[日本語] English
万見
- PDB-7ldq: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ldq
タイトルCrystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae R2846
要素NAD(P)H-dependent oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / oxidoreductase activity / ACETIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FORMIC ACID / NAD(P)H-dependent oxidoreductase
機能・相同性情報
生物種Haemophilus influenzae R2846 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae R2846
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6307
ポリマ－25,9461
非ポリマー6846
水3,369187
1
A: NAD(P)H-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子

A: NAD(P)H-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,26114
ポリマ－51,8932
非ポリマー1,36812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11600 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.100, 84.838, 53.977
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.831, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

21A-412-

HOH

31A-429-

HOH

41A-441-

HOH

51A-494-

HOH

61A-548-

HOH

71A-549-

HOH

81A-574-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NAD(P)H-dependent oxidoreductase / flavin reductase


分子量: 25946.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae R2846 (インフルエンザ菌)
遺伝子: CH638_05260 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A3E1QXW7, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 6種, 193分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 40% PEG300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月6日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 74481 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 12.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 3643 / CC1/2: 0.811

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.15→31.95 Å / SU ML: 0.0919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 13.0371
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1588 3664 4.92 %
Rwork0.1424 70808 -
obs0.1432 74472 97.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→31.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1775 0 43 187 2005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00542188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80122983
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0765302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.766871
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.15-1.170.19171670.17632541X-RAY DIFFRACTION93.41
1.17-1.180.15981250.16932695X-RAY DIFFRACTION96.51
1.18-1.20.19191310.15292716X-RAY DIFFRACTION97.23
1.2-1.220.17841340.14772725X-RAY DIFFRACTION97.38
1.22-1.240.16781400.1392677X-RAY DIFFRACTION97.51
1.24-1.260.16071140.13622734X-RAY DIFFRACTION97.33
1.26-1.280.15341270.13662671X-RAY DIFFRACTION96.75
1.28-1.30.16471460.1272687X-RAY DIFFRACTION97.86
1.3-1.330.15411560.12472752X-RAY DIFFRACTION98.04
1.33-1.350.16261320.12242756X-RAY DIFFRACTION98.5
1.35-1.380.15431480.11492706X-RAY DIFFRACTION98.75
1.38-1.410.15291590.11462709X-RAY DIFFRACTION98.29
1.41-1.450.13671550.10762685X-RAY DIFFRACTION97.93
1.45-1.490.14981430.1072693X-RAY DIFFRACTION97.19
1.49-1.530.1061330.10482775X-RAY DIFFRACTION98.81
1.53-1.580.14411230.10572780X-RAY DIFFRACTION99.25
1.58-1.640.1481520.11462725X-RAY DIFFRACTION99.24
1.64-1.70.15191600.11642759X-RAY DIFFRACTION99.02
1.7-1.780.14481320.12662737X-RAY DIFFRACTION97.75
1.78-1.880.1411200.12722714X-RAY DIFFRACTION97.83
1.88-1.990.18581250.13542799X-RAY DIFFRACTION99.12
1.99-2.150.15111630.13552749X-RAY DIFFRACTION99.52
2.15-2.360.18371390.14262757X-RAY DIFFRACTION99.14
2.36-2.70.15331610.15842704X-RAY DIFFRACTION97.32
2.7-3.410.17491320.16492787X-RAY DIFFRACTION98.95
3.41-31.950.15591470.16062775X-RAY DIFFRACTION97.86

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る