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- PDB-7rzl: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rzl
タイトルCrystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae R2846 in complex with 4-nitrophenol
要素(NAD(P)H-dependent ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / oxidoreductase activity / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FORMIC ACID / P-NITROPHENOL / NAD(P)H-dependent oxidoreductase
機能・相同性情報
生物種Haemophilus influenzae R2846 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Characterization of Diverse NfsB Chloramphenicol Reductase Enzymes from Human Pathogens.
著者: Mullowney, M.W. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Crofts, T.S.
履歴
登録2021年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H-dependent oxidoreductase
B: NAD(P)H-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,50810
ポリマ－51,9092
非ポリマー1,5998
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11410 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.712, 77.700, 90.621
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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NAD(P)H-dependent ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD(P)H-dependent oxidoreductase


分子量: 25946.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae R2846 (インフルエンザ菌)
遺伝子: CH638_05260 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold
参照: UniProt: A0A3E1QXW7, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: タンパク質 NAD(P)H-dependent oxidoreductase


分子量: 25962.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae R2846 (インフルエンザ菌)
遺伝子: CH638_05260 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold
参照: UniProt: A0A3E1QXW7, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 6種, 271分子

#3: 化合物 ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% PEG550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日
放射モノクロメーター: dauble crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 68981 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 12.15 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3288 / CC1/2: 0.547

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→40.11 Å / SU ML: 0.1127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.3529
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1902 3183 4.95 %
Rwork0.1475 61175 -
obs0.1496 68981 92.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→40.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3542 0 108 263 3913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00754102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02645566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5161630
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.2213410.1574891X-RAY DIFFRACTION31.31
1.47-1.490.2135750.161340X-RAY DIFFRACTION47.63
1.49-1.520.23281080.15082008X-RAY DIFFRACTION71.95
1.52-1.540.20051270.14632540X-RAY DIFFRACTION89.62
1.54-1.570.20971360.13742773X-RAY DIFFRACTION97.78
1.57-1.60.19381680.12592799X-RAY DIFFRACTION99.4
1.6-1.640.18161380.11882853X-RAY DIFFRACTION99.77
1.64-1.670.18151530.12022796X-RAY DIFFRACTION99.9
1.67-1.710.16281460.12412849X-RAY DIFFRACTION99.93
1.71-1.750.16441410.12812829X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.80.18871440.13082859X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.850.19331420.12552829X-RAY DIFFRACTION99.97
1.85-1.910.17621740.13072823X-RAY DIFFRACTION99.97
1.91-1.980.21371500.12572837X-RAY DIFFRACTION99.9
1.98-2.060.17291390.13212863X-RAY DIFFRACTION99.8
2.06-2.150.17111500.13242867X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.270.18451420.13192867X-RAY DIFFRACTION99.93
2.27-2.410.17721280.14492869X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.60.18381480.16092905X-RAY DIFFRACTION99.84
2.6-2.860.21871680.1682861X-RAY DIFFRACTION99.8
2.86-3.270.19071490.1662905X-RAY DIFFRACTION100
3.27-4.120.18661500.14462951X-RAY DIFFRACTION99.9
4.12-40.110.19771660.17723061X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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