PDB-9glk: Crystal Structure of UFC1 E149I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9glk

タイトル

Crystal Structure of UFC1 E149I

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / UFM1 conjugating enzyme1 / UBC core domain containing protein / Brain development / Infantile encephalopathy

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Kumar, M. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2024年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9glk.cif.gz	54.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9glk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9glk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9glk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9glk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9i9pC 9ia8C 2z6o 7nvj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

ヘテロ分子

19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.300, 47.300, 143.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-372- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19624.588 Da / 分子数: 1 / 変異: E149I / 由来タイプ: 組換発現詳細: Glutamate at 149th position is mutated to Isoleucine 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 2.0M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→39.47 Å / Num. obs: 19946 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.38 % / B_iso Wilson estimate: 19.32 Å² / CC_1/2: 0.973 / R_rim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 10.38
反射シェル	解像度: 2.03→2.103 Å / 冗長度: 2.18 % / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 1471 / CC_1/2: 0.49 / R_rim(I) all: 0.959 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot	WinCoot 0.9.6 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03→39.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 5.701 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.195 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2471	564	5.039 %
R_work	0.2085	10629	-
all	0.211	-	-
obs	-	11193	99.875 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.729 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.643 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.643 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.286 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→39.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1345	0	5	171	1521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.571	1.644	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.334	1.582	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.181	5	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.543	22.568	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.208	15	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.181	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	330
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	674
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	577
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.063	1.437	682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.058	1.432	681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.696	2.14	856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.696	2.146	857
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.535	1.532	738
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.534	1.534	739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.298	2.232	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.297	2.235	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.264	17.807	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.744	17.161	1677

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.083	0.326	36	0.27	757	X-RAY DIFFRACTION	99.8741
2.083-2.14	0.246	28	0.255	761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.202	0.233	41	0.233	720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.202-2.269	0.445	36	0.366	699	X-RAY DIFFRACTION	99.0566
2.269-2.343	0.284	28	0.271	688	X-RAY DIFFRACTION	99.7215
2.343-2.425	0.272	32	0.223	661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.425-2.517	0.222	33	0.207	645	X-RAY DIFFRACTION	99.8527
2.517-2.619	0.345	37	0.206	624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.619-2.735	0.243	39	0.207	576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.735-2.868	0.183	27	0.183	584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-3.023	0.22	31	0.198	551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.023-3.205	0.301	34	0.203	512	X-RAY DIFFRACTION	100
3.205-3.425	0.218	31	0.186	495	X-RAY DIFFRACTION	100
3.425-3.698	0.21	31	0.182	457	X-RAY DIFFRACTION	100
3.698-4.048	0.224	25	0.16	425	X-RAY DIFFRACTION	100
4.048-4.521	0.133	17	0.133	392	X-RAY DIFFRACTION	100
4.521-5.212	0.254	14	0.146	367	X-RAY DIFFRACTION	99.7382
5.212-6.362	0.171	18	0.171	304	X-RAY DIFFRACTION	100
6.362-8.908	0.239	16	0.174	249	X-RAY DIFFRACTION	100
8.908-39.47	0.319	10	0.205	162	X-RAY DIFFRACTION	99.422

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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