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Yorodumi- PDB-7rzp: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rzp | ||||||
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Title | Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae R2866 | ||||||
Components | Dihydropteridine reductase, NAD(P)H-dependent, oxygen-insensitive | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / Oxidoreductases / oxidoreductase activity / ACETIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Dihydropteridine reductase, NAD(P)H-dependent, oxygen-insensitive Function and homology information | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae R2866 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Microbiol Spectr / Year: 2022 Title: Functional and Structural Characterization of Diverse NfsB Chloramphenicol Reductase Enzymes from Human Pathogens. Authors: Mullowney, M.W. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Crofts, T.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rzp.cif.gz | 236.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7rzp.ent.gz | 158.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rzp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7rzp_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7rzp_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 7rzp_validation.xml.gz | 20.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7rzp_validation.cif.gz | 28.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wt2C 7rzlC 7s14C 7s1aC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 25835.363 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae R2866 (bacteria) Gene: CH609_03695, NCTC11873_01313 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: A0A3E1R3Y4, FMN reductase (NADPH) |
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-Non-polymers , 5 types, 178 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M ammonium acetate; 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97919 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 15, 2019 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 31406 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 29.71 Å2 / CC1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 1548 / CC1/2: 0.361 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.95→48.64 Å / SU ML: 0.245 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 27.0937 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→48.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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