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- PDB-8ro2: Integrative Structure of the human intron lariat Spliceosome (ILS'') -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ro2
タイトルIntegrative Structure of the human intron lariat Spliceosome (ILS'')
要素
  • (CWF19-like protein ...) x 2
  • (Pre-mRNA-processing factor ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 5
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • ATP-dependent RNA helicase DHX15
  • Cell division cycle 5-like protein
  • Coiled-coil domain-containing protein 12
  • Crooked neck-like protein 1
  • INTRON
  • Intron-binding protein aquarius
  • PAX3- and PAX7-binding protein 1
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
  • Pleiotropic regulator 1
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Protein BUD31 homolog
  • SNW domain-containing protein 1
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
  • Splicing factor ESS-2 homolog
  • Splicing regulator SDE2
  • Tuftelin-interacting protein 11
  • U2 snRNA
  • U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
キーワードSPLICING / mRNA / intron lariat spliceosome / pre-mRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA lariat debranching enzyme activator activity / spliceosomal complex disassembly / post-spliceosomal complex / biomineral tissue development / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / protection from non-homologous end joining at telomere / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of myoblast proliferation ...RNA lariat debranching enzyme activator activity / spliceosomal complex disassembly / post-spliceosomal complex / biomineral tissue development / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / protection from non-homologous end joining at telomere / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of myoblast proliferation / post-mRNA release spliceosomal complex / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / 3'-5' RNA helicase activity / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U7 snRNP / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / histone methyltransferase binding / histone pre-mRNA 3'end processing complex / alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / response to alkaloid / nuclear retinoic acid receptor binding / embryonic brain development / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / oocyte development / 7-methylguanosine cap hypermethylation / RNA splicing, via transesterification reactions / U1 snRNP binding / mRNA 3'-end processing / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / methylosome / ATP-dependent activity, acting on RNA / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / P granule / host-mediated activation of viral transcription / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / telomerase holoenzyme complex / U2-type spliceosomal complex / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / telomerase RNA binding / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / nuclear vitamin D receptor binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Notch binding / RUNX3 regulates NOTCH signaling / U2-type catalytic step 2 spliceosome / positive regulation of neurogenesis / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / protein peptidyl-prolyl isomerization / U2-type prespliceosome / inner cell mass cell proliferation / WD40-repeat domain binding / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / nuclear androgen receptor binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / snoRNA binding / muscle organ development / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / lipid biosynthetic process / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / SMAD binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / spliceosomal complex assembly / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / blastocyst development / protein K63-linked ubiquitination / U5 snRNA binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / U5 snRNP / protein localization to nucleus / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / embryonic organ development
類似検索 - 分子機能
Intron Large complex component GCFC2-like / Septin and tuftelin interacting protein / Nuclear protein DGCR14/ESS-2 / Tuftelin interacting protein, N-terminal domain / : / Nuclear protein Es2 / Tuftelin interacting protein N terminal / Vertebrate Splicing regulator sde2, N-terminal ubiquitin domain / GCF, C-terminal / GC-rich sequence DNA-binding factor-like protein ...Intron Large complex component GCFC2-like / Septin and tuftelin interacting protein / Nuclear protein DGCR14/ESS-2 / Tuftelin interacting protein, N-terminal domain / : / Nuclear protein Es2 / Tuftelin interacting protein N terminal / Vertebrate Splicing regulator sde2, N-terminal ubiquitin domain / GCF, C-terminal / GC-rich sequence DNA-binding factor-like protein / mRNA splicing factor Cwf18-like / TFP11/STIP/Ntr1 / : / cwf18 pre-mRNA splicing factor / Splicing regulator SDE2, SDE2 domain / Cwf19-like protein, C-terminal domain-2 / Cwf19-like, C-terminal domain-1 / Cwf19-like protein / Protein similar to CwfJ C-terminus 2 / Protein similar to CwfJ C-terminus 1 / DHX15, DEXH-box helicase domain / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / Prp19 WD40 domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / Helix hairpin bin domain superfamily / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / : / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / : / U-box domain / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / G10 protein signature 2. