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万見
- PDB-7s1a: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s1a
タイトルCrystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae Rd KW20
要素Putative NAD(P)H nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / : / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Putative NAD(P)H nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Characterization of Diverse NfsB Chloramphenicol Reductase Enzymes from Human Pathogens.
著者: Mullowney, M.W. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Crofts, T.S.
履歴
登録2021年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative NAD(P)H nitroreductase
B: Putative NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7829
ポリマ－51,6432
非ポリマー1,1397
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10430 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area17480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.815, 56.815, 122.924
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

#1: タンパク質 Putative NAD(P)H nitroreductase


分子量: 25821.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: HI_1278 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q57431, FMN reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 17% PEG10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 31244 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 35.92 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.97→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 19 / Num. unique obs: 1475 / CC1/2: 0.394

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1KQB

1kqb


解像度: 1.97→45.68 Å / SU ML: 0.2269 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.6196
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 1616 5.18 %
Rwork0.1839 29570 -
obs0.1858 31186 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→45.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3509 0 73 112 3694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813689
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90264984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0506530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0125639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.19011416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.030.29111160.27042395X-RAY DIFFRACTION96.21
2.03-2.090.30151430.24282459X-RAY DIFFRACTION99.66
2.09-2.170.2771200.22162460X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.260.25331140.19552504X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.360.25571460.25812476X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.480.25421200.24582463X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.640.26551100.23322482X-RAY DIFFRACTION99.96
2.64-2.840.25991440.21092521X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.130.27321620.21662413X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.580.22651220.1842504X-RAY DIFFRACTION100
3.58-4.510.17521480.13572464X-RAY DIFFRACTION100
4.51-45.680.16921710.14062429X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.530085634991.02202479492-1.211470038350.523650876241-1.000309601432.57318677520.3416748128530.040329223420.8142926053080.617098051131-0.07522920392710.236997437604-0.471366443523-0.590999639651-0.4518363297871.265065308890.2172350605850.4354710873780.5252684272350.05414868992840.5891311915632.2370841831453.819501951929.216235388
21.659735807740.396846151355-0.0707007273042.02070644375-1.48887346511.429266043760.2544069875430.3988590882160.6012266943691.028245331810.2410202824280.693476515416-1.26554048645-0.169426771136-0.1638234845160.8197475518740.3676650036190.3354482894240.3107413246450.1834161840470.5924338712887.1411912143662.2781603157.14307044842
31.747822969750.117138573639-0.6406260644493.84941012149-1.775195911953.161229161740.202001900730.4073955086930.199970634393-0.002484058677110.0537914088359-0.0582439953747-0.301738149822-0.088784214859-0.1646665806310.2772986913450.1093621036450.04970344351520.3173654747010.02137072980090.24712906017115.589591478347.68735469363.65468207197
40.485796536424-0.5862817784240.1219166783761.646871405360.03387093827560.1844088126560.2648175131430.03191387090450.3421315864170.7944737537660.5480503022711.18362361271-0.661760050215-0.986977647334-0.3180025650870.7001849771740.3350230609190.4617980811080.5716011028720.272346325810.876446698732-6.223464320348.785144584719.5707651697
51.471671111571.42448105151.44248117795.396581601564.236374614953.3972999570.25179532829-0.4193207962570.1074066953380.5211291385450.617902910951-0.697028147441-0.6493383198230.190407621657-0.3940504712571.49301741531-0.04764581127010.339184747060.470314283987-0.09936866887050.44526433348514.252869580359.820196654725.3306655664
61.16500295714-0.1581784870151.007480597311.78642333164-1.513889256632.786714983450.329010301755-0.0633476240835-0.08218859206160.6957092784060.1256118883910.419111756635-0.672319367554-0.346631102127-0.3290619222290.5107642348060.1451845800030.1436819591810.3661732139940.07764069376170.3324172584866.5153916552542.072382773625.0205366961
72.630485971870.8243073121-0.5970121833254.08301470308-0.5490101614146.50996532327-0.0704500793366-0.23703233899-0.3169537739070.8067083196390.199004691068-0.1052001850740.31924293258-0.0271112523623-0.1570125704640.3640021027220.0361749563133-0.01277445609030.225440250240.02266188226780.290958111919.6335086086530.128478200121.3103592453
82.15747303660.450391948271-0.3274523252652.66419789544-0.9308664561071.843023725010.06191068926990.4310588209820.06890569777780.1130909165070.3392772932610.760471458689-0.0574309729452-0.519710972511-0.2003815292070.2258616192940.06199729900270.02360111818760.4381920192240.1290867259260.400519846631-1.0337544558139.87690142737.66668433087
91.689204086970.705606500597-1.271365422512.23844134147-2.034252870053.010103077470.318291142483-0.0727888354050.1489567108290.652271560277-0.155810434831-0.0884733912575-0.6922580093350.375393009647-0.1450876648460.4497698011250.01158073603150.005324816523480.291926652017-0.03252567216890.25927005854517.947388320748.625669040616.6360956934
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 15 )AA2 - 151 - 14
22chain 'A' and (resid 16 through 81 )AA16 - 8115 - 80
33chain 'A' and (resid 82 through 198 )AA82 - 19881 - 197
44chain 'A' and (resid 199 through 220 )AA199 - 220198 - 219
55chain 'B' and (resid 3 through 15 )BD3 - 151 - 13
66chain 'B' and (resid 16 through 51 )BD16 - 5114 - 49
77chain 'B' and (resid 52 through 89 )BD52 - 8950 - 87
88chain 'B' and (resid 90 through 188 )BD90 - 18888 - 186
99chain 'B' and (resid 189 through 220 )BD189 - 220187 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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