PDB-9glm: Crystal Structure of UFC1 W145F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9glm

タイトル

Crystal Structure of UFC1 W145F

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / UFM1 conjugating enzyme1 / UBC core domain containing protein / Brain development / Infantile encephalopathy

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Kumar, M. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2024年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9glm.cif.gz	53.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9glm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9glm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9glm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9glm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9glkC 9gllC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9i9pC 9ia8C 2z6o 7nvj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

ヘテロ分子

19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.950, 46.950, 143.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-363- HOH
2	1	AAA-379- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19601.508 Da / 分子数: 1 / 変異: W145F / 由来タイプ: 組換発現詳細: Tryptophan at position 145 is mutated to Phenyl alanine 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.5M Ammonium sulfate; 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→35.97 Å / Num. obs: 15997 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 18.26 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.03872 / Net I/σ(I): 18.78
反射シェル	解像度: 1.79→1.854 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 1549 / CC_1/2: 0.829 / R_rim(I) all: 0.3525 / % possible all: 99.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot	WinCoot 0.9.6 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→35.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.31 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	787	4.92 %
R_work	0.1924	15210	-
all	0.195	-	-
obs	-	15997	99.931 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.932 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.259 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.259 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.517 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→35.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1319	0	6	156	1481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.536	1.647	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.404	1.582	3031
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.407	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.915	21.538	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.597	15	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.153	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	684
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.342	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.452	1.742	667
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.408	1.739	666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.077	2.6	839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.078	2.603	840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.233	2.057	728
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.232	2.058	729
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.582	2.962	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.58	2.963	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.07	21.374	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.985	21.05	1625

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.836	0.304	53	0.262	1096	X-RAY DIFFRACTION	99.913
1.836-1.887	0.332	72	0.238	1056	X-RAY DIFFRACTION	99.9114
1.887-1.941	0.249	58	0.215	1033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.941-2.001	0.249	45	0.206	1010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.001-2.066	0.258	46	0.197	981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.066-2.139	0.255	41	0.195	976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.139-2.219	0.293	43	0.19	917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.219-2.31	0.271	56	0.178	858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.412	0.205	45	0.185	863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.412-2.529	0.282	38	0.195	822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.529-2.666	0.323	35	0.209	795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.666-2.827	0.229	37	0.195	743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-3.021	0.274	32	0.206	719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.021-3.262	0.161	35	0.191	648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.262-3.571	0.196	34	0.178	615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.571-3.99	0.231	35	0.159	560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-4.601	0.179	27	0.156	498	X-RAY DIFFRACTION	100
4.601-5.62	0.234	21	0.177	443	X-RAY DIFFRACTION	100
5.62-7.886	0.228	26	0.212	351	X-RAY DIFFRACTION	100
7.886-35.97	0.178	8	0.223	221	X-RAY DIFFRACTION	96.2185

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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