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Yorodumi- PDB-6n0r: Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with compou... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6n0r | ||||||
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Title | Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with compound XZ572 | ||||||
Components | Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Hydrolase / fragment based drug design / anti-cancer drug design | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.544 Å | ||||||
Authors | Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Tdp1 catalytic domain Authors: Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6n0r.cif.gz | 381.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6n0r.ent.gz | 309.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6n0r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6n0r_validation.pdf.gz | 475.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6n0r_full_validation.pdf.gz | 483.3 KB | Display | |
Data in XML | 6n0r_validation.xml.gz | 40 KB | Display | |
Data in CIF | 6n0r_validation.cif.gz | 60.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6n0nC 6n0oC 1jy1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52126.336 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TDP1 / Plasmid: pDN2454 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9NUW8, Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-DMS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Feb 16, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.54→50 Å / Num. obs: 150083 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.072 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 35.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.54→1.57 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7461 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.315 / Rrim(I) all: 0.741 / Rsym value: 0.669 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1JY1 Resolution: 1.544→37.025 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.76
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.544→37.025 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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