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- PDB-7bxa: Crystal structure of PD-1 in complex with tislelizumab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bxa
タイトルCrystal structure of PD-1 in complex with tislelizumab Fab
要素
  • Programmed cell death protein 1
  • heavy chain
  • light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / PD-1 / tislelizumab / immune checkpoint / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 / regulation of immune response / signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Heo, Y.S. / Lee, S.H. / Lim, H. / Lee, H.T. / Kim, Y.J. / Park, E.B.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of PD-1 in complex with an antibody-drug tislelizumab used in tumor immune checkpoint therapy.
著者: Lee, S.H. / Lee, H.T. / Lim, H. / Kim, Y. / Park, U.B. / Heo, Y.S.
履歴
登録2020年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1
B: heavy chain
C: light chain
P: Programmed cell death protein 1
H: heavy chain
L: light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,0926
ポリマ－126,0926
非ポリマー00
水00
1
A: Programmed cell death protein 1
B: heavy chain
C: light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0463
ポリマ－63,0463
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
2
P: Programmed cell death protein 1
H: heavy chain
L: light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0463
ポリマ－63,0463
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.615, 73.081, 276.388
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / hPD-1


分子量: 14855.473 Da / 分子数: 2 / 変異: C93S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15116
#2: 抗体 heavy chain


分子量: 24641.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 light chain


分子量: 23549.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 30% w/v polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→50 Å / Num. obs: 19822 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 47.94 Å2 / CC1/2: 0.947 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.32→3.41 Å / Num. unique obs: 985 / CC1/2: 0.788

