PDB-9gmm: Crystal Structure of UFC1 T106I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gmm

タイトル

Crystal Structure of UFC1 T106I

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / UFM1 conjugation / UFMylation pathway component / Brain development / Infantile Encephalopathy

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Kumar, M. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2024年8月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gmm.cif.gz	54.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gmm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gmm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gmm_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gmm_full_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示
XML形式データ	9gmm_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	9gmm_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/9gmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/9gmm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9glkC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9i9pC 9ia8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

ヘテロ分子

19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.653, 48.002, 82.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19652.598 Da / 分子数: 1 / 変異: T106I / 由来タイプ: 組換発現詳細: T106 is mutated to Isoleucine. This genetic mutation cause early onset of encephalopathy in infants 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.91976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→29.4 Å / Num. obs: 36233 / % possible obs: 97.43 % / 冗長度: 1.83 % / B_iso Wilson estimate: 19.12 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.35→1.398 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 3493 / CC_1/2: 0.467 / R_rim(I) all: 1.179 / % possible all: 96.09

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→29.399 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.217 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	1148	3.168 %
R_work	0.1822	35085	-
all	0.183	-	-
obs	-	36233	97.218 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.324 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.336 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.926 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→29.399 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1357	0	6	171	1534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.846	1.644	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.522	1.58	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.686	5	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.505	21.867	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.714	15	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.875	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	681
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	617
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.337	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.33	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.766	1.94	667
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.763	1.934	666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.616	2.904	832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.615	2.911	833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.132	2.31	733
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.13	2.311	734
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.654	3.311	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.652	3.313	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.002	23.939	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.834	23.328	1582

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.383	0.375	79	0.34	2418	X-RAY DIFFRACTION	92.6187
1.383-1.421	0.348	81	0.312	2475	X-RAY DIFFRACTION	96.9651
1.421-1.462	0.305	79	0.276	2427	X-RAY DIFFRACTION	98.0055
1.462-1.507	0.245	79	0.24	2393	X-RAY DIFFRACTION	98.2903
1.507-1.556	0.234	75	0.224	2310	X-RAY DIFFRACTION	98.3505
1.556-1.611	0.221	73	0.205	2213	X-RAY DIFFRACTION	97.2766
1.611-1.671	0.231	70	0.197	2148	X-RAY DIFFRACTION	97.1954
1.671-1.739	0.273	68	0.187	2079	X-RAY DIFFRACTION	98.1261
1.739-1.816	0.247	65	0.175	2002	X-RAY DIFFRACTION	98.4755
1.816-1.905	0.209	63	0.176	1912	X-RAY DIFFRACTION	98.4056
1.905-2.007	0.224	60	0.177	1827	X-RAY DIFFRACTION	97.9242
2.007-2.128	0.211	56	0.18	1725	X-RAY DIFFRACTION	97.5356
2.128-2.274	0.188	54	0.172	1648	X-RAY DIFFRACTION	98.5524
2.274-2.455	0.198	51	0.167	1546	X-RAY DIFFRACTION	99.5636
2.455-2.688	0.18	46	0.174	1416	X-RAY DIFFRACTION	98.9844
2.688-3.002	0.183	42	0.176	1296	X-RAY DIFFRACTION	97.4508
3.002-3.46	0.175	37	0.173	1119	X-RAY DIFFRACTION	96.3333
3.46-4.224	0.179	31	0.148	967	X-RAY DIFFRACTION	95.8694
4.224-5.912	0.16	25	0.162	744	X-RAY DIFFRACTION	93.0993
5.912-29.399	0.185	14	0.211	420	X-RAY DIFFRACTION	85.2652

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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