PDB-7rlv: Antibody 2F2 in complex with P. vivax CSP peptide GDRADGQPAGDRADGQPA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rlv

タイトル

Antibody 2F2 in complex with P. vivax CSP peptide GDRADGQPAGDRADGQPA

要素

2F2 Fab heavy chain
2F2 Fab light chain
peptide from Circumsporozoite protein variant VK210

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibody / malaria / Plasmodium vivax / circumsporozoite protein

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kucharska, I. / Julien, J.P.

資金援助

カナダ, 4件

組織	認可番号	国
Other government	Ontario Early Researcher Awards program	カナダ
Other government	Canada Foundation for Innovation	カナダ
Other government	Ontario Research Fund	カナダ
Other government	Canada Research Chairs	カナダ

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural basis of Plasmodium vivax inhibition by antibodies binding to the circumsporozoite protein repeats.
著者: Kucharska, I. / Hossain, L. / Ivanochko, D. / Yang, Q. / Rubinstein, J.L. / Pomes, R. / Julien, J.P.

履歴

登録	2021年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rlv.cif.gz	633.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rlv.ent.gz	437.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rlv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rlv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rlwC 7rlxC 7rlyC 7rlzC 7rm0C 7rm1C 7rm3C 1xiwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7rly-1 3ijy-1 4x80-d 2r1x-d 5a16-1 2g5b-1 6idg-d 7rlv-3 2r1w-d 4hs8-d 6al4-2 3ijh-1 5v6m-d 6bi2-2 5mp3-1 3g5v-d 3v0w-d 3ojd-d 5az2-d 5xhf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: 2F2 Fab light chain

P: peptide from Circumsporozoite protein variant VK210

A: 2F2 Fab heavy chain

D: 2F2 Fab light chain

R: peptide from Circumsporozoite protein variant VK210

C: 2F2 Fab heavy chain

F: 2F2 Fab light chain

Q: peptide from Circumsporozoite protein variant VK210

E: 2F2 Fab heavy chain

ヘテロ分子

151 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: 2F2 Fab light chain

P: peptide from Circumsporozoite protein variant VK210

A: 2F2 Fab heavy chain

登録者が定義した集合体
50.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: 2F2 Fab light chain

R: peptide from Circumsporozoite protein variant VK210

C: 2F2 Fab heavy chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: 2F2 Fab light chain

Q: peptide from Circumsporozoite protein variant VK210

E: 2F2 Fab heavy chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.487, 81.425, 82.263
Angle α, β, γ (deg.)	94.588, 114.097, 111.599
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 3 through 84 or (resid 85...
d_2	ens_1	(chain "C" and (resid 3 through 98 or (resid 99...
d_3	ens_1	(chain "E" and (resid 3 through 84 or (resid 85...
d_1	ens_2	(chain "B" and (resid 1 through 113 or resid 115...
d_2	ens_2	(chain "D" and (resid 1 through 14 or (resid 15...
d_3	ens_2	(chain "F" and (resid 1 through 14 or (resid 15...
d_1	ens_3	chain "P"
d_2	ens_3	(chain "Q" and resid 2 through 13)
d_3	ens_3	chain "R"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLN	TYR	C	1 - 175
d_1	2	ens_1	LEU	LEU	C	177
d_1	3	ens_1	SER	LEU	C	179 - 188
d_1	4	ens_1	THR	GLU	C	192 - 211
d_2	1	ens_1	GLN	PRO	F	1 - 132
d_2	2	ens_1	GLY	TYR	F	134 - 176
d_2	3	ens_1	LEU	LEU	F	178
d_2	4	ens_1	SER	GLU	F	180 - 209
d_3	1	ens_1	GLN	PRO	L	1 - 132
d_3	2	ens_1	GLY	TYR	L	140 - 182
d_3	3	ens_1	LEU	LEU	L	184
d_3	4	ens_1	SER	LEU	L	186 - 195
d_3	5	ens_1	THR	GLU	L	199 - 218
d_1	1	ens_2	ASP	PRO	A	1 - 118
d_1	2	ens_2	VAL	ARG	A	120 - 216
d_2	1	ens_2	ASP	PRO	D	1 - 118
d_2	2	ens_2	VAL	ARG	D	120 - 216
d_3	1	ens_2	ASP	PRO	I	1 - 118
d_3	2	ens_2	VAL	ARG	I	120 - 216
d_1	1	ens_3	ASP	ALA	B	1 - 12
d_2	1	ens_3	ASP	ALA	K	1 - 12
d_3	1	ens_3	ASP	ALA	E	1 - 12

