PDB-9i9m: Crystal structure of chimeric UFC1, TAK MotiF replaced with HPN m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i9m

タイトル

Crystal structure of chimeric UFC1, TAK MotiF replaced with HPN motif of other E2 proteins

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme-1 / UFMylation / Chimeric UFC1 / HPN motif / Isopeptide / oxyanion hole

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.543 Å

データ登録者

Manoj Kumar, P. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2025年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i9m.cif.gz	53.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i9m.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/9i9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/9i9m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9glkC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9nC 9i9oC 9i9pC 9ia8C 2z6o C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

ヘテロ分子

19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.163, 47.163, 144.632
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-341- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19688.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: chimeric UFC1 TAK (106-108) is changed to HPN motif present in other E2 proteins 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7-Express / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 20% w/v 2-propanol, 20% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.543→44.84 Å / Num. obs: 24971 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 20.41 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.03874 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.543→1.598 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 2414 / CC_1/2: 0.525 / R_rim(I) all: 0.9574 / % possible all: 98.65

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
Coot	0.9.6	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.543→44.839 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 1.879 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2088	1259	5.042 %
R_work	0.1902	23712	-
all	0.191	-	-
obs	-	24971	99.868 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.516 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.067 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.067 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.135 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.543→44.839 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1362	0	12	109	1483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.583	1.649	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.431	1.586	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.564	5	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.57	21.605	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.5	15	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.497	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.914	1.904	664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.914	1.896	663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.866	2.842	830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.864	2.852	831
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.454	2.368	760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.452	2.369	761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.138	3.364	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.135	3.366	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.25	23.069	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.177	22.806	1597

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.543-1.583	0.373	88	0.373	1691	0.373	1810	0.695	0.65	98.2873	0.371
1.583-1.626	0.348	99	0.319	1669	0.32	1769	0.79	0.801	99.9435	0.316
1.626-1.673	0.291	75	0.27	1632	0.271	1707	0.869	0.859	100	0.266
1.673-1.725	0.267	81	0.236	1558	0.238	1639	0.899	0.903	100	0.224
1.725-1.781	0.238	65	0.203	1541	0.205	1606	0.903	0.925	100	0.186
1.781-1.844	0.234	65	0.196	1524	0.198	1589	0.923	0.931	100	0.174
1.844-1.913	0.208	87	0.195	1420	0.196	1507	0.94	0.938	100	0.168
1.913-1.991	0.23	78	0.175	1393	0.178	1471	0.916	0.951	100	0.154
1.991-2.079	0.213	76	0.173	1333	0.175	1410	0.945	0.959	99.9291	0.152
2.079-2.181	0.21	68	0.172	1268	0.174	1336	0.939	0.961	100	0.155
2.181-2.298	0.172	72	0.163	1227	0.163	1299	0.964	0.967	100	0.146
2.298-2.437	0.168	65	0.169	1157	0.169	1222	0.969	0.968	100	0.152
2.437-2.605	0.18	57	0.177	1098	0.177	1155	0.965	0.959	100	0.16
2.605-2.813	0.234	47	0.175	1038	0.178	1085	0.932	0.957	100	0.158
2.813-3.08	0.214	49	0.189	957	0.19	1006	0.949	0.953	100	0.175
3.08-3.442	0.169	51	0.176	866	0.176	917	0.965	0.964	100	0.171
3.442-3.97	0.172	54	0.15	773	0.152	827	0.969	0.973	100	0.154
3.97-4.853	0.167	32	0.162	682	0.162	714	0.977	0.971	100	0.174
4.853-6.823	0.297	30	0.235	542	0.238	572	0.942	0.962	100	0.255
6.823-44.839	0.249	20	0.248	342	0.248	362	0.949	0.957	100	0.274

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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