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / : / AAA domain / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / : / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / DNA2/NAM7-like helicase / : / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Myb-like DNA-binding domain / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / U-box domain profile. / HIT-like superfamily / Zinc finger, CCCH-type superfamily / Modified RING finger domain / U-box domain / zinc finger / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / ATP-dependent RNA helicase DHX15 / Pleiotropic regulator 1 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / ATP-dependent RNA helicase DHX15 / Pleiotropic regulator 1 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Protein BUD31 homolog / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / SNW domain-containing protein 1 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / CWF19-like protein 2 / CWF19-like protein 1 / Splicing regulator SDE2 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Coiled-coil domain-containing protein 12 / Splicing factor ESS-2 homolog / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Cell division cycle 5-like protein / Crooked neck-like protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Tuftelin-interacting protein 11 / Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog / Pre-mRNA-processing factor 19 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / PAX3- and PAX7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Rothe, P. / Vorlaender, M.K. / Plaschka, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Mechanism for the initiation of spliceosome disassembly.
著者: Matthias K Vorländer / Patricia Rothe / Justus Kleifeld / Eric D Cormack / Lalitha Veleti / Daria Riabov-Bassat / Laura Fin / Alex W Phillips / Luisa Cochella / Clemens Plaschka /
要旨: Precursor-mRNA (pre-mRNA) splicing requires the assembly, remodelling and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on ...Precursor-mRNA (pre-mRNA) splicing requires the assembly, remodelling and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on spliceosome assembly and remodelling for catalysis, but the mechanism of disassembly remains unclear. Here we report cryo-electron microscopy structures of nematode and human terminal intron lariat spliceosomes along with biochemical and genetic data. Our results uncover how four disassembly factors and the conserved RNA helicase DHX15 initiate spliceosome disassembly. The disassembly factors probe large inner and outer spliceosome surfaces to detect the release of ligated mRNA. Two of these factors, TFIP11 and C19L1, and three general spliceosome subunits, SYF1, SYF2 and SDE2, then dock and activate DHX15 on the catalytic U6 snRNA to initiate disassembly. U6 therefore controls both the start and end of pre-mRNA splicing. Taken together, our results explain the molecular basis of the initiation of canonical spliceosome disassembly and provide a framework to understand general spliceosomal RNA helicase control and the discard of aberrant spliceosomes.
履歴
登録2024年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: U2 snRNA
6: U6 snRNA
C: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
D: Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog
DX: ATP-dependent RNA helicase DHX15
E: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
J: Crooked neck-like protein 1
K: Pre-mRNA-splicing factor SPF27
L1: CWF19-like protein 1
N: Protein BUD31 homolog
O: Pre-mRNA-splicing factor RBM22
Q: Intron-binding protein aquarius
R: SNW domain-containing protein 1
S: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
W: Pre-mRNA-processing factor 17
Z: Coiled-coil domain-containing protein 12
a: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
s: Pre-mRNA-processing factor 19
z: Splicing regulator SDE2
3: Splicing factor ESS-2 homolog
5: U5 snRNA
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
I: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
IN: INTRON
L: Cell division cycle 5-like protein
L2: CWF19-like protein 2
M: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
P: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
PX: PAX3- and PAX7-binding protein 1
T: Pleiotropic regulator 1
TF: Tuftelin-interacting protein 11
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
q: Pre-mRNA-processing factor 19
r: Pre-mRNA-processing factor 19
t: Pre-mRNA-processing factor 19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,326,67545
ポリマ－2,325,29540
非ポリマー1,3795
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 4種, 4分子 265IN

