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- SASDF86: Human Galectin-10 (Tyr69Glu mutant) (Galectin-10 Tyr69Glu, Gal-10) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF86
試料Human Galectin-10 (Tyr69Glu mutant)
  • Galectin-10 Tyr69Glu (protein), Gal-10, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / carbohydrate binding / : / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Science / : 2019
タイトル: Protein crystallization promotes type 2 immunity and is reversible by antibody treatment.
著者: Emma K Persson / Kenneth Verstraete / Ines Heyndrickx / Elien Gevaert / Helena Aegerter / Jean-Michel Percier / Kim Deswarte / Koen H G Verschueren / Ann Dansercoer / Delphine Gras / Pascal ...著者: Emma K Persson / Kenneth Verstraete / Ines Heyndrickx / Elien Gevaert / Helena Aegerter / Jean-Michel Percier / Kim Deswarte / Koen H G Verschueren / Ann Dansercoer / Delphine Gras / Pascal Chanez / Claus Bachert / Amanda Gonçalves / Hanne Van Gorp / Hans De Haard / Christophe Blanchetot / Michael Saunders / Hamida Hammad / Savvas N Savvides / Bart N Lambrecht /
要旨: Although spontaneous protein crystallization is a rare event in vivo, Charcot-Leyden crystals (CLCs) consisting of galectin-10 (Gal10) protein are frequently observed in eosinophilic diseases, such ...Although spontaneous protein crystallization is a rare event in vivo, Charcot-Leyden crystals (CLCs) consisting of galectin-10 (Gal10) protein are frequently observed in eosinophilic diseases, such as asthma. We found that CLCs derived from patients showed crystal packing and Gal10 structure identical to those of Gal10 crystals grown in vitro. When administered to the airways, crystalline Gal10 stimulated innate and adaptive immunity and acted as a type 2 adjuvant. By contrast, a soluble Gal10 mutein was inert. Antibodies directed against key epitopes of the CLC crystallization interface dissolved preexisting CLCs in patient-derived mucus within hours and reversed crystal-driven inflammation, goblet-cell metaplasia, immunoglobulin E (IgE) synthesis, and bronchial hyperreactivity (BHR) in a humanized mouse model of asthma. Thus, protein crystals may promote hallmark features of asthma and are targetable by crystal-dissolving antibodies.
登録者
  • Clement Blanchet
  • Kenneth Verstraete

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2989
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 11.2234292988744
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Human Galectin-10 (Tyr69Glu mutant) / 試料濃度: 20 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Hepes 150 NaCl / pH: 7.4
要素 #1642名称: Gal-10 / タイプ: protein / 記述: Galectin-10 Tyr69Glu / 分子量: 16.613 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q05315
配列:
GHMSLLPVPY TEAASLSTGS TVTIKGRPLA CFLNEPYLQV DFHTEMKEES DIVFHFQVCF GRRVVMNSRE EGAWKQQVES KNMPFQDGQE FELSISVLPD KYQVMVNGQS SYTFDHRIKP EAVKMVQVWR DISLTKFNVS YLKR

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / : France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.8 mm
検出器名称: Eiger 4M / Pixsize x: 75 mm
スキャン
タイトル: Galactin 10 / 測定日: 2018年2月4日 / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 14 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0066 0.6089
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 470 /
MinMax
Q0.007348 0.4816
P(R) point1 470
R0 81.5
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量30.2 kDa28.7 kDa
体積-46 nm3

GuinierP(R)Guinier error
前方散乱 I00.120254 --
慣性半径, Rg 2.147 nm2.172 nm0.01

MinMax
D-8.15
Guinier point15 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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