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.452849828768, 0.783006417051, -0.426412925979), (-0.63478192484, 0.0526914160729, 0.770892679021), (0.626082215433, 0.619777835623, 0.473177021832)	9.64762959177, -52.5137849717, -0.784492889945
2	given	(-0.544812708341, -0.607535578616, 0.577996222778), (0.707366126587, 0.0372102381195, 0.705867240447), (-0.450346839432, 0.793420392286, 0.409477478402)	3.48935615697, -83.8432999971, 47.0742409415
3	given	(-0.461469808644, 0.776897081671, -0.428341616238), (-0.643335984702, 0.0394088076872, 0.764569000591), (0.610871857674, 0.628393085869, 0.481619874106)	9.78157542312, -52.3210242676, -0.831104815025
4	given	(-0.535553901872, -0.626211154448, 0.566605337281), (0.696889319135, 0.0512549136627, 0.715344819441), (-0.476998212853, 0.777966916951, 0.408950096056)	3.7703100829, -83.8061559353, 47.1550713883
5	given	(-0.554323614613, -0.597041533046, 0.579885107672), (0.720414879687, 0.0047285521076, 0.693527246704), (-0.41680658753, 0.802196390301, 0.427496456102)	4.00084091931, -83.6623440668, 46.1895097831
6	given	(-0.461905702633, 0.7759672457, -0.429555532469), (-0.606754974424, 0.0767922162507, 0.791170876951), (0.646909207607, 0.626081295938, 0.435351223715)	9.85960955879, -53.2642732234, -0.950095654384

#1: 抗体	2F2 Fab light chain 分子量: 24284.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質・ペプチド	peptide from Circumsporozoite protein variant VK210 / CS 分子量: 1755.760 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) / 参照: UniProt: P08677
#3: 抗体	2F2 Fab heavy chain 分子量: 24046.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-sodium tartrate and 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033167 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.48 Å / Num. obs: 75088 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 39.06 Å² / CC_1/2: 0.965 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4440 / CC_1/2: 0.527 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1xiw

1xiw

解像度: 2.2→29.48 Å / SU ML: 0.2775 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.1797
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2202	3731	5 %
R_work	0.1793	70941	-
obs	0.1814	74672	97.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10114	0	24	433	10571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	10389
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8665	14123
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0544	1583
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	1798
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8584	3692

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.452720898029
ens_1	d_3	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.549441306633
ens_2	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.420505475008
ens_2	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.525328695667
ens_3	d_2	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.02036463947
ens_3	d_3	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.483947548139

