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- PDB-9fmd: Integrative model of the human post-catalytic spliceosome (P-complex) -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9fmd
タイトルIntegrative model of the human post-catalytic spliceosome (P-complex)
要素
  • (Peptidyl-prolyl cis-trans ...) x 2
  • (Pre-mRNA-processing factor ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 7
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (Splicing factor ...) x 3
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U5 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • ATP-dependent RNA helicase DHX8
  • Cell division cycle 5-like protein
  • Coiled-coil domain-containing protein 12
  • Crooked neck-like protein 1
  • Eukaryotic initiation factor 4A-III
  • Exon
  • INTRON
  • Intron-binding protein aquarius
  • NF-kappa-B-activating protein
  • Nitric oxide synthase-interacting protein
  • PRKR-interacting protein 1
  • Peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat-containing protein 1
  • Pleiotropic regulator 1
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Protein BUD31 homolog
  • Protein FAM32A
  • Protein FAM50A
  • Protein mago nashi homolog
  • RNA-binding protein 8A
  • SNW domain-containing protein 1
  • STING ER exit protein
  • Serine/arginine repetitive matrix protein 2
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
  • Splicing regulator SDE2
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
キーワードSPLICING / P-complex / spliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of homologous chromosome segregation / endoplasmic reticulum membrane organization / second spliceosomal transesterification activity / exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / post-spliceosomal complex / cellular response to selenite ion / selenocysteine insertion sequence binding ...regulation of homologous chromosome segregation / endoplasmic reticulum membrane organization / second spliceosomal transesterification activity / exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / post-spliceosomal complex / cellular response to selenite ion / selenocysteine insertion sequence binding / exon-exon junction complex / pre-mRNA 3'-splice site binding / NOSIP mediated eNOS trafficking / protein exit from endoplasmic reticulum / granulocyte differentiation / negative regulation of phosphorylation / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of catalytic activity / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / post-mRNA release spliceosomal complex / renal system process / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / 3'-5' RNA helicase activity / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / histone pre-mRNA 3'end processing complex / alternative mRNA splicing, via spliceosome / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-8 production / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / regulation of mRNA processing / Deadenylation of mRNA / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / nuclear retinoic acid receptor binding / embryonic brain development / protein methylation / negative regulation of interferon-beta production / U12-type spliceosomal complex / poly(A) binding / 7-methylguanosine cap hypermethylation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / U1 snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA 3'-end processing / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / methylosome / ATP-dependent activity, acting on RNA / pICln-Sm protein complex / embryonic cranial skeleton morphogenesis / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / oocyte development / C2H2 zinc finger domain binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / regulation of nitric oxide biosynthetic process / telomerase holoenzyme complex / SMN-Sm protein complex / P granule / telomerase RNA binding / spliceosomal tri-snRNP complex / positive regulation by host of viral transcription / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear vitamin D receptor binding / Notch binding / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / U2-type catalytic step 2 spliceosome / RUNX3 regulates NOTCH signaling / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / exploration behavior / U1 snRNP / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / U2-type prespliceosome / WD40-repeat domain binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / inner cell mass cell proliferation / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway
類似検索 - 分子機能
XAP5 protein / Nitric oxide synthase-interacting protein / STEEP-like / Nitric oxide synthase-interacting protein, zinc-finger / : / XAP5, circadian clock regulator C-terminal domain / Zinc-finger of nitric oxide synthase-interacting protein / Telomere length and silencing protein 1 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 59 / NF-kappa-B-activating protein, C-terminal ...XAP5 protein / Nitric oxide synthase-interacting protein / STEEP-like / Nitric oxide synthase-interacting protein, zinc-finger / : / XAP5, circadian clock regulator C-terminal domain / Zinc-finger of nitric oxide synthase-interacting protein / Telomere length and silencing protein 1 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 59 / NF-kappa-B-activating protein, C-terminal / NF-kappa-B-activating protein / NF-kappa-B-activating protein C-terminal domain / NF-kappa-B-activating protein / Nuclear protein DGCR14/ESS-2 / : / Nuclear protein Es2 / Vertebrate Splicing regulator sde2, N-terminal ubiquitin domain / Protein FAM32A / Cactin, central domain / Cactin, C-terminal / FAM32A / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / Conserved mid region of cactin / PRKR-interacting protein 1 / Protein of unknown function (DUF1168) / mRNA splicing factor Cwf18-like / : / cwf18 pre-mRNA splicing factor / Splicing regulator SDE2, SDE2 domain / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 domain / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / Pre-mRNA splicing Prp18-interacting factor / DHX8/ Prp22, DEXH-box helicase domain / Mago nashi protein / RNA-binding motif protein 8 / RBM8, RNA recognition motif / Mago nashi superfamily / Mago nashi protein / : / : / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / Prp19 WD40 domain / : / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / Helix hairpin bin domain superfamily / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / : / : / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / U-box domain / : / : / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / G10 protein signature 2. