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Yorodumi- PDB-6wt2: Crystal Structure of Putative NAD(P)H-Flavin Oxidoreductase from ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6wt2 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Putative NAD(P)H-Flavin Oxidoreductase from Neisseria meningitidis | ||||||
Components | Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / Chloramphenicol / Antibiotic Resistant / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Neisseria meningitidis serogroup A / serotype 4A | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Microbiol Spectr / Year: 2022Title: Functional and Structural Characterization of Diverse NfsB Chloramphenicol Reductase Enzymes from Human Pathogens. Authors: Mullowney, M.W. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Crofts, T.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6wt2.cif.gz | 456.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6wt2.ent.gz | 312.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6wt2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6wt2_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6wt2_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
| Data in XML | 6wt2_validation.xml.gz | 37.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 6wt2_validation.cif.gz | 52.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wt2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7rzlC ![]() 7rzpC ![]() 7s14C ![]() 7s1aC ![]() 2hayS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 25470.760 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria meningitidis serogroup A / serotype 4A (strain Z2491) (bacteria)Strain: Z2491 / Gene: NMA1015 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 439 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-NIO / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-FMN / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-FMT / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.6 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97951 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2019 |
| Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97951 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. obs: 96271 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 21.98 Å2 / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 11.3 |
| Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 4791 / CC1/2: 0.616 / % possible all: 98.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 2HAY Resolution: 1.75→45.17 Å / SU ML: 0.2477 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.0201
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 28.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→45.17 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi



X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation














PDBj


Neisseria meningitidis serogroup A / serotype 4A (strain Z2491) (bacteria)