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- PDB-7rfc: Crystal structure of broadly neutralizing antibody mAb1382 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rfc
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing antibody mAb1382 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 ectodomain
要素
  • envelope glycoprotein E2
  • mAb1382 Heavy Chain
  • mAb1382 Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepacivirus C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Flyak, A.I. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI127469 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K99 AI153465 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Analysis of antibodies from HCV elite neutralizers identifies genetic determinants of broad neutralization.
著者: Weber, T. / Potthoff, J. / Bizu, S. / Labuhn, M. / Dold, L. / Schoofs, T. / Horning, M. / Ercanoglu, M.S. / Kreer, C. / Gieselmann, L. / Vanshylla, K. / Langhans, B. / Janicki, H. / Stroh, L. ...著者: Weber, T. / Potthoff, J. / Bizu, S. / Labuhn, M. / Dold, L. / Schoofs, T. / Horning, M. / Ercanoglu, M.S. / Kreer, C. / Gieselmann, L. / Vanshylla, K. / Langhans, B. / Janicki, H. / Stroh, L.J. / Knops, E. / Nierhoff, D. / Spengler, U. / Kaiser, R. / Bjorkman, P.J. / Krey, T. / Bankwitz, D. / Pfeifer, N. / Pietschmann, T. / Flyak, A.I. / Klein, F.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: mAb1382 Heavy Chain
B: mAb1382 Light Chain
C: envelope glycoprotein E2
D: envelope glycoprotein E2
H: mAb1382 Heavy Chain
L: mAb1382 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,87519
ポリマ－155,5226
非ポリマー5,35313
水00
1
A: mAb1382 Heavy Chain
B: mAb1382 Light Chain
C: envelope glycoprotein E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0639
ポリマ－77,7613
非ポリマー2,3026
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area31130 Å2
手法PISA
2
D: envelope glycoprotein E2
H: mAb1382 Heavy Chain
L: mAb1382 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,81210
ポリマ－77,7613
非ポリマー3,0517
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8760 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area31430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.291, 140.184, 142.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 2 through 225)
21(chain H and (resid 2 through 144 or resid 146 through 225))
12(chain B and resid 1 through 214)
22chain L
13(chain C and (resid 421 through 475 or resid 484...
23(chain D and (resid 421 through 448 or resid 452...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resid 2 through 225)A2 - 225
211(chain H and (resid 2 through 144 or resid 146 through 225))H2 - 144
221(chain H and (resid 2 through 144 or resid 146 through 225))H146 - 225
112(chain B and resid 1 through 214)B1 - 214
212chain LL1 - 212
113(chain C and (resid 421 through 475 or resid 484...C421 - 475
123(chain C and (resid 421 through 475 or resid 484...C484 - 645
133(chain C and (resid 421 through 475 or resid 484...C4231 - 5562
143(chain C and (resid 421 through 475 or resid 484...C6231
213(chain D and (resid 421 through 448 or resid 452...D421 - 448
223(chain D and (resid 421 through 448 or resid 452...D452 - 475
233(chain D and (resid 421 through 448 or resid 452...D484 - 571
243(chain D and (resid 421 through 448 or resid 452...D576 - 645
253(chain D and (resid 421 through 448 or resid 452...D4231 - 5401
263(chain D and (resid 421 through 448 or resid 452...D5562

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 envelope glycoprotein E2


分子量: 28946.479 Da / 分子数: 2 / Fragment: ectodomain (UNP residues 214-475) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス) / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2P0NE26

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体 mAb1382 Heavy Chain


分子量: 24965.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 mAb1382 Light Chain


分子量: 23848.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 13分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.35 % / Mosaicity: 1.07 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.03 M citric acid, 0.07 M Bis-Tris propane, pH 7.6, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→83.67 Å / Num. obs: 33598 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.911 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Rpim(I) all: 0.136 / Rrim(I) all: 0.312 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 174067 / Scaling rejects: 1430
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.24-3.45.11.1912269044150.4580.5721.3261.599.2
10.75-83.675.20.069526710190.9950.0320.0766.798.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 6MEH & 6MEI

