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- PDB-7rm3: Antibody 2E10.E9 in complex with P. vivax CSP peptide ANGAGNQPGAN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rm3
タイトルAntibody 2E10.E9 in complex with P. vivax CSP peptide ANGAGNQPGANGAGNQPGANGAGGQAA
要素
  • 2E10.E9 Fab heavy chain
  • 2E10.E9 Fab light chain
  • peptide from Circumsporozoite protein variant VK247
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antibody / malaria / Plasmodium vivax / circumsporozoite protein
機能・相同性ACETATE ION / Circumsporozoite protein variant VK247
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Kucharska, I. / Ivanochko, D. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 4件
組織認可番号国
Other governmentOntario Early Researcher Awards program カナダ
Other governmentCanada Foundation for Innovation カナダ
Other governmentOntario Research Fund カナダ
Other governmentCanada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural basis of Plasmodium vivax inhibition by antibodies binding to the circumsporozoite protein repeats.
著者: Kucharska, I. / Hossain, L. / Ivanochko, D. / Yang, Q. / Rubinstein, J.L. / Pomes, R. / Julien, J.P.
履歴
登録2021年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2E10.E9 Fab heavy chain
B: 2E10.E9 Fab light chain
C: 2E10.E9 Fab heavy chain
D: 2E10.E9 Fab light chain
P: peptide from Circumsporozoite protein variant VK247
Q: peptide from Circumsporozoite protein variant VK247
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9159
ポリマ－100,8106
非ポリマー1053
水61334
1
A: 2E10.E9 Fab heavy chain
B: 2E10.E9 Fab light chain
Q: peptide from Circumsporozoite protein variant VK247
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4284
ポリマ－50,4053
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
2
C: 2E10.E9 Fab heavy chain
D: 2E10.E9 Fab light chain
P: peptide from Circumsporozoite protein variant VK247
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4875
ポリマ－50,4053
非ポリマー822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.404, 144.436, 60.471
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.831, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ILEILECYSCYS(chain 'A' and (resid 2 through 22 or resid 24 through 61 or resid 63 through 215))AA2 - 224 - 24
121ALAALAGLUGLU(chain 'A' and (resid 2 through 22 or resid 24 through 61 or resid 63 through 215))AA24 - 6126 - 64
131PHEPHESERSER(chain 'A' and (resid 2 through 22 or resid 24 through 61 or resid 63 through 215))AA63 - 21566 - 223
211ILEILECYSCYS(chain 'C' and (resid 2 through 22 or resid 24 through 61 or resid 63 through 215))CC2 - 224 - 24
221ALAALAGLUGLU(chain 'C' and (resid 2 through 22 or resid 24 through 61 or resid 63 through 215))CC24 - 6126 - 64
231PHEPHESERSER(chain 'C' and (resid 2 through 22 or resid 24 through 61 or resid 63 through 215))CC63 - 21566 - 223
112ASPASPASPASP(chain 'B' and (resid 1 through 122 or resid 124 through 168 or resid 170 through 212))BB1 - 1221 - 128
122GLNGLNSERSER(chain 'B' and (resid 1 through 122 or resid 124 through 168 or resid 170 through 212))BB124 - 168130 - 174
132ASPASPARGARG(chain 'B' and (resid 1 through 122 or resid 124 through 168 or resid 170 through 212))BB170 - 211176 - 217
212ASPASPASPASP(chain 'D' and (resid 1 through 122 or resid 124 through 168 or resid 170 through 212))DD1 - 1221 - 128
222GLNGLNSERSER(chain 'D' and (resid 1 through 122 or resid 124 through 168 or resid 170 through 212))DD124 - 168130 - 174
232ASPASPARGARG(chain 'D' and (resid 1 through 122 or resid 124 through 168 or resid 170 through 212))DD170 - 211176 - 217

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 PQ

#3: タンパク質・ペプチド peptide from Circumsporozoite protein variant VK247


分子量: 2249.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) / 参照: UniProt: B7SA67

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 2E10.E9 Fab heavy chain


分子量: 23939.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 2E10.E9 Fab light chain


分子量: 24215.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 37分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M sodium acetate and 30% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→29.48 Å / Num. obs: 26439 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 47.39 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.68→2.78 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2627 / CC1/2: 0.578 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1uyw

1uyw


解像度: 2.68→29.48 Å / SU ML: 0.4171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.6088
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 1314 4.97 %
Rwork0.2065 25125 -
obs0.2081 26439 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6849 0 2 34 6885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00927010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24079525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06561059
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.82362504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.790.33761410.32192779X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.910.38211500.28572766X-RAY DIFFRACTION99.93
2.91-3.070.29631320.28722790X-RAY DIFFRACTION99.9
3.07-3.260.32491490.26412779X-RAY DIFFRACTION99.97
3.26-3.510.28451470.23862812X-RAY DIFFRACTION99.87
3.51-3.860.27031490.20952782X-RAY DIFFRACTION99.97
3.86-4.420.2021520.1652768X-RAY DIFFRACTION99.86
4.42-5.560.16481620.14562821X-RAY DIFFRACTION99.93
5.56-29.480.18811320.17952828X-RAY DIFFRACTION99.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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