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Yorodumi- PDB-6wt2: Crystal Structure of Putative NAD(P)H-Flavin Oxidoreductase from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wt2 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Putative NAD(P)H-Flavin Oxidoreductase from Neisseria meningitidis | ||||||
Components | Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / Chloramphenicol / Antibiotic Resistant / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Neisseria meningitidis serogroup A / serotype 4A | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Microbiol Spectr / Year: 2022 Title: Functional and Structural Characterization of Diverse NfsB Chloramphenicol Reductase Enzymes from Human Pathogens. Authors: Mullowney, M.W. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Crofts, T.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wt2.cif.gz | 455.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wt2.ent.gz | 312.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wt2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wt2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7rzlC 7rzpC 7s14C 7s1aC 2hayS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 25470.760 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria meningitidis serogroup A / serotype 4A (strain Z2491) (bacteria) Strain: Z2491 / Gene: NMA1015 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: A0A0U1RIB4 |
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-Non-polymers , 6 types, 439 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NIO / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-FMN / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-FMT / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97951 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2019 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97951 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. obs: 96271 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 21.98 Å2 / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 4791 / CC1/2: 0.616 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2HAY Resolution: 1.75→45.17 Å / SU ML: 0.2477 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.0201
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→45.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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