PDB-8jn6: Cryo-EM structure of the small tail club shape particle of dengue...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jn6

タイトル

Cryo-EM structure of the small tail club shape particle of dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C

要素

Human antibody DENV-290 heavy chain
Human antibody DENV-290 light chain
Polyprotein (Fragment)

キーワード

VIRUS/IMMUNE SYSTEM / dengue virus / human antibody / dengue-antibody structure / virus / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å

データ登録者

Fibriansah, G. / Ng, T.S. / Tan, A.W.K. / Shi, J. / Lok, S.M.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ultrapotent human antibodies lock E protein dimers of diverse DENV3 morphological variants
著者: Fibriansah, G. / Ng, T.S. / Lim, X.N. / Shebanova, A. / Ng, L.C. / Tan, S.L. / Tan, A.W.K. / Shi, J. / Crowe, J.E. / Lok, S.M.

履歴

登録	2023年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jn6.cif.gz	54.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jn6.ent.gz	32.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jn6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jn6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jn6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8jn6_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	8jn6_validation.cif.gz	40.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/8jn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/8jn6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	36434MC 36429C 36430C 36431C 36432C 36433C 36435C 36436C 36437C 36438C 36439C 36440C 36441C 8jn1C 8jn2C 8jn3C 8jn4C 8jn5C 8jn7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (18) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (17)

登録構造単位

C: Polyprotein (Fragment)

E: Polyprotein (Fragment)

H: Human antibody DENV-290 heavy chain

L: Human antibody DENV-290 light chain

133 kDa, 4 ポリマー
Cα原子のみ: CEHL
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Polyprotein (Fragment)

E: Polyprotein (Fragment)

H: Human antibody DENV-290 heavy chain

L: Human antibody DENV-290 light chain

x 23

登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, The DENV-290 Fab molecules can bind to the envelope protein dimer in two possible ways
3.07 MDa, 92 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Polyprotein (Fragment) / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 53730.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: Q07019
#2: 抗体	Human antibody DENV-290 heavy chain / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 13495.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): EXPI293F / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Human antibody DENV-290 light chain / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 12381.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): EXPI293F / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C	COMPLEX	all	0	MULTIPLE SOURCES
2	Dengue virus serotype 3 strain CH53489	COMPLEX	#1	1	RECOMBINANT
3	Human antibody DENV-290 Fab (heavy and light chain)	COMPLEX	#2-#3	1	RECOMBINANT

分子量

ID	Entity assembly-ID	実験値
1	1	NO
2	1	NO
3	1	NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	3	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	2	Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)	7160

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	3	Homo sapiens (ヒト)	9606
2	2	Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)	7160

ウイルスについての詳細

ID	Entity assembly-ID	中空か	エンベロープを持つか	単離	タイプ
1	1	NO	YES	STRAIN	VIRION
2	2
3	3

緩衝液

pH: 8
詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA)

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The purified virus was mixed with DENV-290 Fab at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and then the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min. The complex was further incubated at ...

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 18 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
7	UCSF Chimera	モデルフィッティング
9	PHENIX	モデル精密化
11	RELION	最終オイラー角割当
13	RELION	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 102.22 ° / 軸方向距離/サブユニット: 18.29 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12156 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

ID	PDB-ID	3D fitting-ID	Accession code	Initial refinement model-ID	Source name	タイプ
1	3J6S 3j6s	1	3J6S	1	PDB	experimental model
2	3ZTJ 3ztj	1	3ZTJ	2	PDB	experimental model
3	5CHN 5chn	1	5CHN	3	PDB	experimental model

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)