PDB-9gli: Crystal Structure of UFC1 T106C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gli

タイトル

Crystal Structure of UFC1 T106C

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / UFM1 conjugating enzyme1 / UBC core domain containing protein / Brain development / Infantile encephalopathy

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.426 Å

データ登録者

Kumar, M. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2024年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gli.cif.gz	54.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gli.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gli_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gli_full_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示
XML形式データ	9gli_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	9gli_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9gli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9gli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gljC 9glkC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9i9pC 9ia8C 2z6o 7nvj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.014, 47.014, 142.729
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-320- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19642.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Threonine at 106th position mutated to Cysteine / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1M Ammonium Citrate tribasic pH 7.0, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.34767 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.34767 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.426→44.654 Å / Num. obs: 29760 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 21.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.12 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.02949 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.426→1.451 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1017 / CC_1/2: 0.333 / R_rim(I) all: 0.8167 / % possible all: 68.6

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.426→44.654 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.312 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	1403	4.734 %
R_work	0.1745	28233	-
all	0.176	-	-
obs	-	29636	96.055 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.107 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.333 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.333 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.667 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.426→44.654 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1358	0	12	169	1539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.837	1.645	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.51	1.585	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.577	5	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.905	22.133	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.689	15	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.019	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	320
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	688
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	612
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.301	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.501	1.417	663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.385	1.417	662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.124	2.123	827
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.153	2.126	828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.602	1.713	743
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.6	1.714	744
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.895	2.437	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.893	2.438	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.061	17.666	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.853	17.124	1609

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.426-1.463	0.358	73	0.348	1398	0.348	2210	0.55	0.585	66.5611	0.347
1.463-1.503	0.322	92	0.305	1770	0.306	2184	0.765	0.759	85.2564	0.302
1.503-1.547	0.318	109	0.25	1863	0.254	2117	0.845	0.86	93.1507	0.244
1.547-1.594	0.269	82	0.202	1952	0.204	2045	0.89	0.916	99.4621	0.19
1.594-1.646	0.202	83	0.181	1905	0.182	1988	0.934	0.944	100	0.164
1.646-1.704	0.184	111	0.165	1839	0.166	1950	0.954	0.954	100	0.149
1.704-1.768	0.203	87	0.154	1787	0.156	1874	0.953	0.962	100	0.136
1.768-1.84	0.198	97	0.158	1717	0.16	1814	0.954	0.96	100	0.141
1.84-1.922	0.194	89	0.151	1638	0.154	1727	0.956	0.962	100	0.138
1.922-2.016	0.233	67	0.159	1609	0.162	1676	0.944	0.959	100	0.145
2.016-2.124	0.185	67	0.158	1517	0.159	1584	0.958	0.964	100	0.148
2.124-2.253	0.197	60	0.141	1458	0.143	1518	0.961	0.97	100	0.135
2.253-2.408	0.177	70	0.16	1352	0.161	1422	0.963	0.966	100	0.157
2.408-2.6	0.222	50	0.164	1291	0.166	1341	0.946	0.959	100	0.165
2.6-2.848	0.243	61	0.172	1178	0.176	1239	0.937	0.957	100	0.178
2.848-3.182	0.174	59	0.177	1073	0.177	1132	0.96	0.957	100	0.189
3.182-3.671	0.207	43	0.163	975	0.165	1018	0.957	0.964	100	0.185
3.671-4.489	0.201	39	0.147	826	0.149	865	0.965	0.975	100	0.18
4.489-6.317	0.172	39	0.202	665	0.2	704	0.977	0.968	100	0.251
6.317-44.654	0.215	25	0.218	420	0.218	445	0.962	0.956	100	0.283

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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