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KY1

4ky1


解像度: 3.32→48.407 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2986 1014 5.12 %
Rwork0.2427 --
obs0.2456 19790 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.43 Å2 / Biso mean: 35.2836 Å2 / Biso min: 16.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.32→48.407 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8095 0 0 0 8095
残基数----1053
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3202-3.49510.39281490.3037239891
3.4951-3.71410.36121400.27672679100
3.7141-4.00070.32441460.25992686100
4.0007-4.40310.27611490.22532685100
4.4031-5.03960.23191310.206271699
5.0396-6.34710.27051330.2261274499
6.3471-48.40.29241660.2427286899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64551.75010.72545.54281.15691.616-0.1038-0.7849-0.12390.8485-0.1346-0.46130.2287-0.2972-0.02390.36060.15830.05560.43160.16250.1850.006-33.069339.9107
28.19853.20191.51481.6673-0.60883.76580.36110.9234-0.9350.4067-0.3003-1.11580.53380.75880.02160.67640.1679-0.12340.28690.09410.40669.1769-41.264329.1687
35.4767-0.04161.70814.7497-3.10921.99910.0003-0.7803-0.74021.1723-0.02270.799-0.1577-1.1729-0.28910.4183-0.16660.09810.3045-0.00220.3975-12.0352-34.760941.1623
43.6953-3.068-0.43082.55520.16531.9995-0.0759-0.2819-0.9788-0.0623-0.61870.1031-0.06630.5718-0.7160.51990.0398-0.0995-0.3180.3784-0.054-4.3896-31.403529.9153
55.989-2.2519-2.64314.22951.56135.3296-0.3525-0.846-0.55750.6367-0.7608-0.60470.07070.77850.42810.8476-0.2684-0.36110.40840.28410.71144.3436-20.839625.219
62.4645-1.3568-0.27331.17720.95811.55440.5150.05530.5254-0.3645-0.3433-0.1174-0.06660.1585-0.10120.24290.00960.14710.4234-0.02940.1033-5.1591-32.26525.9869
74.31210.4767-2.58150.1139-0.15813.8156-0.02290.1434-1.4754-0.608-0.38610.47160.5654-0.04530.02520.5108-0.0306-0.24080.2760.0170.6078-7.4228-40.032125.0798
88.71521.3991-1.00624.949-0.13454.5881-1.14280.1752-0.91190.19150.17640.02230.62170.27640.69290.39110.0137-0.03380.21290.02070.275-4.4415-42.525236.388
90.50280.54640.46071.4892-0.03330.6687-0.16860.2887-0.0867-0.67140.4117-0.5605-0.0942-0.2632-0.0660.4841-0.03070.58720.40410.04420.23323.6115-34.320226.0719
103.00730.29590.79510.89940.26210.2589-0.07090.32380.70250.20010.11490.0614-0.41110.12050.11850.1691-0.27010.16490.13250.01651.0435-5.858-26.347636.9544
112.72041.7075-1.00496.81842.76799.4962-0.73910.1373-0.16920.21970.2642-0.97531.14281.0783-0.05660.69580.11720.02840.31210.06680.234212.719-34.955329.3698
123.4856-1.74030.34931.7562-0.87990.5373-0.3471-0.07550.5310.01030.0765-0.28270.0163-0.0360.14540.266-0.0096-0.01350.1134-0.03510.1537-6.7997-16.41393.1364
131.5093-1.26221.08041.02440.07744.25390.18640.1283-0.30250.02880.23050.08840.14950.2793-0.23140.3203-0.02370.10750.20120.03830.3025-8.0338-21.66053.9942
141.90891.7419-0.32662.4020.50021.12370.094-0.12850.08740.1490.0186-0.12-0.1788-0.2096-0.07590.15740.0519-0.02640.2134-0.00240.2502-8.98497.4272.2217
152.3477-2.0245-1.09675.72350.81120.50270.19050.01891.22650.67940.016-0.94980.0326-0.2027-0.20230.24220.07820.09690.5702-0.09030.2722-1.891415.946211.4331
163.3322-0.77491.28955.28991.32424.0172-0.19260.25460.23610.21750.5171-0.34030.02940.4589-0.26310.17050.1164-0.04130.2593-0.0290.29190.00111.2780.749
171.9403-0.10880.45174.33841.00012.5157-0.0785-0.06260.13430.23130.16790.28320.1201-0.1723-0.08750.2515-0.00430.05940.26430.03050.1866-15.0096-15.111423.3569
181.39060.581-1.14423.9856-1.50783.85060.0871-0.01570.2063-0.14020.03480.0024-0.08390.055-0.09360.16130.0429-0.04750.1821-0.02420.262-17.734519.335210.3052
194.25820.6685-1.73984.90151.43915.96220.17690.30870.1932-0.9680.0670.1917-1.34470.6607-0.39950.4694-0.16630.02370.4606-0.06180.39715.6493-15.274227.5566
203.3419-0.29161.01814.72591.25661.66960.014-0.18430.1231-0.83450.007-0.13040.14560.7755-0.15660.2567-0.0074-0.09960.5583-0.0740.267418.4134-15.334935.104
218.15172.3544-3.93065.4188-2.07123.9487-0.12531.17010.0852-0.19920.3761.09020.1862-0.8652-0.14640.71610.1285-0.17310.4025-0.01690.253310.0284-10.331940.7139
220.45220.0628-0.891.08-0.58041.924-0.2272-0.44740.67340.4792-0.58210.1925-0.0865-0.2420.24070.5445-0.1165-0.19940.5662-0.23660.844523.0499-7.870445.6797
231.8558-0.02970.07882.64610.56650.2629-0.181-0.2360.56030.32030.35630.01780.60050.36770.14660.48950.1509-0.06530.7173-0.14980.526926.8743-14.747935.064
243.865-0.1441.19475.2244-1.07442.5625-0.1427-0.8819-0.53370.85210.137-0.6008-0.5761-0.94970.11820.3886-0.0082-0.03350.5184-0.01780.304516.1513-17.880640.6648
252.7942-0.62740.4032.5697-1.29212.7034-0.17020.2332-0.18450.14810.21180.7452-0.3239-0.392-0.10590.25220.07390.01390.38550.00450.372610.3428-17.701634.7843
261.67690.6196-0.43944.11910.93953.36650.082-0.512-0.0890.2274-0.12130.14660.0660.43960.04920.194-0.0112-0.03280.39460.02390.18025.35961.81562.2314
271.2646-1.1282-0.25361.89471.11261.3138-0.1261-0.1883-0.0570.17510.125-0.4238-0.134-0.38750.15690.273-0.0227-0.0060.39710.04730.25854.55481.402465.6052
282.616-1.3895-0.63291.62910.61671.30210.2251-0.1211-0.20480.1226-0.08410.04010.13670.1221-0.09750.3601-0.04860.00050.27090.03780.291-6.94347.80459.5938
293.1691-0.4380.97572.47550.87873.73520.0642-0.311-0.79170.1750.27750.38120.2805-0.6759-0.24030.2961-0.0806-0.04440.41810.06890.2791-22.561713.535959.6827
302.4903-0.75541.06931.14340.49421.8434-0.1428-0.17550.1699-0.84620.1115-0.3659-0.1154-0.50060.06480.4801-0.17080.00730.31560.05590.36054.115315.907439.1609
312.4476-0.7014-0.77053.08270.07752.073-0.21010.0487-0.225-0.2142-0.1042-0.1498-0.03080.28170.36350.3502-0.0799-0.00180.26370.05290.19823.99686.065840.3689
322.1579-0.1136-1.59410.13380.18281.255-0.21070.7049-0.13410.20820.035-0.1988-0.58520.46360.15020.3281-0.0066-0.07380.4084-0.11450.27692.876313.251944.2959
332.7508-0.8554-0.62782.2827-0.83652.6217-0.1089-0.26650.10290.34790.30110.17-0.0265-0.5043-0.21030.2991-0.03040.04690.41070.05510.282-24.140529.436354.2928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 40 )A33 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 53 )A41 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 62 )A54 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 63 through 70 )A63 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 71 through 75 )A71 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 76 through 82 )A76 - 82
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 83 through 99 )A83 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 100 through 110 )A100 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 111 through 127 )A111 - 127
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 128 through 139 )A128 - 139
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 140 through 145 )A140 - 145
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 51 )B1 - 51
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 52 through 111 )B52 - 111
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 112 through 180 )B112 - 180
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 181 through 199 )B181 - 199
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 200 through 220 )B200 - 220
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1 through 101 )C1 - 101
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 102 through 213 )C102 - 213
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'P' and (resid 33 through 40 )P33 - 40
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'P' and (resid 41 through 70 )P41 - 70
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'P' and (resid 71 through 82 )P71 - 82
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'P' and (resid 83 through 94 )P83 - 94
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'P' and (resid 95 through 104 )P95 - 104
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'P' and (resid 105 through 126 )P105 - 126
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'P' and (resid 133 through 146 )P133 - 146
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 1 through 66 )H1 - 66
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 67 through 98 )H67 - 98
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 99 through 141 )H99 - 141
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 142 through 219 )H142 - 219
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'L' and (resid 19 through 90 )L19 - 90
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'L' and (resid 91 through 110 )L91 - 110
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'L' and (resid 111 through 211 )L111 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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