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.2906	140	0.235	2698	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.23-2.26	0.2871	138	0.2357	2580	X-RAY DIFFRACTION	97.07
2.26-2.29	0.3012	129	0.2285	2650	X-RAY DIFFRACTION	96.93
2.29-2.32	0.289	132	0.2301	2606	X-RAY DIFFRACTION	96.58
2.32-2.36	0.2582	140	0.2269	2599	X-RAY DIFFRACTION	96.99
2.36-2.39	0.2505	153	0.2134	2666	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.39-2.43	0.2975	124	0.2174	2591	X-RAY DIFFRACTION	97.35
2.43-2.47	0.2939	146	0.2154	2696	X-RAY DIFFRACTION	97.56
2.47-2.52	0.2547	138	0.2072	2581	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.52-2.57	0.2608	144	0.2089	2635	X-RAY DIFFRACTION	97.03
2.57-2.62	0.2775	138	0.2068	2634	X-RAY DIFFRACTION	96.79
2.62-2.68	0.2534	141	0.2118	2571	X-RAY DIFFRACTION	96.27
2.68-2.74	0.2694	132	0.2204	2627	X-RAY DIFFRACTION	96.43
2.74-2.81	0.2641	132	0.1877	2625	X-RAY DIFFRACTION	96.47
2.81-2.88	0.2347	141	0.1989	2582	X-RAY DIFFRACTION	95.88
2.88-2.97	0.2487	139	0.1942	2588	X-RAY DIFFRACTION	95.79
2.97-3.06	0.2331	133	0.1926	2584	X-RAY DIFFRACTION	96.28
3.06-3.17	0.2368	130	0.1988	2660	X-RAY DIFFRACTION	97.28
3.17-3.3	0.2455	145	0.2006	2644	X-RAY DIFFRACTION	97.79
3.3-3.45	0.2355	140	0.1922	2642	X-RAY DIFFRACTION	97.58
3.45-3.63	0.1972	142	0.1742	2622	X-RAY DIFFRACTION	97.32
3.63-3.86	0.1832	135	0.1665	2634	X-RAY DIFFRACTION	97.26
3.86-4.15	0.1986	141	0.1601	2636	X-RAY DIFFRACTION	97.3
4.15-4.57	0.1748	140	0.13	2668	X-RAY DIFFRACTION	97.87
4.57-5.23	0.1884	134	0.1299	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.41
5.23-6.58	0.1752	141	0.1651	2634	X-RAY DIFFRACTION	97.61
6.58-29.48	0.1933	143	0.1691	2632	X-RAY DIFFRACTION	97.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.26586323651	-0.161159128263	-0.0845096011854	0.423130239022	-0.815119833856	2.12019378249	-0.30355041519	0.584441879799	-0.23665911365	-0.591622851578	0.414224384414	0.494690544219	0.288782748196	-0.163335533774	-0.106399697097	0.88062590499	-0.29127424413	-0.231495766244	0.631733659383	-0.0416238475426	0.41164311624	3.02264389893	-2.1730823933	12.0520204571
2	0.671519480454	0.614766801836	-0.440715952933	2.01271015492	-0.917023213824	0.70222746501	-0.14501926709	0.150453847296	0.086578014144	-0.324547209151	0.111204148946	0.0842762327671	0.222336089241	-0.0583584507551	0.0383594692946	0.451275746514	-0.0434642261443	-0.109439767502	0.370543406358	-0.0811235537896	0.351276742135	5.8592607118	-5.30050546183	31.334616365
3	2.47786056738	0.517269060792	-0.214778972766	5.13820572879	1.64722413367	8.94632501689	-0.102800366877	-0.0180270615125	-0.181797875151	0.168722357771	-0.0076697048914	0.267425221676	0.0168053812282	-0.0834449167342	0.115490505741	0.326601045161	-0.0290009044934	-0.0304335498572	0.233659051116	-0.0728949455473	0.343294758221	1.99714647584	-10.1736184438	46.7801111318
4	4.13069075884	1.85089564282	2.019301397	5.18320521348	3.03213503223	6.70045257159	0.294899493818	-0.576834184493	-0.248720084691	1.21932026863	-0.268401929414	-0.176920261714	0.677182246551	-0.184519371252	-0.0483151300237	0.613640257352	-0.0685300951577	0.00689280580808	0.334987948956	-0.052450873264	0.305644786847	3.29624655749	-11.9678121654	58.2770135299
5	8.00396353858	2.68746065184	3.04606307761	2.3230966508	-0.0494626755256	4.11094772232	-0.834800798941	1.09225802957	0.134590686755	-0.785337557438	0.309297642006	0.0627534127168	-0.0743112523796	0.308455990949	0.111767687727	0.897000909035	-0.340539897575	-0.126406953761	0.699460208089	-0.0129638384519	0.136836159866	20.8911883858	9.66180272954	4.14595744616
6	6.09318513384	2.44995769043	-2.53789492276	3.68731302315	2.90795603036	6.76614734236	-0.3182885789	1.0377865747	0.928013970886	-0.454997884753	0.575785135134	-0.399945515883	-2.44234596137	-0.424124548439	-0.0616502870866	0.986683085134	-0.188521532743	-0.170190123882	0.77256625801	0.102553001832	0.45889770431	10.6463792155	16.8800672018	6.25067722077
