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Yorodumi- PDB-7rfb: Crystal structure of broadly neutralizing antibody mAb1198 in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rfb | |||||||||
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Title | Crystal structure of broadly neutralizing antibody mAb1198 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 ectodomain | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / viral envelope / host cell nucleus / apoptotic process / structural molecule activity ...host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / viral envelope / host cell nucleus / apoptotic process / structural molecule activity / virion membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Hepacivirus C | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | |||||||||
Authors | Flyak, A.I. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Immunity / Year: 2022 Title: Analysis of antibodies from HCV elite neutralizers identifies genetic determinants of broad neutralization. Authors: Weber, T. / Potthoff, J. / Bizu, S. / Labuhn, M. / Dold, L. / Schoofs, T. / Horning, M. / Ercanoglu, M.S. / Kreer, C. / Gieselmann, L. / Vanshylla, K. / Langhans, B. / Janicki, H. / Stroh, L. ...Authors: Weber, T. / Potthoff, J. / Bizu, S. / Labuhn, M. / Dold, L. / Schoofs, T. / Horning, M. / Ercanoglu, M.S. / Kreer, C. / Gieselmann, L. / Vanshylla, K. / Langhans, B. / Janicki, H. / Stroh, L.J. / Knops, E. / Nierhoff, D. / Spengler, U. / Kaiser, R. / Bjorkman, P.J. / Krey, T. / Bankwitz, D. / Pfeifer, N. / Pietschmann, T. / Flyak, A.I. / Klein, F. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rfb.cif.gz | 541.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7rfb.ent.gz | 447 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rfb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7rfb_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7rfb_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | 7rfb_validation.xml.gz | 50.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7rfb_validation.cif.gz | 67.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7rfcC 6mehS 6meiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules AHCD
#1: Protein | Mass: 25090.092 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pTT5 / Cell line (production host): HEK293expi / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein | Mass: 28946.479 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ectodomain (UNP residues 214-475) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hepacivirus C / Plasmid: pCMV / Cell line (production host): HEK293expi / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: A0A2P0NE26 |
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-Antibody , 1 types, 2 molecules BL
#2: Antibody | Mass: 23915.758 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pTT5 / Cell line (production host): HEK293expi / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Sugars , 3 types, 12 molecules
#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.14 % / Mosaicity: 0.43 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 17% PEG10000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 9, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→80.78 Å / Num. obs: 47758 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 3.1 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 148614 / Scaling rejects: 150 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entries 6MEH & 6MEI Resolution: 2.7→46.16 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 31.65 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 205.94 Å2 / Biso mean: 91.7578 Å2 / Biso min: 44.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→46.16 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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