensor / PhoQ Sensor superfamily / PhoQ Sensor / : / HAMP domain profile. / HAMP domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain ...PhoQ sensor domain / PhoQ Sensor / PhoQ Sensor superfamily / PhoQ Sensor / : / HAMP domain profile. / HAMP domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor protein PhoQ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.848 Å
Model detailsSensor protein PhoQ
データ登録者Yoshitani, K. / Ishii, E. / Taniguchi, K. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Mori, H. / Akiyama, Y. / Kato, A. / Utsumi, R. / Eguchi, Y.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceP20248012 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16K07681 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP17J02501 日本
引用ジャーナル: Biosci. Biotechnol. Biochem. / 年: 2019
タイトル: Identification of an internal cavity in the PhoQ sensor domain for PhoQ activity and SafA-mediated control.
著者: Yoshitani, K. / Ishii, E. / Taniguchi, K. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Akiyama, Y. / Kato, A. / Utsumi, R. / Eguchi, Y.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein PhoQ
B: Sensor protein PhoQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3692
ポリマ－34,3692
非ポリマー00
水4,954275
1
A: Sensor protein PhoQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1841
ポリマ－17,1841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sensor protein PhoQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1841
ポリマ－17,1841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.030, 68.230, 112.896
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein PhoQ / Sensor histidine protein kinase/phosphatase PhoQ


分子量: 17184.314 Da / 分子数: 2 / 断片: sensor domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: phoQ, b1129, JW1115 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P23837, histidine kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: 32% (w/v) PEG 3350, 0.2M ammonium tartrate, 0.1M CHES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 24449 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 19.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 276450
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.887.80.36312030.9420.1310.3871.00694.3
1.88-1.928.70.33412220.9520.1140.3541.0295.1
1.92-1.9510.10.29312060.9770.0940.3091.03395
1.95-1.9910.60.25711970.9760.080.271.01594.5
1.99-2.0411.20.22911730.9840.070.241.01292.5
2.04-2.0811.10.19411570.9840.0590.2041.00489.6
2.08-2.1411.70.16611080.990.050.1741.01487.2
2.14-2.19120.1512230.9930.0440.1560.97497.1
2.19-2.26120.1512600.9930.0440.1561.00796.6
2.26-2.33120.1312190.9940.0380.1350.96596
2.33-2.4111.70.11512380.9940.0340.120.96595.5
2.41-2.5111.50.10412090.9940.0310.1080.94493.5
2.51-2.6311.90.09411760.9960.0280.0980.94491.1
2.63-2.7612.10.08212650.9970.0240.0850.93297.7
2.76-2.9412.20.07412720.9970.0220.0770.91597.4
2.94-3.1611.90.06412670.9970.0190.0670.91696.6
3.16-3.4811.70.05612210.9980.0170.0580.91693.6
3.48-3.9912.30.0512720.9980.0150.0520.8996.4
3.99-5.0211.80.04612180.9970.0140.0480.83989.9
5.02-5011.50.04213430.9990.0130.0440.76592.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BQ8

3bq8


解像度: 1.848→43.493 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2252 1276 5.23 %RANDOM
Rwork0.1692 23128 --
obs0.1721 24404 94.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.06 Å2 / Biso mean: 24.5508 Å2 / Biso min: 6.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.848→43.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2266 0 0 275 2541
Biso mean---30.43 -
残基数----280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7853336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1211511
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8482-1.92220.27731590.2172500265994
1.9222-2.00970.22761400.18212546268694
2.0097-2.11560.23331400.1682359249988
2.1156-2.24820.21811450.1622607275297
2.2482-2.42170.25681490.17452567271696
2.4217-2.66540.25011300.1772543267393
2.6654-3.0510.24111290.18132676280597
3.051-3.84360.19641370.16092662279995
3.8436-43.50490.20681470.15542668281592
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4894-0.0799-0.01250.2206-0.26990.597-0.10260.06660.03410.0896-0.0026-0.0393-0.14150.135-0.01670.0752-0.0026-0.00440.0567-0.00170.066761.580345.894512.535
20.0668-0.01490.12980.02050.00860.39440.01050.30090.61330.0542-0.10350.07990.05030.21180.01470.1641-0.0272-0.01010.21050.03480.327364.994252.688119.0307
31.07020.0029-0.46730.1328-0.17520.96570.0727-0.0985-0.01350.039-0.03880.0073-0.06170.0490.01780.0713-0.0040.00270.07080.00080.088649.524645.109123.4873
40.0502-0.161-0.09510.12810.08350.33870.16620.11210.1399-0.1252-0.1169-0.1031-0.12430.01280.01810.08310.02060.02630.09550.0060.112157.208144.896915.4583
51.08810.26170.26581.15660.56121.0250.27930.18350.03250.2582-0.2538-0.23070.40020.55490.14110.17810.072-0.00030.2448-0.01470.123541.069278.079217.8386
60.1340.01160.11010.08460.02920.1810.07530.2052-0.1212-0.0855-0.1673-0.0996-0.18030.2344-0.02580.23540.09910.02280.27180.0290.258838.162991.41125.8796
7-0.1657-0.386-0.49641.021.07560.5721-0.00820.0192-0.0263-0.0182-0.09160.10520.0242-0.0043-0.01370.160.04260.00170.1384-0.01790.130237.086472.0956.4257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 43 through 71 )A43 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 72 through 83 )A72 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 164 )A84 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 165 through 187 )A165 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 42 through 62 )B42 - 62
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 63 through 83 )B63 - 83
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 84 through 186 )B84 - 186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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