PDB-7qcq: VHH Z70 in interaction with PHF6 Tau peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qcq

タイトル

VHH Z70 in interaction with PHF6 Tau peptide

要素

Tau 301-312
VHH Z70

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Nanobody / VHH / Tau / PHF6

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Danis, C. / Dupre, E. / Zejneli, O. / Caillierez, R. / Arrial, A. / Begard, S. / Loyens, A. / Mortelecque, J. / Cantrelle, F.-X. / Hanoulle, X. ...

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Ther. / 年: 2022
タイトル: Inhibition of Tau seeding by targeting Tau nucleation core within neurons with a single domain antibody fragment.
著者: Danis, C. / Dupre, E. / Zejneli, O. / Caillierez, R. / Arrial, A. / Begard, S. / Mortelecque, J. / Eddarkaoui, S. / Loyens, A. / Cantrelle, F.X. / Hanoulle, X. / Rain, J.C. / Colin, M. / Buee, L. / Landrieu, I.

履歴

登録	2021年11月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年4月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qcq.cif.gz	64.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qcq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qcq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qcq_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qcq_full_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示
XML形式データ	7qcq_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	7qcq_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qcq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ol0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7m41-1 1gnu-d 1rcn-d 4ph3-2 6pvx-1 3v53-4 5mkx-1 1r3m-1 3v53-1 1u1b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: VHH Z70

BBB: Tau 301-312

ヘテロ分子

16.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.469, 135.469, 35.579
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-366- HOH
2	1	AAA-383- HOH

#1: 抗体	VHH Z70 分子量: 14472.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	Tau 301-312 分子量: 1460.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9801 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→44.382 Å / Num. obs: 21730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.202 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-44.34	28.9	0.065	192	0.998	0.015	0.067
1.7-1.73	40.9	9.833	1117	0.777	2.166	10.07

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ol0

1ol0

解像度: 1.7→44.382 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 2.191 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2142	1086	5.002 %
R_work	0.1954	20625	-
all	0.196	-	-
obs	-	21711	99.986 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.768 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.895 Å²	0.448 Å²	0 Å²
2-	-	0.895 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.905 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.382 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	912	0	12	109	1033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.841	1.651	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.467	1.582	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.902	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.672	20.577	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.954	15	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.567	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	785
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.07	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.024	2.839	497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.987	2.835	496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.616	4.217	620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.613	4.221	621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.186	3.314	494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.182	3.316	495
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.201	4.75	718
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.201	4.75	718
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.379	33.483	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.319	32.827	1053

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.345	78	0.351	1474	X-RAY DIFFRACTION	100
1.744-1.792	0.336	84	0.326	1462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.844	0.34	75	0.279	1409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.901	0.24	63	0.252	1384	X-RAY DIFFRACTION	100
1.901-1.963	0.201	66	0.223	1353	X-RAY DIFFRACTION	100
1.963-2.032	0.21	56	0.199	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.032-2.108	0.204	51	0.19	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.195	0.254	69	0.188	1202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.195-2.292	0.241	57	0.184	1159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.292-2.404	0.242	76	0.18	1104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.404-2.534	0.223	61	0.186	1062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.688	0.221	49	0.189	1004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.688-2.873	0.245	40	0.193	965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.873-3.103	0.24	54	0.202	885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.103-3.399	0.235	40	0.177	832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.399-3.8	0.172	37	0.167	758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.387	0.148	55	0.149	666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.387-5.371	0.196	31	0.154	576	X-RAY DIFFRACTION	100
5.371-7.588	0.176	33	0.237	463	X-RAY DIFFRACTION	100
7.588-44.382	0.262	11	0.281	296	X-RAY DIFFRACTION	99.0323

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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