PDB-9i9p: Crystal Structure of UFC1 W145H

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i9p

タイトル

Crystal Structure of UFC1 W145H

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / UFMylation / UFM1 conjugating enzyme / transthiolation activity / aminoacyltransferase activity / oxyanion hole impairing mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.022 Å

データ登録者

Manoj Kumar, P. / Banerjee, S. / Weiner, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2025年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i9p.cif.gz	50.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i9p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i9p_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i9p_full_validation.pdf.gz	450 KB	表示
XML形式データ	9i9p_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	9i9p_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/9i9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/9i9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9glkC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9ia8C 2z6o C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

ヘテロ分子

19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.548, 46.512, 45.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.742, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19582.463 Da / 分子数: 1 / 変異: W145H / 由来タイプ: 組換発現詳細: Tryptophan at 145th position is mutated to Histidine 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 express strain / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.022→32.405 Å / Num. obs: 9919 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.8 Å² / CC_1/2: 0.925 / R_rim(I) all: 0.414 / Net I/σ(I): 2.6
反射シェル	解像度: 2.022→5.479 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.223 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 470 / CC_1/2: 0.378 / R_pim(I) all: 0.754 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		data processing
autoPROC		データスケーリング
Coot	0.9.6	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.022→32.405 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.895 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.849 / SU B: 8.241 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2672	487	4.927 %
R_work	0.2362	9397	-
all	0.238	-	-
obs	-	9884	98.476 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.466 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.592 Å²	-0 Å²	-0.245 Å²
2-	-	-0.897 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.022→32.405 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1269	0	17	90	1376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.645	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.282	1.582	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.562	5	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.344	21.857	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.202	15	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.045	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.42	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.322	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.877	1.809	629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.875	1.806	628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.461	2.694	781
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.46	2.697	782
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.763	1.865	687
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.762	1.857	684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.26	2.755	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.261	2.743	998
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.27	32.972	5403
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.171	32.781	5353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.022-2.074	0.293	36	0.322	672	X-RAY DIFFRACTION	96.7213
2.074-2.131	0.266	43	0.292	651	X-RAY DIFFRACTION	97.7465
2.131-2.192	0.3	31	0.274	656	X-RAY DIFFRACTION	99.1342
2.192-2.26	0.316	28	0.285	631	X-RAY DIFFRACTION	98.8006
2.26-2.334	0.385	30	0.259	626	X-RAY DIFFRACTION	98.2036
2.334-2.415	0.195	24	0.243	608	X-RAY DIFFRACTION	99.2151
2.415-2.506	0.311	26	0.254	588	X-RAY DIFFRACTION	99.1922
2.506-2.608	0.205	35	0.238	555	X-RAY DIFFRACTION	98.6622
2.608-2.724	0.305	35	0.233	519	X-RAY DIFFRACTION	99.2831
2.724-2.856	0.28	21	0.231	523	X-RAY DIFFRACTION	99.6337
2.856-3.01	0.246	29	0.204	485	X-RAY DIFFRACTION	99.0366
3.01-3.192	0.23	20	0.226	454	X-RAY DIFFRACTION	99.5798
3.192-3.411	0.251	15	0.209	452	X-RAY DIFFRACTION	97.6987
3.411-3.682	0.202	28	0.208	399	X-RAY DIFFRACTION	99.0719
3.682-4.031	0.29	19	0.193	374	X-RAY DIFFRACTION	98.9924
4.031-4.502	0.171	18	0.188	346	X-RAY DIFFRACTION	99.1826
4.502-5.19	0.306	14	0.207	306	X-RAY DIFFRACTION	98.7654
5.19-6.336	0.341	12	0.256	249	X-RAY DIFFRACTION	98.1203
6.336-8.873	0.269	19	0.282	193	X-RAY DIFFRACTION	96.3636
8.873-32.405	0.369	4	0.246	110	X-RAY DIFFRACTION	87.0229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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