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万見
- PDB-6x85: Crystal Structure of TNFalpha with indolinone compound 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x85
タイトルCrystal Structure of TNFalpha with indolinone compound 9
要素Tumor necrosis factor
キーワードCYTOKINE / Trimer / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of translational initiation by iron / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / negative regulation of bicellular tight junction assembly / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of vascular wound healing / : / negative regulation of amyloid-beta clearance / response to isolation stress / positive regulation of action potential / inflammatory response to wounding / positive regulation of interleukin-18 production / death receptor agonist activity / positive regulation of protein transport / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / necroptotic signaling pathway / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / cellular response to toxic substance / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of D-glucose import / negative regulation of oxidative phosphorylation / positive regulation of protein localization to cell surface / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of fat cell differentiation / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / regulation of metabolic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of viral genome replication / response to L-glutamate / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of synapse organization / Interleukin-10 signaling / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / negative regulation of mitotic cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / phagocytic cup / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of synaptic transmission
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UTV / Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Stoll, V.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Development of Orally Efficacious Allosteric Inhibitors of TNF alpha via Fragment-Based Drug Design.
著者: Dietrich, J.D. / Longenecker, K.L. / Wilson, N.S. / Goess, C. / Panchal, S.C. / Swann, S.L. / Petros, A.M. / Hobson, A.D. / Ihle, D. / Song, D. / Richardson, P. / Comess, K.M. / Cox, P.B. / ...著者: Dietrich, J.D. / Longenecker, K.L. / Wilson, N.S. / Goess, C. / Panchal, S.C. / Swann, S.L. / Petros, A.M. / Hobson, A.D. / Ihle, D. / Song, D. / Richardson, P. / Comess, K.M. / Cox, P.B. / Dombrowski, A. / Sarris, K. / Donnelly-Roberts, D.L. / Duignan, D.B. / Gomtsyan, A. / Jung, P. / Krueger, A.C. / Mathieu, S. / McClure, A. / Stoll, V.S. / Wetter, J. / Mankovich, J.A. / Hajduk, P.J. / Vasudevan, A. / Stoffel, R.H. / Sun, C.
履歴
登録2020年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
D: Tumor necrosis factor
E: Tumor necrosis factor
F: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,3287
ポリマ－105,0116
非ポリマー3171
水00
1
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8234
ポリマ－52,5063
非ポリマー3171
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
2
D: Tumor necrosis factor
E: Tumor necrosis factor
F: Tumor necrosis factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5063
ポリマ－52,5063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area17510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)252.508, 65.672, 54.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 17501.854 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#2: 化合物 ChemComp-UTV / 1-{[2-(difluoromethoxy)phenyl]methyl}-2,2-dimethyl-1,2-dihydro-3H-indol-3-one


分子量: 317.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17F2NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 8000, 0.2M magnesium acetate, 0.05M sodium cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.691→54.026 Å / Num. obs: 24547 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 95.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.691→2.7 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 999 / Rrim(I) all: 0.42 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20171218データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1tnf

1tnf


解像度: 2.85→29.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.39
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1025 4.94 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 20745 99 %-
原子変位パラメータBiso max: 221.4 Å2 / Biso mean: 98.71 Å2 / Biso min: 42.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.6617 Å20 Å26.581 Å2
2---25.8464 Å20 Å2
3---16.1847 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→29.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6576 0 23 0 6599
Biso mean--60.64 --
残基数----842
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2271SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1148HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6748HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion850SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7090SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6748HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9188HARMONIC21.21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.32
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 17 4.1 %
Rwork0.2287 398 -
all0.2291 415 -
obs--96.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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