#1: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36516
#2: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: NR_004394.1
#26: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 36908.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36515
#29: RNA鎖 INTRON


分子量: 30153.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 18種, 18分子 CDXEJNQRSZz3ALPPXTTFb

#3: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP- ...Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa


分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#5: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DHX15 / ATP-dependent RNA helicase #46 / DEAH box protein 15 / Splicing factor Prp43 / hPrp43


分子量: 91065.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43143, RNA helicase
#6: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein ...U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein / WD repeat-containing protein 57


分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DI7
#7: タンパク質 Crooked neck-like protein 1 / Crooked neck homolog / hCrn


分子量: 100610.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZJ0
#10: タンパク質 Protein BUD31 homolog / Protein EDG-2 / Protein G10 homolog


分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41223
#12: タンパク質 Intron-binding protein aquarius / Intron-binding protein of 160 kDa / IBP160


分子量: 171502.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60306, RNA helicase
#13: タンパク質 SNW domain-containing protein 1 / Nuclear protein SkiP / Nuclear receptor coactivator NCoA-62 / Ski-interacting protein


分子量: 61770.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13573
#14: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / PPIase / Rotamase PPIL1


分子量: 18257.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3C6, peptidylprolyl isomerase
#16: タンパク質 Coiled-coil domain-containing protein 12


分子量: 19223.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WUD4
#24: タンパク質 Splicing regulator SDE2 / Replication stress response regulator SDE2


分子量: 49818.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6IQ49
#25: タンパク質 Splicing factor ESS-2 homolog / DiGeorge syndrome critical region 13 / DiGeorge syndrome critical region 14 / DiGeorge syndrome ...DiGeorge syndrome critical region 13 / DiGeorge syndrome critical region 14 / DiGeorge syndrome protein H / DGS-H / Protein ES2


分子量: 52639.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DF8
#27: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#30: タンパク質 Cell division cycle 5-like protein / Cdc5-like protein / Pombe cdc5-related protein


分子量: 92406.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99459
#33: タンパク質 Spliceosome-associated protein CWC15 homolog


分子量: 26674.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P013
#34: タンパク質 PAX3- and PAX7-binding protein 1 / GC-rich sequence DNA-binding factor 1


分子量: 104953.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5B6
#35: タンパク質 Pleiotropic regulator 1


分子量: 57280.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43660
#36: タンパク質 Tuftelin-interacting protein 11 / Septin and tuftelin-interacting protein 1 / STIP-1


分子量: 96945.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBB9
#37: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / SmB/B'


分子量: 24642.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 5種, 5分子 DKOIM

#4: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog


分子量: 33046.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULR0
#8: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma-amplified sequence 2 / DNA amplified in mammary carcinoma 1 protein / Spliceosome- ...Breast carcinoma-amplified sequence 2 / DNA amplified in mammary carcinoma 1 protein / Spliceosome-associated protein SPF 27


分子量: 26163.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75934
#11: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / RNA-binding motif protein 22 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 16


分子量: 46959.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW64
#28: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Protein HCNP / XPA-binding protein 2


分子量: 100148.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCS7
#32: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / CCNDBP1-interactor / p29


分子量: 28780.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95926

-
CWF19-like protein ... , 2種, 2分子 L1L2

#9: タンパク質 CWF19-like protein 1 / C19L1


分子量: 60696.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q69YN2
#31: タンパク質 CWF19-like protein 2


分子量: 103976.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2TBE0

-
Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 Wsqrt

#15: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 17 / Cell division cycle 40 homolog / EH-binding protein 3 / Ehb3 / PRP17 homolog / hPRP17


分子量: 65612.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60508
#23: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19 / Nuclear matrix protein 200 / PRP19/PSO4 homolog / hPso4 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19 ...Nuclear matrix protein 200 / PRP19/PSO4 homolog / hPso4 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19 / Senescence evasion factor


分子量: 55245.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UMS4, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 acdefg

#17: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318
#18: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314
#19: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316
#20: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304
#21: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306
#22: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308

-
非ポリマー , 3種, 5分子

#38: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#39: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#40: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human Intron-lariat splicoesome / タイプ: COMPLEX
Entity ID: #1, #25-#26, #2, #27, #3-#6, #28-#29, #7-#8, #30, #9, #31-#32, #10-#11, #33-#34, #12-#14, #35-#36, #15-#17, #37, #18-#24
由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87951 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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