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- PDB-8jn7: Cryo-EM structure of the big tail club shape particle of dengue v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jn7
タイトルCryo-EM structure of the big tail club shape particle of dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C
要素
  • Human antibody DENV-290 heavy chain
  • Human antibody DENV-290 light chain
  • Polyprotein (Fragment)
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / dengue virus / human antibody / dengue-antibody structure / virus / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain ...Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11 Å
データ登録者Fibriansah, G. / Ng, T.S. / Tan, A.W.K. / Shi, J. / Lok, S.M.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ultrapotent human antibodies lock E protein dimers of diverse DENV3 morphological variants
著者: Fibriansah, G. / Ng, T.S. / Lim, X.N. / Shebanova, A. / Ng, L.C. / Tan, S.L. / Tan, A.W.K. / Shi, J. / Crowe, J.E.J. / Lok, S.M.
履歴
登録2023年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Polyprotein (Fragment)
E: Polyprotein (Fragment)
H: Human antibody DENV-290 heavy chain
L: Human antibody DENV-290 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,3394
ポリマ－133,3394
非ポリマー00
水00
1
C: Polyprotein (Fragment)
E: Polyprotein (Fragment)
H: Human antibody DENV-290 heavy chain
L: Human antibody DENV-290 light chain
x 49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,533,623196
ポリマ－6,533,623196
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation48
手法UCSF CHIMERA

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要素

#1: タンパク質 Polyprotein (Fragment) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 53730.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: Q07019
#2: 抗体 Human antibody DENV-290 heavy chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13495.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): EXPI293F / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Human antibody DENV-290 light chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12381.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): EXPI293F / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg CCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Dengue virus serotype 3 strain CH53489COMPLEX#11RECOMBINANT
3Human antibody DENV-290 Fab (heavy and light chain)COMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Homo sapiens (ヒト)9606
32Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)11069
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)7160
23Homo sapiens (ヒト)9606
ウイルスについての詳細
IDEntity assembly-ID中空かエンベロープを持つか単離タイプ
11NOYESSTRAINVIRION
22
33
緩衝液pH: 8
詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA)
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The purified virus was mixed with DENV-290 Fab at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and then the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min. The complex was further incubated at ...詳細: The purified virus was mixed with DENV-290 Fab at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and then the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min. The complex was further incubated at 37 deg C for 30 min, and then incubated at 4 deg C for another 2 h
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 18 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 128.09 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10.7 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35641 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13J6S

3j6s

13J6S1PDBexperimental model
23ZTJ

3ztj

13ZTJ2PDBexperimental model
35CHN

5chn

15CHN3PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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