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Yorodumi- PDB-7s1a: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7s1a | ||||||
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Title | Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae Rd KW20 | ||||||
Components | Putative NAD(P)H nitroreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.97 Å | ||||||
Authors | Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae Rd KW20 Authors: Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7s1a.cif.gz | 235.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7s1a.ent.gz | 157.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7s1a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s1a | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1kqbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25821.338 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (bacteria) Strain: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / Gene: HI_1278 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: Q57431, FMN reductase (NADPH) #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 17% PEG10000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97919 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 13, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.97→50 Å / Num. obs: 31244 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 35.92 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 20.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.97→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 19 / Num. unique obs: 1475 / CC1/2: 0.394 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1KQB Resolution: 1.97→45.68 Å / SU ML: 0.2269 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 29.6196 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→45.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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