PDB-9gll: Crystal Structure of UFC1 T106L

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gll

タイトル

Crystal Structure of UFC1 T106L

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / UFM1 conjugating enzyme1 / UBC core domain containing protein / Brain development / Infantile encephalopathy

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kumar, M. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2024年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gll.cif.gz	55.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gll.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gll_validation.pdf.gz	422.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gll_full_validation.pdf.gz	424.2 KB	表示
XML形式データ	9gll_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	9gll_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9gll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9gll	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9glkC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9i9pC 9ia8C 2z6o 7nvj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.200, 47.200, 142.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-257- HOH
2	1	AAA-297- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19652.598 Da / 分子数: 1 / 変異: T106L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Threonine at 106th position is mutated to Leucine / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.4M Sodium potassium monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→44.82 Å / Num. obs: 20255 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 11.53 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.06703 / Net I/σ(I): 12.61
反射シェル	解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 1959 / CC_1/2: 0.664 / R_rim(I) all: 0.594 / % possible all: 98.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→44.815 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 2.569 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	1031	5.091 %
R_work	0.203	19221	-
all	0.204	-	-
obs	-	20252	99.577 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.882 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.423 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.423 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.845 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→44.815 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1352	0	0	152	1504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.68	1.646	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.429	1.584	3174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.789	5	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.205	22.024	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.132	15	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.691	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	351
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	696
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.121	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.295	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.342	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.325	1.266	702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.245	1.261	701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.058	1.885	888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.063	1.889	889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.085	1.493	767
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.074	1.493	767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.235	2.137	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.238	2.138	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.331	23.907	6130
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.991	23.363	5998

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.29	71	0.286	1389	X-RAY DIFFRACTION	98.582
1.693-1.739	0.259	62	0.259	1330	X-RAY DIFFRACTION	98.5836
1.739-1.789	0.256	85	0.245	1299	X-RAY DIFFRACTION	99.2115
1.789-1.844	0.313	72	0.232	1269	X-RAY DIFFRACTION	99.407
1.844-1.905	0.226	73	0.226	1235	X-RAY DIFFRACTION	99.4677
1.905-1.972	0.259	61	0.22	1218	X-RAY DIFFRACTION	99.766
1.972-2.046	0.278	64	0.209	1160	X-RAY DIFFRACTION	99.8369
2.046-2.129	0.251	68	0.189	1113	X-RAY DIFFRACTION	99.9154
2.129-2.224	0.196	62	0.172	1091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.224-2.332	0.222	61	0.187	1022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.332-2.458	0.18	56	0.18	998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.458-2.606	0.23	41	0.181	949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.606-2.786	0.274	44	0.198	915	X-RAY DIFFRACTION	99.8958
2.786-3.008	0.231	36	0.207	834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.008-3.293	0.225	37	0.205	776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.293-3.68	0.215	37	0.195	714	X-RAY DIFFRACTION	99.7344
3.68-4.244	0.223	33	0.168	642	X-RAY DIFFRACTION	99.7046
4.244-5.186	0.172	36	0.166	538	X-RAY DIFFRACTION	99.8261
5.186-7.286	0.238	16	0.201	445	X-RAY DIFFRACTION	99.3534
7.286-44.815	0.194	16	0.222	284	X-RAY DIFFRACTION	98.6842

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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