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / : / AAA domain / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / : / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pleiotropic regulator 1 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pleiotropic regulator 1 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Eukaryotic initiation factor 4A-III / Protein BUD31 homolog / Protein mago nashi homolog / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / SNW domain-containing protein 1 / Protein FAM50A / ATP-dependent RNA helicase DHX8 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing regulator SDE2 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / NF-kappa-B-activating protein / Coiled-coil domain-containing protein 12 / Splicing factor Cactin / Peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat-containing protein 1 / Splicing factor ESS-2 homolog / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Cell division cycle 5-like protein / Crooked neck-like protein 1 / STING ER exit protein / PRKR-interacting protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / Splicing factor C9orf78 / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog / Pre-mRNA-processing factor 19 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / Nitric oxide synthase-interacting protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / Protein FAM32A / RNA-binding protein 8A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Rothe, P. / Plaschka, C. / Vorlaender, M.K.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Mechanism for the initiation of spliceosome disassembly.
著者: Matthias K Vorländer / Patricia Rothe / Justus Kleifeld / Eric D Cormack / Lalitha Veleti / Daria Riabov-Bassat / Laura Fin / Alex W Phillips / Luisa Cochella / Clemens Plaschka /
要旨: Precursor-mRNA (pre-mRNA) splicing requires the assembly, remodelling and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on ...Precursor-mRNA (pre-mRNA) splicing requires the assembly, remodelling and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on spliceosome assembly and remodelling for catalysis, but the mechanism of disassembly remains unclear. Here we report cryo-electron microscopy structures of nematode and human terminal intron lariat spliceosomes along with biochemical and genetic data. Our results uncover how four disassembly factors and the conserved RNA helicase DHX15 initiate spliceosome disassembly. The disassembly factors probe large inner and outer spliceosome surfaces to detect the release of ligated mRNA. Two of these factors, TFIP11 and C19L1, and three general spliceosome subunits, SYF1, SYF2 and SDE2, then dock and activate DHX15 on the catalytic U6 snRNA to initiate disassembly. U6 therefore controls both the start and end of pre-mRNA splicing. Taken together, our results explain the molecular basis of the initiation of canonical spliceosome disassembly and provide a framework to understand general spliceosomal RNA helicase control and the discard of aberrant spliceosomes.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: A human postcatalytic spliceosome structure reveals essential roles of metazoan factors for exon ligation.
著者: Sebastian M Fica / Chris Oubridge / Max E Wilkinson / Andrew J Newman / Kiyoshi Nagai /
要旨: During exon ligation, the spliceosome recognizes the 3'-splice site (3'SS) of precursor messenger RNA (pre-mRNA) through non-Watson-Crick pairing with the 5'SS and the branch adenosine, in a ...During exon ligation, the spliceosome recognizes the 3'-splice site (3'SS) of precursor messenger RNA (pre-mRNA) through non-Watson-Crick pairing with the 5'SS and the branch adenosine, in a conformation stabilized by Prp18 and Prp8. Here we present the 3.3-angstrom cryo-electron microscopy structure of a human postcatalytic spliceosome just after exon ligation. The 3'SS docks at the active site through conserved RNA interactions in the absence of Prp18. Unexpectedly, the metazoan-specific FAM32A directly bridges the 5'-exon and intron 3'SS of pre-mRNA and promotes exon ligation, as shown by functional assays. CACTIN, SDE2, and NKAP-factors implicated in alternative splicing-further stabilize the catalytic conformation of the spliceosome during exon ligation. Together these four proteins act as exon ligation factors. Our study reveals how the human spliceosome has co-opted additional proteins to modulate a conserved RNA-based mechanism for 3'SS selection and to potentially fine-tune alternative splicing at the exon ligation stage.
履歴
登録2024年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年12月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / em_entity_assembly / em_software / entity / entity_poly / entity_src_gen / entity_src_nat / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity.src_method / _entity_poly.type / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _pdbx_validate_planes.rmsd / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end
解説: Missing anisotropic B-factor / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: PRKR-interacting protein 1
2: U2 snRNA
3: Splicing factor ESS-2 homolog
32: Protein FAM32A
5: U5 snRNA
50: Protein FAM50A
56: STING ER exit protein
6: U6 snRNA
7: Eukaryotic initiation factor 4A-III
8: RNA-binding protein 8A
9: Protein mago nashi homolog
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
B: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
C: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
D: Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog
E: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
EX: Exon
F: Splicing factor Cactin
H: Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog
I: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
IN: INTRON
J: Crooked neck-like protein 1
K: Pre-mRNA-splicing factor SPF27
L: Cell division cycle 5-like protein
M: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
N: Protein BUD31 homolog
NO: Nitric oxide synthase-interacting protein
O: Pre-mRNA-splicing factor RBM22
P: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
Q: Intron-binding protein aquarius
R: SNW domain-containing protein 1
S: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
SR: Serine/arginine repetitive matrix protein 2
T: Pleiotropic regulator 1
U: Pre-mRNA-splicing factor SLU7
V: ATP-dependent RNA helicase DHX8
W: Pre-mRNA-processing factor 17
X: Splicing regulator SDE2
Z: Coiled-coil domain-containing protein 12
a: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
i: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
j: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
k: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
l: Small nuclear ribonucleoprotein E
m: Small nuclear ribonucleoprotein F
n: Small nuclear ribonucleoprotein G
o: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
p: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
q: Pre-mRNA-processing factor 19
r: Pre-mRNA-processing factor 19
s: Pre-mRNA-processing factor 19
t: Pre-mRNA-processing factor 19
w: Peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat-containing protein 1
x: Splicing factor C9orf78
y: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E
z: NF-kappa-B-activating protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,373,39679
ポリマ－3,371,12863
非ポリマー2,26816
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
タンパク質 , 24種, 25分子 1325056789ACJLNNOPQRSRTVXZbiwz