7	4.25585120011	-0.10144284291	-1.85721437476	2.36629190737	0.817369901623	5.19884284706	-0.322442603689	0.368083906723	0.0136424896413	-0.182616620952	0.275773168149	0.0335263434609	0.330482746079	0.0140693168799	0.100491452206	0.431371899418	-0.0760442516883	-0.049977016454	0.261807321453	-0.0464811238092	0.293691610228	19.4005671798	10.5971238631	23.6707634429
8	2.26562554751	0.341608740829	-0.507121876805	0.859171894048	-1.01071738637	1.12901696456	-0.116486318902	0.51773485338	0.0803633492116	-0.432610310678	0.193415484147	0.105428823659	-0.0182012682875	-0.0594500989024	-0.0490531162351	0.532259071885	-0.0831323292722	-0.0798586104127	0.372627104411	-0.0511603944244	0.318601399276	17.2258600593	12.9403128484	21.0002645127
9	2.46795233501	0.823197716155	-1.3392959628	7.95828670914	-0.372396241799	2.07202147522	-0.02366735893	-0.242204368115	-0.51782737455	0.25423513333	-0.166049963223	-0.934495815743	0.174886117208	0.261660347496	0.177961154788	0.359110465165	0.0163144043649	-0.103591817954	0.267035101243	-0.0387598861496	0.469288798186	18.5147300456	-6.3295459568	46.1433890499
10	3.57492909976	-1.51060357856	0.216992715537	3.88073985343	-0.100006607842	3.45717961268	0.0128755194349	0.269247614071	0.078411476535	-0.286831739459	-0.0245017107032	-0.0624508133695	0.0536931260099	0.261904843169	0.0112612659311	0.395082917317	0.00995840520939	0.0133083483776	0.330574202998	-0.0287813252592	0.21933472675	1.29952018089	-45.0797300244	5.30394990014
11	3.55442907763	-2.55973804004	1.05405450613	2.23988682109	-0.247216672425	1.6933034597	0.226689452367	0.554953861766	-0.2340193234	-0.356350466557	-0.257701291519	0.0986341592945	0.0351636730423	0.23113248389	0.0290168932581	0.360768584183	-0.0122447147496	0.00382640767176	0.276260627904	-0.0179240262638	0.237210325697	-3.93446131081	-38.3927497679	8.07616957252
12	2.6470068636	-1.11484398264	0.333121368035	3.52458311588	1.021978944	6.01651516188	-0.227005764457	-0.192406924649	0.282822766185	0.0769387848794	0.0362027864784	0.310325881399	-0.824658829652	-0.540131776903	0.0964263130941	0.442760290225	0.0500481295849	-0.0469155246886	0.374723098173	-0.0730784025907	0.286024585517	-22.8776399843	-14.987462199	20.4850865921
13	5.03691314389	-1.4600812418	-0.692414916071	5.50188780025	-5.42476384913	6.31904136151	0.118480718547	-0.00191984688492	-1.10608660243	-0.641311945898	-0.130177441241	0.831165835471	0.770733157157	0.197172928161	0.0208003399135	0.703811862906	0.0813515694225	-0.121989502595	0.300344893799	-0.0454167286055	0.69905604864	5.87656492166	-61.9576736732	20.3749793758
14	4.05560430442	-3.41210720035	3.68773290766	2.94828343009	-3.19310048279	3.47396560991	0.144457277501	-0.831446857888	-0.108109503021	0.646344505795	-0.0515349556702	-2.28120166655	1.03478998002	1.63332206337	-0.134451509457	0.590696486386	0.0944091174983	-0.0153848710724	0.661432972112	0.00851841679479	0.786469578126	15.4170022557	-53.4435242329	19.272658748
15	1.58252087211	-1.0306052595	-0.386790068772	3.21397097558	-0.136006084605	1.17371176106	-0.0263430145119	-0.167356080486	-0.00260454994478	0.0324380064801	-0.0480855764958	0.131930448348	0.162715417384	0.174252585209	0.0575557136992	0.392232956871	-0.0338984824799	-0.0859821450767	0.289462717688	-0.0350774892928	0.246335063907	-1.32805714623	-47.6420515575	30.4075668802
16	6.22451165664	3.02435771147	-2.05416508098	4.64421803943	1.22448315	7.51385454892	0.136696770734	0.207680016802	0.54692637111	0.971526993462	0.049952295897	-0.531920701165	-0.904347453747	0.343923566731	-0.0553059295064	0.391113985962	-0.0783114663985	-0.0492719453704	0.325361142679	-0.0324327579478	0.250298343913	5.34684252791	-42.9727127072	21.9491996339
17	1.21982319944	-0.0565628000316	-0.587713482868	1.84289038325	0.102150704214	2.3216382495	0.0721185870595	-0.10368554973	-0.108985828015	-0.0543912383673	-0.129604323874	-0.167792523441	0.210962424885	0.139324977379	0.0759954896929	0.374642065603	-0.0343669389501	-0.101784550582	0.284266746776	-0.018350697386	0.285689539212	2.34835202634	-46.5516778793	28.3791179282
