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Yorodumi- PDB-7s14: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7s14 | ||||||
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Title | Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae 86-028NP | ||||||
Components | Putative NAD(P)H nitroreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / nitroreductase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / Oxidoreductases / oxidoreductase activity / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / Putative NAD(P)H nitroreductase Function and homology information | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae 86-028NP Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7s14.cif.gz | 377.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7s14.ent.gz | 321.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7s14.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s14 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 25789.299 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (strain 86-028NP) (bacteria) Strain: 86-028NP / Gene: NTHI1892 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: Q4QJZ7, Oxidoreductases |
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-Non-polymers , 6 types, 373 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FMN / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.2 M calcium chloride, 20% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 20, 2020 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 97736 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 4.4 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 11.9 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 4709 / CC1/2: 0.453 / % possible all: 96.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.65→42.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.257 / SU ML: 0.045 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.02 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.34 Å2 / Biso mean: 29.314 Å2 / Biso min: 13.26 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→42.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.653→1.696 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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