#1: タンパク質 PRKR-interacting protein 1


分子量: 21040.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H875
#4: タンパク質 Protein FAM32A / Ovarian tumor-associated gene 12 / OTAG-12


分子量: 13213.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y421
#6: タンパク質 Protein FAM50A / Protein HXC-26 / Protein XAP-5


分子量: 40319.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14320
#7: タンパク質 STING ER exit protein / STEEP


分子量: 25669.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H5V9
#9: タンパク質 Eukaryotic initiation factor 4A-III / eIF4A-III / ATP-dependent RNA helicase DDX48 / ATP-dependent RNA helicase eIF4A-3 / DEAD box ...eIF4A-III / ATP-dependent RNA helicase DDX48 / ATP-dependent RNA helicase eIF4A-3 / DEAD box protein 48 / Eukaryotic initiation factor 4A-like NUK-34 / Eukaryotic translation initiation factor 4A isoform 3 / Nuclear matrix protein 265 / hNMP 265


分子量: 46930.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38919, RNA helicase
#10: タンパク質 RNA-binding protein 8A / Binder of OVCA1-1 / BOV-1 / RNA-binding motif protein 8A / RNA-binding protein Y14 / Ribonucleoprotein RBM8A


分子量: 19925.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5S9
#11: タンパク質 Protein mago nashi homolog


分子量: 17189.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61326
#12: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#14: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP- ...Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa


分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#22: タンパク質 Crooked neck-like protein 1 / Crooked neck homolog / hCrn


分子量: 100610.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZJ0
#24: タンパク質 Cell division cycle 5-like protein / Cdc5-like protein / Pombe cdc5-related protein


分子量: 92406.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99459
#26: タンパク質 Protein BUD31 homolog / Protein EDG-2 / Protein G10 homolog


分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41223
#27: タンパク質 Nitric oxide synthase-interacting protein / E3 ubiquitin-protein ligase NOSIP / RING-type E3 ubiquitin transferase NOSIP / eNOS-interacting protein


分子量: 33224.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y314, RING-type E3 ubiquitin transferase
#29: タンパク質 Spliceosome-associated protein CWC15 homolog


分子量: 26674.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P013
#30: タンパク質 Intron-binding protein aquarius / Intron-binding protein of 160 kDa / IBP160


分子量: 171502.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60306, RNA helicase
#31: タンパク質 SNW domain-containing protein 1 / Nuclear protein SkiP / Nuclear receptor coactivator NCoA-62 / Ski-interacting protein