18	3.55527077653	-1.43843929217	2.84824856353	3.15423898676	-0.916749696845	4.64979904641	0.10355020462	-0.446103540749	-0.460432712241	0.263191086446	0.325482632386	0.411814268578	0.160640823989	-0.8910341656	-0.363641444547	0.36765250627	-0.0679937533941	0.0263664857552	0.442146041667	0.0379091432193	0.306281915767	-22.3832580692	-29.0123385663	28.7544315438
19	3.8676261365	0.119783548157	-0.178365844295	1.19186242505	0.0675456277652	1.37337648787	0.105758000345	-0.0230551353113	-0.613318347575	0.063902812791	-0.0624676860118	0.0663723605852	0.173158835247	0.0836138607521	-0.0370504414973	0.335128488996	0.0106328500758	-0.0502062053639	0.229058502756	-0.0515313081347	0.553885998328	10.645330393	-73.080241176	48.8405871761
20	7.889680524	1.68914725582	-1.15484162166	0.380953023483	-0.0826740092311	0.149220184518	-0.0196492475568	-0.15264313629	-0.67488841379	-0.00145669671746	0.0288295164287	-0.0833428597067	0.111672183273	0.0669353448417	0.0204248857424	0.335920638068	0.0236305361816	-0.0427820258866	0.231254328712	-0.0275835617347	0.465892925942	16.9159949738	-67.1415951334	50.8296282505
21	4.34426636049	-1.2114909191	-0.730224738104	4.38339886156	0.69449116194	3.11503613402	0.0794693190679	-0.720120700162	0.898838712546	0.268953531966	0.149558946769	-0.510053869683	-0.141776407391	0.296677061331	-0.0720211550191	0.320446217294	-0.0262994286351	-0.0288128542528	0.349771385396	-0.256928816642	0.48025547148	37.8623335548	-44.0260301754	58.6701752215
22	1.15425023922	0.156626239551	0.630925740368	1.40959214014	-2.32884251445	4.57107205652	-0.205833822357	0.314746676092	-0.271663790745	-0.399833422325	-0.452261574577	0.442999437707	-0.094070639505	0.0906784451749	-1.47934950924	0.461584993841	0.0121377850497	-0.244914659632	0.261920245951	-0.205544873377	0.65114745732	-10.8698714102	-65.7189459706	46.8236442285
23	7.75190217343	-2.90008310902	1.19429132292	4.08055945429	-1.99775070516	6.84946521774	-0.0392298695465	-1.09871540014	-1.64107632958	1.06725533855	-0.504705364881	2.1943710531	1.50520981622	-2.50323483378	0.22080689598	0.602903735962	-0.283238420235	0.069094959174	0.606347134366	0.0491979624349	0.887400055795	-8.71614214193	-72.1891971762	57.6456187788
24	2.95980946804	0.569898401779	1.21423546901	2.82170297964	0.509183077964	1.0246967745	-0.0294455214394	-0.238392158782	0.137449249768	0.0796979050863	-0.110909655317	0.192305836215	-0.0864713675256	0.0772387973857	0.153986505852	0.240704074673	-0.000101490343618	-0.00610487371713	0.258766227895	-0.0505196921669	0.187836512931	-1.48838756502	-51.7739275143	55.7425472994
25	0.262705462254	-1.12886993385	-0.768652398487	7.6585157314	-0.930316672584	7.45143718948	-0.229759649316	-1.4272729337	-0.180380814518	0.7006863743	0.222281535732	-0.685193671531	0.268388546887	0.446214063121	-0.0224076227177	0.376109033286	0.0571419350407	-0.0632465992716	0.356404596378	-0.109266225676	0.342515638779	2.79527295203	-62.0767060691	59.5782363886
26	3.08761827538	1.02407572605	0.89979753537	2.11987095745	0.584970033143	0.218486395073	-0.00672025427912	-0.299470168524	-0.122481904173	-0.0919511187063	-0.0640088779722	0.102592784413	-0.0518063349275	-0.0950135278742	0.0709326755489	0.284624573063	0.0257276431174	-0.0135108999722	0.284223352353	-0.0383255198655	0.221032638299	0.38675729101	-54.2425611848	57.9750930669
27	6.65686216782	1.62019413596	-0.354053446248	4.42921576387	0.134943881019	6.99457449393	0.239229599785	0.142038002287	0.971759897337	-0.293785855897	0.0439809593988	-1.15278542338	-0.295914099938	1.04100925869	-0.286724817762	0.332984485627	0.0702972100491	0.12188322549	0.385398313863	0.0605229054793	0.560760025617	32.4920047759	-38.4114807519	51.5175124882
28	5.10396605184	-0.487227849091	-3.03343500936	2.20739239288	0.575236867521	5.37319714601	0.251447358386	0.491678785378	0.870457136242	-0.2085759439	-0.0780655614608	-0.335778065682	-0.311218153872	-0.21282558782	-0.164164444968	0.335482559646	0.0474497430218	0.0226858588779	0.266636036448	0.0641930797049	0.368058980655	22.4552320321	-39.1205622181	52.0250288424