6meh

6mei


解像度: 3.24→52.15 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2842 1813 5.44 %
Rwork0.2329 31520 -
obs0.2358 33333 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 192.85 Å2 / Biso mean: 72.5916 Å2 / Biso min: 35.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.24→52.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10010 0 352 0 10362
Biso mean--104.49 --
残基数----1304
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1300X-RAY DIFFRACTION10.036TORSIONAL
12H1300X-RAY DIFFRACTION10.036TORSIONAL
21B1298X-RAY DIFFRACTION10.036TORSIONAL
22L1298X-RAY DIFFRACTION10.036TORSIONAL
31C1398X-RAY DIFFRACTION10.036TORSIONAL
32D1398X-RAY DIFFRACTION10.036TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.24-3.330.321330.3012388252198
3.33-3.430.39521230.322420254399
3.43-3.540.43781140.35782360247496
3.54-3.660.40051520.32572404255699
3.66-3.810.3731590.33612349250897
3.81-3.980.43031300.35662361249196
3.98-4.190.27341340.217424572591100
4.19-4.450.22451600.18112406256699
4.45-4.80.22171150.16522429254498
4.8-5.280.20321310.16372465259699
5.28-6.040.24391680.18082435260399
6.04-7.610.23771360.21232493262999
7.61-52.150.24051580.18642553271197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1390.8155-0.88813.7947-2.69084.113-0.0829-0.54760.32470.38910.26710.7226-0.2411-0.1918-0.18840.42740.10530.05490.49660.01650.624-4.613-7.33455.103
23.7288-1.38181.06911.62030.09654.6353-0.24630.091-0.35090.42960.36310.6710.1427-0.3265-0.09740.5776-0.04540.08430.33390.11280.7411-3.877-15.45557.572
31.58921.5575-1.32844.7776-2.93534.19310.18790.00470.26750.4071-0.1967-0.0524-0.4158-0.29150.03360.41390.08560.02150.3205-0.0190.50037.912.72528.027
45.04440.2836-2.36471.7444-0.61871.7979-0.33940.545-0.10960.03360.19710.2528-0.142-0.10030.14230.38710.0311-0.0720.29330.02970.567927.51927.768-0.328
54.36821.5442-1.54182.7128-1.01134.9166-0.07690.1248-0.51170.038-0.421-0.38040.42580.72150.53880.44490.08550.03130.41450.1680.669327.0042.25227.856
65.1469-1.27261.45457.1087-1.08114.6017-0.3834-0.48040.17980.23040.2264-0.0877-0.78670.23860.17130.3843-0.009-0.02960.46360.00470.519437.5831.54211.971
73.4063-0.6031.55865.12233.58934.93750.55141.55211.0080.330.0816-0.5234-0.64370.6371-0.34150.6810.0870.17440.8525-0.0161.07081.898-5.652-8.096
83.1775-0.8433-0.9950.22140.26340.3340.0123-0.39411.4958-0.80540.43870.133-0.84050.0592-0.23611.090.0182-0.14550.6169-0.05920.5229-7.265-3.758-16.985
94.52010.6506-1.15313.71171.41086.60360.0231.11170.5635-1.18040.8431-0.48920.24581.1985-0.99640.972-0.14620.1591.1405-0.22240.6667.503-17.56-30.295
104.20270.5613-0.93262.02251.54561.89-0.07410.1733-0.0617-0.28460.2787-0.36760.29550.5648-0.19740.82240.14510.01330.7426-0.06460.45562.576-21.013-19.813
113.26150.0961-0.18042.70790.89973.4160.0253-0.1707-0.49030.1176-0.32360.56530.3029-0.35030.31540.48060.0082-0.04440.4288-0.04740.6804-26.3170.0828.197
125.64711.5532-0.92695.1599-1.25443.07340.0952-0.05850.44120.36620.13840.3152-0.2541-0.3649-0.20110.37430.03270.10340.3933-0.02420.4215-33.62931.38321.574
132.0154-1.1083-0.33925.42695.18475.3873-0.00730.1078-0.024-0.74480.08720.0243-0.4057-0.0172-0.11060.5376-0.04650.01970.46710.12580.414-6.2078.1547.135
146.84271.1443-4.79423.2970.7965.9833-0.1193-1.05490.01340.7699-0.0388-0.3079-0.20030.350.20910.61310.0514-0.07390.51820.07680.4139-23.95928.35734.356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN D AND RESID 421:526 )D421 - 526
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN D AND RESID 527:645 )D527 - 645
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 2:124 )H2 - 124
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 125:214 )H125 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 1:109 )L1 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 110:212 )L110 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 421:436 )C421 - 436
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 437:455 )C437 - 455
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 456:501 )C456 - 501
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 502:645 )C502 - 645
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 1:109 )B1 - 109
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 110:213 )B110 - 213
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 1:124 )A1 - 124
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 125:215 )A125 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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