分子量: 61770.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13573
#33: タンパク質 Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / 300 kDa nuclear matrix antigen / Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix ...300 kDa nuclear matrix antigen / Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Ser/Arg-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Splicing coactivator subunit SRm300 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 803 / TaxREB803


分子量: 300255.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQ35
#34: タンパク質 Pleiotropic regulator 1


分子量: 57280.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43660
#36: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DHX8 / DEAH box protein 8 / RNA helicase HRH1


分子量: 139522.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14562, RNA helicase
#38: タンパク質 Splicing regulator SDE2 / Replication stress response regulator SDE2


分子量: 49818.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6IQ49
#39: タンパク質 Coiled-coil domain-containing protein 12


分子量: 19223.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WUD4
#41: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / SmB/B'


分子量: 24642.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678
#50: タンパク質 Peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat-containing protein 1 / Spliceosome-associated cyclophilin


分子量: 73679.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BP3, peptidylprolyl isomerase
#53: タンパク質 NF-kappa-B-activating protein


分子量: 47252.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5F7

+
RNA鎖 , 5種, 5分子 256EXIN

#2: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 59825.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#5: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 36908.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#8: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#17: RNA鎖 Exon


分子量: 4437.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
#21: RNA鎖 INTRON


分子量: 27772.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)

+
Splicing factor ... , 3種, 3分子 3Fx

#3: タンパク質 Splicing factor ESS-2 homolog / DiGeorge syndrome critical region 13 / DiGeorge syndrome critical region 14 / DiGeorge syndrome ...DiGeorge syndrome critical region 13 / DiGeorge syndrome critical region 14 / DiGeorge syndrome protein H / DGS-H / Protein ES2


分子量: 52639.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DF8
#18: タンパク質 Splicing factor Cactin / Renal carcinoma antigen NY-REN-24


分子量: 88860.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WUQ7
#51: タンパク質 Splicing factor C9orf78 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 59


分子量: 33751.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZ63

+
U5 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 BE

#13: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 ...Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 kDa protein / U5-200KD


分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75643, RNA helicase
#16: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein ...U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein / WD repeat-containing protein 57


分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DI7

+
Pre-mRNA-splicing factor ... , 7種, 7分子 DHIKMOU

#15: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog


分子量: 33046.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULR0
#19: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Nucampholin homolog / fSAPb


分子量: 105646.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCG8
#20: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Protein HCNP / XPA-binding protein 2


分子量: 100148.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCS7
#23: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma-amplified sequence 2 / DNA amplified in mammary carcinoma 1 protein / Spliceosome- ...Breast carcinoma-amplified sequence 2 / DNA amplified in mammary carcinoma 1 protein / Spliceosome-associated protein SPF 27


分子量: 26163.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75934
#25: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / CCNDBP1-interactor / p29


分子量: 28780.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95926
#28: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / RNA-binding motif protein 22 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 16


分子量: 46959.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW64
#35: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / hSlu7


分子量: 68510.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95391

+
Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 Sy

#32: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / PPIase / Rotamase PPIL1


分子量: 18257.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3C6, peptidylprolyl isomerase
#52: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / PPIase E / Cyclophilin E / Cyclophilin-33 / Rotamase E


分子量: 33475.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNP9, peptidylprolyl isomerase

+
Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 Wqrst

#37: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 17 / Cell division cycle 40 homolog / EH-binding protein 3 / Ehb3 / PRP17 homolog / hPRP17


分子量: 65612.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60508
#49: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19 / Nuclear matrix protein 200 / PRP19/PSO4 homolog / hPso4 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19 ...Nuclear matrix protein 200 / PRP19/PSO4 homolog / hPso4 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19 / Senescence evasion factor


分子量: 55245.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UMS4, RING-type E3 ubiquitin transferase

+
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 ahcjdkelfmgn

#40: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318
#42: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314
#43: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316
#44: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304
#45: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306
#46: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308

+
U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 op

#47: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A'


分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661
#48: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579

+
非ポリマー , 6種, 16分子

#54: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#56: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#57: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#58: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#59: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human post-catalytic spliceosome (P-complex)COMPLEX#1-#530MULTIPLE SOURCES
2Human spliceosomeCOMPLEX#1-#16, #18-#20, #22-#35, #37-#531NATURAL
3ATP-dependent RNA helicase DHX8COMPLEX#361RECOMBINANT
4MINX pre-mRNACOMPLEX#17, #211RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)10515
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
34synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 53 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103860 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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