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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s9y | ||||||||||||||||||
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タイトル | Helicobacter Hepaticus CcsBA Open Conformation | ||||||||||||||||||
要素 | Cytochrome c biogenesis protein | ||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Cytochrome c biogenesis / Heme transporter / Heme lyase | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Helicobacter hepaticus (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Mendez, D.L. / Lowder, E.P. / Tillman, D.E. / Sutherland, M.C. / Collier, A.L. / Rau, M.J. / Fitzpatrick, J.A. / Kranz, R.G. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM of CcsBA reveals the basis for cytochrome c biogenesis and heme transport. 著者: Deanna L Mendez / Ethan P Lowder / Dustin E Tillman / Molly C Sutherland / Andrea L Collier / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Robert G Kranz / 要旨: Although the individual structures and respiratory functions of cytochromes are well studied, the structural basis for their assembly, including transport of heme for attachment, are unknown. We ...Although the individual structures and respiratory functions of cytochromes are well studied, the structural basis for their assembly, including transport of heme for attachment, are unknown. We describe cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of CcsBA, a bifunctional heme transporter and cytochrome c (cyt c) synthase. Models built from the cryo-EM densities show that CcsBA is trapped with heme in two conformations, herein termed the closed and open states. The closed state has heme located solely at a transmembrane (TM) site, with a large periplasmic domain oriented such that access of heme to the cytochrome acceptor is denied. The open conformation contains two heme moieties, one in the TM-heme site and another in an external site (P-heme site). The presence of heme in the periplasmic site at the base of a chamber induces a large conformational shift that exposes the heme for reaction with apocytochrome c (apocyt c). Consistent with these structures, in vivo and in vitro cyt c synthase studies suggest a mechanism for transfer of the periplasmic heme to cytochrome. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7s9y.cif.gz | 170.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7s9y.ent.gz | 139.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7s9y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/7s9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/7s9y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 107291.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter hepaticus (バクテリア) 遺伝子: ccsBA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q7VHG9 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PTY / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of CcsBA with two hemes present / タイプ: COMPLEX / 詳細: Purified from E. coli in DDM / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Helicobacter hepaticus (バクテリア) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C43 / プラスミド: pGEX | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Blot for 2 seconds at a blot force of -1 and plunge frozen |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was performed manually. |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 150 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 84 K / 最低温度: 82 K |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8676 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / 詳細: Specific energy filter was a Gatan BioQuantum 968. / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV 球面収差補正装置: Microscope is outfitted with a Cs image corrector with two hexapole elements. |
画像スキャン | 横: 3832 / 縦: 3704 / 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1778157 詳細: Initial particle picking was accomplished using blob picker in cryoSPARC. Picked particles were then subjected to 2D classification. Once converged, a sub-set of 2D classes were manually ...詳細: Initial particle picking was accomplished using blob picker in cryoSPARC. Picked particles were then subjected to 2D classification. Once converged, a sub-set of 2D classes were manually picked and reclassified using a smaller number of classes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140727 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: De novo modelling was undertaken using COOT. Both Phenix and ISOLDE were used for refinement |