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID	Beg PDB ins code
1	1	chain 'B' and (resid 1 through 75 )	B	A	1 - 75	1 - 80
2	2	chain 'B' and (resid 76 through 128 )	B	A	76 - 128	81 - 133
3	3	chain 'B' and (resid 129 through 174 )	B	A	129 - 174	134 - 179
4	4	chain 'B' and (resid 175 through 214 )	B	A	175 - 214	180 - 219
5	5	chain 'P' and (resid 2 through 7 )	P	B	2 - 7	1 - 6
6	6	chain 'P' and (resid 8 through 13 )	P	B	8 - 13	7 - 12
7	7	chain 'A' and (resid 3 through 44 )	A	C	3 - 44	1 - 42
8	8	chain 'A' and (resid 45 through 119 )	A	C	45 - 119	43 - 125
9	9	chain 'A' and (resid 120 through 214 )	A	C	120 - 214	126 - 213
10	10	chain 'D' and (resid 1 through 75 )	D	D	1 - 75	1 - 80
11	11	chain 'D' and (resid 76 through 113 )	D	D	76 - 113	81 - 118
12	12	chain 'D' and (resid 114 through 213 )	D	D	114 - 213	119 - 218
13	13	chain 'R' and (resid 2 through 7 )	R	E	2 - 7	1 - 6
14	14	chain 'R' and (resid 8 through 13 )	R	E	8 - 13	7 - 12
15	15	chain 'C' and (resid 3 through 39 )	C	F	3 - 39	1 - 37
16	16	chain 'C' and (resid 40 through 52 )	C	F	40 - 52	38 - 50
17	17	chain 'C' and (resid 52A through 119 )	C	F	52 - 119	51 - 125	A
18	18	chain 'C' and (resid 120 through 212 )	C	F	120 - 212	126 - 209
19	19	chain 'F' and (resid 1 through 75 )	F	I	1 - 75	1 - 80
20	20	chain 'F' and (resid 76 through 113 )	F	I	76 - 113	81 - 118
21	21	chain 'F' and (resid 114 through 211 )	F	I	114 - 211	119 - 216
22	22	chain 'Q' and (resid 2 through 7 )	Q	K	2 - 7	1 - 6
23	23	chain 'Q' and (resid 8 through 15 )	Q	K	8 - 15	7 - 14
24	24	chain 'E' and (resid 3 through 39 )	E	L	3 - 39	1 - 37
25	25	chain 'E' and (resid 40 through 52 )	E	L	40 - 52	38 - 50
26	26	chain 'E' and (resid 52A through 124 )	E	L	52 - 124	51 - 130	A
27	27	chain 'E' and (resid 125 through 145 )	E	L	125 - 145	131 - 151
28	28	chain 'E' and (resid 146 through 213 )	E	L	146 - 213	152 - 219

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)