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万見
- PDB-6g33: Crystal structure of CLK1 in complex with 5-iodotubercidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g33
タイトルCrystal structure of CLK1 in complex with 5-iodotubercidin
要素(Dual specificity protein kinase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / kinase / inhibitors / slow off-rate / kinetics / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dual-specificity kinase / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5ID / IODIDE ION / PHOSPHATE ION / Dual specificity protein kinase CLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Heroven, C. / Chaikuad, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Halogen-Aromatic pi Interactions Modulate Inhibitor Residence Times.
著者: Heroven, C. / Georgi, V. / Ganotra, G.K. / Brennan, P. / Wolfreys, F. / Wade, R.C. / Fernandez-Montalvan, A.E. / Chaikuad, A. / Knapp, S.
履歴
登録2018年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein kinase CLK1
B: Dual specificity protein kinase CLK1
C: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,55710
ポリマ－118,9043
非ポリマー1,6527
水6,143341
1
A: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3554
ポリマ－39,7411
非ポリマー6143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1013
ポリマ－39,5821
非ポリマー5192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1013
ポリマ－39,5821
非ポリマー5192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.181, 116.191, 90.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 482 / Label seq-ID: 1 - 337

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
Dual specificity protein kinase ... , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Dual specificity protein kinase CLK1 / CDC-like kinase 1


分子量: 39741.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK1, CLK / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: P49759, dual-specificity kinase
#2: タンパク質 Dual specificity protein kinase CLK1 / CDC-like kinase 1


分子量: 39581.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK1, CLK / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: P49759, dual-specificity kinase

-
非ポリマー , 4種, 348分子

#3: 化合物 ChemComp-5ID / (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL / 5-IODOTUBERCIDIN


分子量: 392.150 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13IN4O4
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% 1,2-propanediol, 5% glycerol and 0.1 M NaKPO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→29.34 Å / Num. obs: 72225 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 10553 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vag

2vag


解像度: 2.05→89.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 10.983 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21829 3576 5 %RANDOM
Rwork0.18824 ---
obs0.18971 68534 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.364 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0 Å20.33 Å2
2---0.6 Å2-0 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→89.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8205 0 68 341 8614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0198605
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.027987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.94511677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.277318411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.07451024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.28123.565418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.017151472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1671552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.029928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022058
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5752.5174063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5752.5174056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.573.7665070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.573.7665071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9743.7454542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9713.7424538
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2396594
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.32520.86210000
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.32520.86410001
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded29.31656
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A410900.08
12B410900.08
21A405860.09
22C405860.09
31B411240.08
32C411240.08
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 267 -
Rwork0.292 5018 -
obs--99.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6591-0.7459-0.22350.84850.32680.789-0.04940-0.0115-0.01850.04920.062-0.01150.0690.00020.0061-0.0238-0.00080.31440.0110.160933.594544.326480.5913
21.0604-0.93260.01831.76370.45771.8146-0.1077-0.13050.14360.06730.06190.0839-0.3223-0.13770.04580.07220.0239-0.01560.3139-0.0150.226816.221460.395886.7144
31.1488-0.2191-0.21040.5459-0.2711.29430.22590.183-0.1263-0.0626-0.14770.05420.03770.2573-0.07820.05070.0697-0.04360.472-0.05710.153352.535816.844454.584
40.7572-0.3989-0.12921.8347-0.00980.72740.043-0.0591-0.19530.30890.02540.1120.0306-0.0193-0.06840.0754-0.0237-0.02290.28850.02380.199635.550414.950972.472
52.76530.18190.03190.3785-0.02411.76390.0553-0.17080.245-0.05750.00450.00120.00920.1608-0.05980.020.02660.04220.34740.0250.199857.8435.7259113.5047
61.1098-0.2426-0.16020.82850.41151.14840.0305-0.1253-0.0759-0.0360.06330.10660.2594-0.1274-0.09380.0954-0.0065-0.02180.35670.06170.168439.812118.4201114.3833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 346
2X-RAY DIFFRACTION2A347 - 482
3X-RAY DIFFRACTION3B-1 - 336
4X-RAY DIFFRACTION4B337 - 482
5X-RAY DIFFRACTION5C-1 - 346
6X-RAY DIFFRACTION6C347 - 482

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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