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- PDB-6w7k: Structure of Tdp1 catalytic domain in complex with inhibitor XZ634p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w7k
タイトルStructure of Tdp1 catalytic domain in complex with inhibitor XZ634p
要素Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / phosphodiesterase / inhibitor / cancer drug target / DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / single strand break repair / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / single strand break repair / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase I / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TG7 / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke, T.R. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: Chemical Science / 年: 2021
タイトル: Small molecule microarray identifies inhibitors of tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 that simultaneously access the catalytic pocket and two substrate binding sites
著者: Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Lountos, G.T. / Wang, W. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Hilimire, T.A. / Schneekloth, J.S. / Waugh, D.S. / Pommier, Y. / Burke, T.R.
履歴
登録2020年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2488
ポリマ－104,2532
非ポリマー9956
水10,683593
1
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5623
ポリマ－52,1261
非ポリマー4352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6865
ポリマ－52,1261
非ポリマー5604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.974, 105.028, 193.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1


分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-TG7 / 4-[(2-phenylimidazo[1,2-a]pyridin-3-yl)amino]benzene-1,2-dicarboxylic acid


分子量: 373.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H15N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5 10% w/v PEG 8000 20% v/v ethylene glycol 0.03 M sodium fluoride 0.03 M sodium bromide 0.03 M sodium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 108780 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 1.059 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5192 / CC1/2: 0.714 / CC star: 0.913 / Rpim(I) all: 0.403 / Rrim(I) all: 0.98 / Rsym value: 0.889

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DHU

6dhu


解像度: 1.7→48.398 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 5455 5.06 %
Rwork0.187 --
obs0.1886 107820 95.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.57 Å2 / Biso mean: 26.8934 Å2 / Biso min: 8.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→48.398 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7000 0 56 593 7649
Biso mean--42.34 35.31 -
残基数----875
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.71930.31641760.2668325391
1.7193-1.73960.2911820.2468323793
1.7396-1.76080.27781890.2381331194
1.7608-1.78310.28691610.2398328092
1.7831-1.80650.25281720.2307314990
1.8065-1.83130.26441700.2159318790
1.8313-1.85740.2671840.2102328993
1.8574-1.88520.25981580.2104338595
1.8852-1.91460.23661840.2147342696
1.9146-1.9460.26111910.222332095
1.946-1.97960.26061730.2109338996
1.9796-2.01560.27761610.2066336494
2.0156-2.05430.25781690.2092336095
2.0543-2.09630.2451720.2015337995
2.0963-2.14180.22262000.2036335596
2.1418-2.19170.22181940.2015342196
2.1917-2.24650.22811870.1951341996
2.2465-2.30720.22481750.1964341496
2.3072-2.37510.23181870.1941348296
2.3751-2.45180.22081780.1949339796
2.4518-2.53940.22981860.2009329192
2.5394-2.6410.22822010.1906334594
2.641-2.76120.21211810.194354799
2.7612-2.90680.21791830.198358399
2.9068-3.08890.21732010.1932355599
3.0889-3.32730.20772050.1834360599
3.3273-3.66210.19151840.1709358499
3.6621-4.19170.17132020.14813643100
4.1917-5.28010.16511680.1418349894
5.2801-48.3980.2321810.17983897100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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