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- PDB-7m41: Structure of TIM-3 in complex with N-(4-(8-chloro-2-methyl-5-oxo-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m41
タイトルStructure of TIM-3 in complex with N-(4-(8-chloro-2-methyl-5-oxo-5,6-dihydro-[1,2,4]traizolo[1,5-c]quinazolin-9-yl)-3-methylphenyl)-1H-imidazole-2-sulfonamide (compound 38)
要素Hepatitis A virus cellular receptor 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgV
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of defense response to bacterium / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction ...regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of defense response to bacterium / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of defense response to bacterium / negative regulation of immunological synapse formation / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of interleukin-1 production / toll-like receptor 9 signaling pathway / mediator complex / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of macrophage activation / anchoring junction / negative regulation of interleukin-2 production / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / immunological synapse / maternal process involved in female pregnancy / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of chemokine production / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YQG / Hepatitis A virus cellular receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Rietz, T.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Fragment-Based Discovery of Small Molecules Bound to T-Cell Immunoglobulin and Mucin Domain-Containing Molecule 3 (TIM-3).
著者: Rietz, T.A. / Teuscher, K.B. / Mills, J.J. / Gogliotti, R.D. / Lepovitz, L.T. / Scaggs, W.R. / Yoshida, K. / Luong, K. / Lee, T. / Fesik, S.W.
履歴
登録2021年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatitis A virus cellular receptor 2
B: Hepatitis A virus cellular receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6166
ポリマ－24,5962
非ポリマー1,0204
水4,216234
1
A: Hepatitis A virus cellular receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8083
ポリマ－12,2981
非ポリマー5102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hepatitis A virus cellular receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8083
ポリマ－12,2981
非ポリマー5102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.215, 46.828, 53.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Hepatitis A virus cellular receptor 2 / HAVcr-2 / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3 / TIMD-3 / T-cell ...HAVcr-2 / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3 / TIMD-3 / T-cell immunoglobulin mucin receptor 3 / TIM-3 / T-cell membrane protein 3


分子量: 12298.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAVCR2, TIM3, TIMD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDQ0
#2: 化合物 ChemComp-YQG / N-{4-[(4S,10aP)-8-chloro-2-methyl-5-oxo-5,6-dihydro[1,2,4]triazolo[1,5-c]quinazolin-9-yl]-3-methylphenyl}-1H-imidazole-2-sulfonamide


分子量: 469.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16ClN7O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 % / Mosaicity: 0.827 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8 M sodium tartrate dibasic dihydrate, 0.1 M HEPES pH 6.8-8.2, and 10 mM CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→30 Å / Num. obs: 19569 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 11.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 2.031 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.79-1.837.80.2899330.9790.1110.3091.30996.5
1.83-1.867.70.2679910.9820.1030.2861.39596.8
1.86-1.97.80.2369230.9830.0910.2531.43996.6
1.9-1.947.70.2159780.9870.0830.231.55996.8
1.94-1.987.70.1929490.9860.0740.2061.62796.9
1.98-2.037.70.1719900.9880.0660.1831.71397.3
2.03-2.087.70.1689490.9880.0650.181.76597.2
2.08-2.137.70.1479790.990.0570.1581.94797.2
2.13-2.27.70.149630.9930.0540.151.91497.5
2.2-2.277.70.1319740.9920.050.142.05497.8
2.27-2.357.70.1199770.9940.0460.1282.11997.7
2.35-2.447.70.1169850.9930.0450.1252.08298
2.44-2.557.60.1069810.9940.0410.1142.19498.4
2.55-2.697.60.0979730.9950.0380.1042.30398.2
2.69-2.867.60.08610130.9960.0330.0922.29598.4
2.86-3.087.60.0749690.9970.0290.082.34998.5
3.08-3.397.50.0649910.9960.0250.0692.65598.8
3.39-3.887.50.0599980.9980.0230.0632.68799
3.88-4.887.40.0510170.9980.020.0542.50799.4
4.88-307.10.05310360.9980.0210.0572.71599

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.52 Å26.91 Å
Translation3.52 Å26.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F71

5f71


解像度: 1.79→26.91 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2127 930 4.75 %
Rwork0.1698 18634 -
obs0.172 19564 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.79 Å2 / Biso mean: 15.777 Å2 / Biso min: 3.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→26.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1718 0 66 234 2018
Biso mean--13.45 24.17 -
残基数----218
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.79-1.890.21451310.17642572270395
1.89-2.010.23241340.16092622275697
2.01-2.160.22241500.17172623277397
2.16-2.380.23451020.18422677277998
2.38-2.720.26821240.19192695281998
2.72-3.430.23781190.16842707282699
3.43-26.910.16581700.15442738290899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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